Ti kii ṣe Itọkasi orisun mRNA Sequencing-Ilumina

mRNA sequencing gba ilana ilana atẹle-iran (NGS) lati mu ojiṣẹ RNA (mRNA) ṣe Eukaryote ni akoko kan pato ti awọn iṣẹ pataki kan n mu ṣiṣẹ.Tiransikiripiti pipọ ti o gunjulo ni a pe ni 'Unigene' ati pe a lo bi itọka itọka fun itupalẹ ti o tẹle, eyiti o jẹ ọna ti o munadoko lati ṣe iwadi ilana molikula ati nẹtiwọọki ilana ti ẹda laisi itọkasi.

Lẹhin apejọ data transcriptome ati asọye iṣẹ-ṣiṣe unigene

(1) Itupalẹ SSR, asọtẹlẹ CDS ati igbekalẹ apilẹṣẹ yoo jẹ tẹlẹ.

(2) Iṣiro ti ikosile unigene ni ayẹwo kọọkan yoo ṣee ṣe.

(3) Awọn unigenes ti o yatọ laarin awọn ayẹwo (tabi awọn ẹgbẹ) yoo ṣe awari da lori ikosile unigene

(4) Iṣiropọ, asọye iṣẹ-ṣiṣe ati itupalẹ imudara ti awọn unigenes ti a fihan ni iyatọ yoo ṣee ṣe

Pe wa

Awọn alaye Iṣẹ

Bioinformatics

Awọn abajade Ririnkiri

Ikẹkọ Ọran

Awọn ẹya ara ẹrọ

● Ni ominira ti eyikeyi jiini itọkasi,

● A lè lo àwọn ìsọfúnni náà láti ṣàyẹ̀wò ìtòlẹ́sẹẹsẹ àti gbólóhùn ọ̀rọ̀ tí wọ́n kọ sílẹ̀

● Ṣe idanimọ awọn aaye gige oniyipada

Awọn anfani Iṣẹ

● Ifijiṣẹ abajade ti o da lori BMKCloud: Awọn abajade ti wa ni jiṣẹ bi faili data ati ijabọ ibaraenisepo nipasẹ pẹpẹ BMKCloud, eyiti ngbanilaaye kika ore-olumulo ti awọn abajade itupalẹ eka ati iwakusa data ti a ṣe adani lori ipilẹ ti iṣiro bioinformatics boṣewa.

● Awọn iṣẹ-lẹhin-tita: Awọn iṣẹ-tita-lẹhin ti o wulo fun awọn osu 3 lori ipari iṣẹ akanṣe, pẹlu atẹle awọn iṣẹ-ṣiṣe, iṣoro-iṣoro, awọn esi Q&A, ati bẹbẹ lọ.

Awọn ibeere Ayẹwo ati Ifijiṣẹ

Awọn ibeere Apeere:

Nucleotides:

Konc.(ng/μl)

Iye (μg)

Mimo

Otitọ

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280 = 1.7-2.5

OD260/230 = 0.5-2.5

Lopin tabi ko si amuaradagba tabi idoti DNA ti o han lori jeli.

Fun awọn ohun ọgbin: RIN≥6.5;

Fun eranko: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

ni opin tabi ko si igbega ipilẹ

Àsopọ̀: Ìwọ̀n(gbẹ): ≥1 g
* Fun àsopọ ti o kere ju miligiramu 5, a ṣeduro lati firanṣẹ fisinu tutunini(ninu nitrogen olomi) ayẹwo àsopọ.

Idaduro sẹẹli: Iwọn sẹẹli = 3× 10⁷
* A ṣeduro lati gbe lysate sẹẹli tio tutunini.Ni ọran ti sẹẹli yẹn kere ju 5×10 lọ⁵, Filasi tio tutunini ni nitrogen olomi ni a gbaniyanju.

Awọn ayẹwo ẹjẹ:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol ati ẹjẹ 2mL (TRIzol: Ẹjẹ = 3: 1)

Niyanju Ifijiṣẹ Apeere

Apoti:
tube centrifuge 2 milimita (a ko ṣeduro bankanje Tin)
Ifamisi apẹẹrẹ: Ẹgbẹ+ ṣe ẹda fun apẹẹrẹ A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Gbigbe:
1.Dry-ice: Awọn ayẹwo nilo lati wa ni aba ti awọn apo ati ki o sin ni gbẹ-yinyin.
2.RNAstable tubes: Awọn ayẹwo RNA le gbẹ ni tube imuduro RNA (fun apẹẹrẹ RNAstable®) ati gbigbe ni iwọn otutu yara.

