Ohun ọgbin / Animal De Novo Genome Sequencing
Awọn anfani Iṣẹ
Idagbasoke ti awọn iru ẹrọ titele ati bioinformatics nide novojiini ijọ
(Amarasinghe SL et al.,Biology Biology, 2020)
● Ṣiṣe awọn genomes aramada ati imudarasi awọn genomes itọkasi ti o wa tẹlẹ fun iru iwulo.
● Iwọn to gaju, ilọsiwaju ati pipe ni apejọ
● Ṣiṣe awọn orisun ipilẹ fun iwadi ni ọna-ọna polymorphism, QTLs, atunṣe pupọ, ibisi, ati bẹbẹ lọ.
● Ti ni ipese pẹlu iwoye kikun ti awọn iru ẹrọ ilana iran-kẹta: ojutu apejọ jiini-iduro kan
● Atẹle ti o rọ ati awọn ilana iṣakojọpọ ti nmu awọn genomes oniruuru pẹlu awọn ẹya oriṣiriṣi
● Ẹgbẹ bioinformatician ti oye giga pẹlu iriri nla ni awọn apejọ genome eka, pẹlu polyploids, awọn genomes omiran, ati bẹbẹ lọ.
● Ju awọn ọran aṣeyọri 100 lọ pẹlu ikojọpọ ipa ti a tẹjade ti o ju 900 lọ
● Yipada-akoko ni iyara bi oṣu 3 fun apejọ ipele-chromosome.
● Atilẹyin imọ-ẹrọ to lagbara pẹlu lẹsẹsẹ awọn itọsi ati awọn aṣẹ lori ara sọfitiwia ni ẹgbẹ idanwo mejeeji ati bioinformatics.
Awọn pato Iṣẹ
|
Akoonu
|
Platform
|
Ka Gigun
|
Ibora
|
| Iwadi Jiini
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Ilana Jiini
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi Say
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Sisan iṣẹ
Awọn ibeere Ayẹwo ati Ifijiṣẹ
Awọn ibeere Apeere:
| Awọn eya | Tissu | Fun PacBio | Fun Nanopore |
| Ẹranko | Awọn ara visceral (ẹdọ, Ọlọ, bbl) | ≥ 1.0 g | ≥ 3.5 g |
| Isan-ara | ≥ 1.5 g | ≥ 5.0 g | |
| Ẹjẹ ti osin | ≥ 1.5 milimita | ≥ 5.0 milimita | |
| Ẹjẹ ti ẹja tabi awọn ẹiyẹ | 0,2 milimita | 0,5 milimita | |
| Awọn ohun ọgbin | Ewe tuntun | ≥ 1.5 g | ≥ 5.0 g |
| Petal tabi yio | ≥ 3.5 g | ≥ 10.0 g | |
| Awọn gbongbo tabi awọn irugbin | ≥ 7.0 g | ≥ 20.0 g | |
| Awọn sẹẹli | Aṣa sẹẹli | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Niyanju Ifijiṣẹ Apeere
Apoti: tube centifuge 2 milimita (a ko ṣeduro bankanje Tin)
Fun pupọ julọ awọn ayẹwo, a ṣeduro lati ma ṣe itọju ni ethanol.
Apejuwe Apeere: Awọn ayẹwo nilo lati wa ni aami ni kedere ati aami si fọọmu alaye ayẹwo ti a fi silẹ.
Gbigbe: yinyin gbigbẹ: Awọn ayẹwo nilo lati wa ni iṣakojọpọ ninu awọn apo akọkọ ati sin ni yinyin gbigbẹ.
