Ni ọdun 2021, BMKGENE jẹri 31 De novo genome iwadi ni aṣeyọri ti a tẹjade ni awọn iwe iroyin ti o ni ipa ti o ga julọ pẹlu awọn ifosiwewe ipa lapapọ lori 320. 15 ninu awọn nkan naa ni a ṣe papọ 4 ninu wọn ni a ṣe papọ gẹgẹbi awọn onkọwe akọkọ nipasẹ BMKGENE
Lẹsẹkẹsẹ lẹhin ibẹrẹ ọdun 2022, awọn nkan iwadii meji ti wa tẹlẹ ti a tẹjade lori iwe akọọlẹ “Awọn Jiini Adayeba” ati “Ọgbin Molecular” lẹsẹsẹ.Wọn jẹ, “Awọn haplotypes oriṣiriṣi meji lati inu genome heterozygous lychee giga kan daba awọn iṣẹlẹ inu ile ominira fun awọn cultivars kutukutu ati ti o pẹ” (Iwadi genome Lychee, ti o ṣe nipasẹ College of Horticulture, South China Agricultural University, ati awọn alabaṣiṣẹpọ onimọ-jinlẹ, ti a tẹjade lori Genetics Adayeba. ), ati "Genome lesese ti awọn marun Sitopsis eya ti Aegilops ati awọn Oti ti polyploid alikama B-subgenome" (Marun Sitopsis eya genome, waiye nipasẹ Ojogbon Bao Liu ká iwadi egbe ti Northeast Normal University.).A yoo tun ṣe ayẹwo awọn nkan meji wọnyi ki o pin pẹlu awọn onkawe wa.
Ni bayi, jẹ ki a wo awọn nkan iwadii ti o dara julọ ti a tẹjade lori 2021 ti a ṣe akọwe nipasẹ BMK ati awọn ohun elo ifowosowopo wa.
Ohun ọgbin Genome - Breakthroughs lori olona-eya.
1.A ga-didara genome apejọ ṣe afihan awọn abuda genomic rye ati awọn jiini pataki agronomically
Ile-iṣẹ Iṣọkan: Henan Agricultural University
Akosile: Adayeba Genetics
Okunfa ipa: 38.31
Ninu iṣẹ akanṣe yii, jiometirika ti Weining rye, oriṣiriṣi rye Kannada olokiki kan, ni a ṣe lẹsẹsẹ.Awọn contigs ti a pejọ (7.74 Gb) ṣe iṣiro fun 98.47% ti iwọn genome ti a pinnu (7.86 Gb), pẹlu 93.67% ti awọn contigs (7.25 Gb) ti a sọtọ si awọn krómósómù meje.Awọn eroja atunwi jẹ 90.31% ti jiomeji ti o pejọ.Awọn itupale siwaju ti apejọ Weining ta imọlẹ tuntun lori awọn ẹda-ẹda jiini jakejado-jiini ati ipa wọn lori awọn jiini sitashi biosynthesis, agbari ti ara ti prolamin loci eka, awọn ẹya ikosile pupọ ti o wa labẹ akọle akọle ni kutukutu ati awọn agbegbe chromosomal ti o ni nkan ṣe pẹlu loci ni rye.Ilana jiini yii ṣe ileri lati mu yara jiini ati awọn ẹkọ ibisi ni rye ati awọn irugbin arọ kan ti o jọmọ.
2.Rose laisi prickle: awọn oye genomic ti o ni asopọ si isọdi ọrinrin
Ile-iṣẹ Iṣọkan: Kunming Institute of Botany, Ile-ẹkọ giga ti Kannada ti Awọn sáyẹnsì
Akosile: National Science Review
Okunfa ipa: 17.273
Ninu iṣẹ akanṣe yii, awọn apẹẹrẹ ti 'Basye's Thornless' (BT, cultivar ti ko ni prickle ti Rosa wichuraiana), 'Old Blush' (OB, olupilẹṣẹ genotype ni ile rose), awọn arabara F1 wọn ati BCF1 ni a gba.Ati pe apejọ jiini itọkasi didara kan ni ipilẹṣẹ lati ṣe idanimọ awọn eroja jiini ti o ni ibatan si idagbasoke prickle.Iwọn jiini jẹ nipa 530.6 Mb.Lati mọ daju didara ti jiini ti o pejọ, itupalẹ bii lafiwe maapu jiini, BUSCO, NGS ka atunto, lafiwe pẹlu OB haplotype, ṣiṣe atẹle ipilẹ aṣiṣe oṣuwọn iṣakoso ati ṣayẹwo iye Apejọ Apejọ LTR genom (LAI=20.03) ni a ṣe.Iwadi yii ṣafihan ilana ogún eka ati ilana ilana ti awọn prickles stem ati pese wa pẹlu ipilẹ ati awọn orisun aramada lati ṣe iwadi isedale dide ati awọn ami ami molikula mi ti o ni nkan ṣe pẹlu awọn ami pataki.