Sisan Iṣẹ Iṣẹ

Apẹrẹ adanwo

Ifijiṣẹ apẹẹrẹ

RNA isediwon

Ikole ìkàwé

Titele

Itupalẹ data

Lẹhin-tita awọn iṣẹ

Ti tẹlẹ: Gigun ti kii ṣe ifaminsi-Illumina

Itele: Eukaryotic mRNA Sequencing-Ilumina

Bioinformatics

1.mRNA (denovo) Ilana ti Apejọ

Nipa Mẹtalọkan, awọn iwe kika ti pin si awọn ege kekere, ti a mọ si K-mer.Awọn K-mers wọnyi ni a lo bi awọn irugbin lati fa siwaju si awọn contigs ati lẹhinna ipilẹ paati lori awọn agbekọja contig.Nikẹhin, De Bruijn ni a lo nibi lati ṣe idanimọ awọn iwe afọwọkọ ninu awọn paati.

mRNA- (De-novo) - Akopọ-ti-Mẹtalọkan

mRNA (De novo) Akopọ ti Mẹtalọkan

2.mRNA (De novo) Pipin ti Gene Express Ipele

RNA-Seq ni anfani lati ṣaṣeyọri iṣiro ifura pupọ ti ikosile pupọ.Ni deede, ibiti a ti rii ti ikosile awọn iwe afọwọkọ FPKM wa lati 10^-2 si 10^6.

mRNA-(De-novo) - Pipin-ti-FPKM-iwuwo-ni-apẹẹrẹ-kọọkan

mRNA (De novo) Pinpin iwuwo FPKM ni ayẹwo kọọkan

3.mRNA (De novo) GO Enrichment Analysis of DEGs

GO (Gene Ontology) aaye data jẹ eto asọye igbekalẹ ti ẹda ti o ni awọn fokabulari boṣewa ti jiini ati awọn iṣẹ awọn ọja jiini.O ni awọn ipele pupọ, nibiti ipele isalẹ wa, diẹ sii awọn iṣẹ ṣiṣe ni pato.

mRNA- (De-novo) -GO-classification-of-DEGs-ni ipele-keji

mRNA (De novo) GO ipinya ti DEGs ni ipele keji

BMK nla

Itupalẹ Transcriptome ti Sucrose Metabolism lakoko Iwiwu Bulb ati Idagbasoke ni Alubosa (Allium cepa L.)

Atejade: frontiers ni ọgbin ImọỌdun 2016

Ilana titele

Illumina HiSeq2500

Apeere gbigba

Ogbin Yellow Sweet Spain “Y1351” ni a lo ninu iwadii yii.Nọmba awọn ayẹwo ti a gba ni
15th ọjọ lẹhin wiwu (DAS) ti boolubu (2-cm opin ati ki o 3-4 g iwuwo), 30th DAS (5-cm opin ati 100-110 g iwuwo), ati ~ 3 lori 40th DAS (7-cm opin ati ki o 260-300 giramu.

Awọn abajade bọtini

1. ninu aworan atọka Venn, apapọ 146 DEGs ni a rii kọja gbogbo awọn orisii mẹta ti awọn ipele idagbasoke.
2.“Carbohydrate gbigbe ati iṣelọpọ agbara” jẹ aṣoju nipasẹ awọn unigenes 585 nikan (ie, 7% ti COG ti a ṣe alaye).
3.Unigenes ni ifijišẹ ṣe alaye si aaye data GO ni a pin si awọn ẹka akọkọ mẹta fun awọn ipele oriṣiriṣi mẹta ti idagbasoke boolubu.Pupọ julọ ni ipoduduro ninu “ilana ti ibi” ẹka akọkọ jẹ “ilana iṣelọpọ”, atẹle nipasẹ “ilana sẹẹli”.Ninu ẹka akọkọ ti “iṣẹ molikula” awọn isori meji ti o ṣojuuṣe julọ jẹ “abuda” ati “iṣẹ ṣiṣe katalitiki”.

PB-kikun-ipari-RNA-Sequencing-case-iwadi

Histogram ti awọn iṣupọ ti awọn ẹgbẹ orthologous (COG).

Histogram ti jiini ontology (GO) ipinya fun unigenes ti o wa lati awọn isusu ni awọn ipele idagbasoke mẹta

Aworan atọka Venn ti n ṣafihan awọn Jiini ni iyatọ ti a fihan ni eyikeyi awọn ipele meji ti idagbasoke boolubu alubosa

Itọkasi

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Transcriptome Analysis of Sucrose Metabolism nigba Bulb Wiwu ati Idagbasoke ni Alubosa (Allium cepa L.)[J].Awọn aala ni Imọ-ọgbin, 2016, 7: 1425-.DOI: 10.3389 / fpls.2016.01425