Sisan Iṣẹ Iṣẹ
Apẹrẹ adanwo
Ifijiṣẹ apẹẹrẹ
DNA isediwon
Ikole ìkàwé
Titele
Itupalẹ data
Lẹhin-tita awọn iṣẹ
* Awọn abajade demo ti o han nibi gbogbo wa lati awọn genomes ti a tẹjade pẹlu Awọn imọ-ẹrọ Biomarker
1.Circos lori chromosome-ipele genome ijọ tiG. rotundifoliumnipasẹ Nanopore lesese Syeed
Wang M et al.,Isedale Molikula ati ItankalẹỌdun 2021
2.Statistics of Weining rye genome ijọ ati annotation
Li G et al.,Iseda GeneticsỌdun 2021
3.Gene asọtẹlẹ tiSechium edulegenome, ti o wa lati awọn ọna asọtẹlẹ mẹta:De novoAsọtẹlẹ ti o da lori Homology ati asọtẹlẹ orisun data RNA-Seq
Fu A et al.,Iwadi HorticultureỌdun 2021
4.Identification ti mule gun ebute tun ni owu mẹta genomes
Wang M et al.,Isedale Molikula ati ItankalẹỌdun 2021
5.Hi-C ooru maapu ti awọnC. acuminatagenome ti n ṣe afihan jiini-jakejado gbogbo-nipasẹ-gbogbo awọn ibaraẹnisọrọ.Kikan ti awọn ibaraenisepo Hi-C jẹ iwon si aaye laini laarin awọn contigs.Laini taara ti o mọ lori maapu ooru yii tọkasi didari deede ti awọn contigs lori awọn chromosomes.(Ipin idaduro ti nlọsiwaju: 96.03%)
kang M et al.,Awọn ibaraẹnisọrọ iseda,2021
BMK nla
Apejọ jiini ti o ni agbara giga ṣe afihan awọn abuda genomic rye ati awọn jiini pataki agronomically
Atejade: Iseda GeneticsỌdun 2021
Ilana ilana-tẹle:
Apejọ Genome: Ipo PacBio CLR pẹlu ile-ikawe 20 kb (497 Gb, isunmọ. 63×)
Atunse ọkọọkan: NGS pẹlu ile-ikawe DNA 270 bp (430 Gb, isunmọ. 54 ×) lori pẹpẹ Illumina
Idaduro awọn ọna kika: Ile-ikawe Hi-C(560 Gb, isunmọ. 71×) lori pẹpẹ Illumina
Maapu opiti: (779.55 Gb, isunmọ. 99×) lori Bionano Irys
Awọn abajade bọtini
1.An apejọ ti genome Weining rye ti a tẹjade pẹlu iwọn jiini lapapọ ti 7.74 Gb (98.74% ti iwọn genome ti a pinnu nipasẹ cytometry ṣiṣan).Scaffold N50 ti apejọ yii ṣaṣeyọri 1.04 Gb.93.67% ti awọn contigs ni a ti daduro ni aṣeyọri lori awọn chromosomes pseudo-7.Apejọ yii jẹ iṣiro nipasẹ maapu ọna asopọ, LAI ati BUSCO, eyiti o yorisi awọn ikun giga ni gbogbo awọn igbelewọn.
2.Awọn ilọsiwaju siwaju sii lori awọn genomics afiwera, maapu asopọ asopọ jiini, awọn ẹkọ transcriptomics ni a ṣe lori ipilẹ ti jiini yii.Ọpọlọpọ awọn ami-ara ti o ni ibatan awọn ẹya ara ẹrọ jiini ni a fihan pẹlu awọn ẹda-ẹda jiini jakejado-jiini ati ipa wọn lori awọn jiini biosynthesis sitashi;agbari ti ara ti eka prolamin loci, awọn ẹya ikosile jiini ti o wa labẹ ami akọle ni kutukutu ati awọn agbegbe chromosomal ti o ni ibatan si inu ile ati loci ni rye.
 Aworan aworan Circos lori awọn ẹya ara-ara ti Genoming rye genome |  Awọn itupale itankalẹ ati chromosome synteny ti jiini rye |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Apejọ jiini ti o ni agbara giga ṣe afihan awọn abuda genomic rye ati awọn jiini pataki agronomically.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
