GENOME IDAGBASOKE
PNAS
Ipilẹṣẹ itankalẹ ati itan-akọọlẹ ile ti ẹja goolu (Carassius auratus)
PacBio |Illumina |Bionano Genome Map |Hi-C Genome Apejọ |Jiini Map |GWAS |RNA-Seq
Awọn ifojusi
1.Goldfish genome ti ni imudojuiwọn pẹlu ẹya apejọ ti o ni agbara giga, titọ 95.75% ti awọn contigs sinu 50 pseudochromosomes (Scaffold N50=31.84 Mb).Meji subgenomes won disentangled.
Awọn agbegbe 2.Genomic ti awọn igbasilẹ ti o yan lakoko ti ile ni a mọ lati awọn data ti o ṣe atunṣe ti awọn ẹni-kọọkan 201, ṣiṣafihan lori awọn jiini oludije 390 ti o ṣeeṣe ni nkan ṣe pẹlu awọn ami ile-ile.
3.GWAS lori ẹhin ẹhin ni ẹja goolu ti ile ṣe afihan awọn jiini oludije 378 ti o ni nkan ṣe.Onirohin tyrosine-protein kinase ni a mọ bi jiini idii oludije ti o ni nkan ṣe pẹlu akoyawo
abẹlẹ
Goldfish (Carassius auratus) jẹ ọkan ninu awọn ẹja agbe ti o ṣe pataki julọ, eyiti o jẹ ti ile lati carp crucian ni China atijọ.Wọn ṣe asọye nipasẹ Charles Darwin bi “N kọja lori iyatọ ti o fẹrẹ to ailopin ti awọ, a pade pẹlu awọn iyipada iyalẹnu ti eto”.Awọn ẹya ara ẹrọ ti o yatọ pupọ ati itan-akọọlẹ gigun ti ile ati ibisi jẹ ki ẹja goolu jẹ eto awoṣe jiini ti o dara julọ fun fisioloji ẹja ati itankalẹ.
Awọn aṣeyọri
Goldfish genome
JOint onínọmbà ti PacBio ati Illumina data itọsẹ-ipari bata-ipari n ṣe agbejade apejọ 1.657 G ni ibẹrẹ (Contig N50=474 Kb).Maapu opiti Bionano jẹ ipilẹṣẹ ati ṣe atunṣe apejọ naa si 1.73 Gb ni iwọn (Iwọn jiini iṣiro: 1.8 Gb).Apejọ ti o da lori Hi-C siwaju ilọsiwaju sikafu N50 lati 606 Kb si 31.84 Mb ati pe o ṣaṣeyọri 95.75% (1.65 Gb) ni iṣalaye ati paṣẹ oṣuwọn idagiri.Jiini naa ni awọn jiini ifaminsi 56,251 ati 10,098 tirankiripiti ti kii ṣe ifaminsi gigun.Pẹlupẹlu, awọn agbegbe 38 ti o pọju centromeric ni a sọtẹlẹ lati inu awọn chromosomes 50.
Fig.1 Gold eja Genome
Two awọn ipilẹ ti o han gbangba ti awọn subgenomes ni a damọ ninu awọn chromosomes 50 goolu ti o waye lati iṣẹlẹ isọdi-ara atijọ kan.Eto awọn krómósómù pẹlu ipin ti o ga julọ ti awọn kika ti o ni ibamu laarin awọn ẹja goolu ati Barbinae ni asọye bi subgenome A (ChrA01 ~ A25), ie subgenome wọpọ si Barbinae, ati awọn ti o ku bi subgenome B (ChrB01 ~ B25).
Domestication ati yiyan sweeps
Alapapọ 16 egan iru crucian carps ati 185 asoju goldfish iyatọ wà ipasẹ pẹlu ohun aropin ijinle sequence to 12.5X, ti o npese 4.3 terabases ti data.Atunkọ phylogenetic ati itupalẹ PCA jẹrisi ibatan isunmọ laarin ẹja goolu ti o wọpọ ati carp crucian ju ẹja goolu miiran lọ, eyiti o pin si awọn idile meji.
LItupalẹ ibajẹ lori awọn agbeka mẹrin ti o wa loke ṣe atilẹyin aye ti igo jiini ti olugbe lakoko ile ati yiyan atọwọda to lagbara ni ẹja goolu.Alekun oniruuru jiini (π) lati crucian carp si ẹja goolu ti o wọpọ siwaju si Wen goldfish ati Ẹyin goldfish tọkasi ikojọpọ pataki ti awọn iyatọ jiini lakoko ile-ile wọn.50 yiyan gbigba genomic awọn agbegbe ti o bo 25.2 Mb ati awọn Jiini 946 ni a damọ lati inu data aṣoju (33 goldfish ati 16 crucian inira).Gbigbọn onínọmbà si awọn eniyan 201, awọn Jiini 393 tọka si awọn agbegbe ti gbigba yiyan ti o pari.Awọn Jiini wọnyi ni a rii ti oniruuru-kekere, eyiti o ṣeese ṣe alabapin si awọn ẹda-ara ti o ni nkan ṣe pẹlu awọn abuda inu ile pataki ni ẹja goolu.
Fig.3 Genome-jakejado domestication-ni nkan onínọmbà
GWAS lori awọn ẹja goolu ti ile
Dorsal fin jẹ ẹya bọtini ṣe iyatọ Wen goldfish lati Ẹyin goolu.GWAS ti fin dorsal lori 96 Wen goldfish ati 87 ẹyin goldfish ṣe afihan awọn jiini oludije 378 ti o tan kaakiri awọn chromosomes 13 ati pinpin aidogba ti awọn Jiini wọnyi laarin awọn subgenomes ni a ṣe akiyesi.Onínọmbà iṣẹ-ṣiṣe lori awọn Jiini oludije ṣe afihan awọn ilana ti ibi pẹlu “ifihan ifihan olugba dada sẹẹli”, “irinna gbigbe transmembrane”, “idagbasoke eto egungun”, ati bẹbẹ lọ.
Fig.4 GWAS ti dorsal fin lori abele goldfish
In GWAS ti awọn abuda ti o ni ibatan iwọn sihin, ẹgbẹ kan ti o lagbara kan ti a rii.Jiini kan ti n ṣe koodu tyrosine-protein kinase olugba ni idanimọ ni ọkan ninu awọn agbegbe oludije.
Fig.5 GWAS ti sihin asekale-jẹmọ awọn abuda
Itọkasi
Cgboo D et al.Oti ti itiranya ati itan-akọọlẹ ile ti ẹja goolu (Carassius auratus).PNAS (2020)
Iroyin ifọkansi ni pinpin awọn ọran aṣeyọri tuntun pẹlu Awọn imọ-ẹrọ Biomarker, yiya awọn aṣeyọri imọ-jinlẹ aramada bi daradara bi awọn ilana olokiki ti a lo lakoko iwadii naa.
Akoko ifiweranṣẹ: Jan-04-2022