3.Whole-Genome Sequence of Synthesized Allopolyploids in Cucumis Reveils Insights into Genome Evolution of Allopolyploidization
Ohun elo Iṣọkan: Nanjing Agricultural University
Akosile: Onitẹsiwaju Imọ
Okunfa ipa: 16.801
Iwadi yii royin jiini ti o ga julọ ti allotetraploid sintetiki ti a gba nipa lilo isọdọkan interspecific laarin kukumba (C. sativus, 2n = 14) ati awọn ibatan ibatan egan (C. hystrix, 2n = 24) ati ẹda chromosome ti o tẹle, eyiti o jẹ akọkọ ni kikun lesese sintetiki allopolyploid.Apejọ ti jiometirika naa lo iṣan-iṣẹ ti “PacBio+BioNano+Hi-C+Illumina” lẹsẹsẹ, yorisi ni iwọn jiini ti 530.8Mb ati contig N50 = 6.5Mb.Awọn kika ni a yàn si awọn pseudochromosomes 19 ati awọn subgenomes.Awọn abajade fihan pe isọdọkan, dipo ẹda-ẹda ẹda-ara, nfa pupọ julọ awọn iyipada jinomiki ni iparun mejeeji ati awọn genomes cp.O daba pe heterozygosity ti o wa titi pese C. × hytivus pẹlu isọdi wahala ti o pọ si.Awọn abajade n pese awọn oye tuntun sinu itankalẹ polyploidy ọgbin ati funni ni ilana ibisi ti ifojusọna fun awọn irugbin iwaju.
4.Comparative Genome Analyzes Highlight Transposon Mediated Genome Expansion and the Evolutionary Architecture of 3D Genomic Folding in Cotton
Ile-iṣẹ Iṣọkan: Huazhong Agricultural University
Iwe akosile: Isedale Molecular ati Itankalẹ
Okunfa ipa: 16.242
Ise agbese yii lo Nanopore Sequencing lati ṣajọpọ genome ti awọn eya owu mẹta eyini: Gossypium rotundifolium (K2, genome size = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, genome size = 1.62Gb, contigN.50) G. raimondii (D5, genome iwọn = 0.75Gb, contigN50 = 17.04 Gb).Ju 99% ti gbogbo awọn genomes mẹta ni a pejọ nipasẹ Hi-C.Awọn abajade ti itupalẹ BUSCO jẹ 92.5%, 93.9% ati 95.4% lẹsẹsẹ.Gbogbo awọn nọmba wọnyi tọka si pe awọn genomes ijọ mẹta jẹ itọkasi-ite.Awọn itupalẹ genome afiwera ṣe akọsilẹ awọn alaye ti ila-kan pato TE ampilifaya idasi si awọn iyatọ iwọn genome nla.Iwadi yii n tan imọlẹ si ipa ti imugboroja jiomedi-alajaja transposon ninu itankalẹ ti eto chromatin ti o ga julọ ninu awọn irugbin.
5.Chromosome-asekale apejọ ati igbekale ti irugbin biomass Miscanthus lutarioriparius genome
Ohun elo Ifọwọsowọpọ: Ile-iṣẹ CAS fun Ilọsiwaju ni Awọn Imọ-jinlẹ Ohun ọgbin molikula
Iwe akosile: Awọn ibaraẹnisọrọ Iseda
Okunfa ipa: 14.912
Ise agbese yii ṣe ijabọ apejọ iwọn-chromosome kan ti Miscanthus lutarioriparius genome nipa apapọ itọsẹ Oxford Nanopore ati awọn imọ-ẹrọ Hi-C.Apejọ 2.07Gb ni wiwa 96.64% ti jiini, pẹlu contig N50 ti 1.71 Mb.O fẹrẹ to 94.30% ti awọn ilana lapapọ ni a da sinu awọn pseudochromosomes 19.Nipasẹ lafiwe pẹlu ilana BAC, igbelewọn LAI, igbelewọn BUSCO, tun-ijọpọ pẹlu data NGS, tun-ijọpọ ti data transcriptome, a ṣe iṣiro genome bi didara-giga ati itesiwaju.Alloteraploid Oti ti M. lutarioriparius ti wa ni timo nipa lilo centromeric satẹlaiti ntun.Tandem pidánpidán Jiini ti M. lutarioriparius ti wa ni ti iṣẹ-ṣiṣe idarato ko nikan ni awọn ofin jẹmọ si wahala esi, ṣugbọn cell odi biosynthesis.Awọn ẹda-ẹda Gene jasi ṣe ipa kan ninu photosynthesis C4 ati ṣe alabapin si Miscanthus C4 photosynthesis ni iwọn otutu kekere.Iwadi na pese itọkasi pataki fun kikọ ẹkọ awọn irugbin aladun.
6.A chromosome-level Camptotheca acuminata genome apejọ pese awọn oye sinu ipilẹṣẹ itiranya ti biosynthesis camptothecin
Ile-iṣẹ Iṣọkan: Ile-ẹkọ giga Sichuan
Iwe akosile: Awọn ibaraẹnisọrọ Iseda
Okunfa ipa: 14.912
Ise agbese yii royin didara-giga, ipele-chromosome C. acuminata genome apejọ, pẹlu iwọn genome ti 414.95Mb ati contingN50 1.47Mb.A ri pe C. acuminata ni iriri ohun ominira odidi-genome pidánpidán ati afonifoji Jiini yo lati o wa ni jẹmọ si camptothecin biosynthesis.Iyatọ iṣẹ ti Jiini LAMT ati itankalẹ rere ti awọn Jiini SLAS meji, nitorinaa, mejeeji ṣe alabapin pupọ si biosynthesis camptothecin ni C. acuminata.Awọn abajade naa tẹnumọ pataki ti apejọ jiini didara giga ni idamọ awọn iyipada jiini ninu ipilẹṣẹ itiranya ti metabolite keji.
7.Allele-defined genome ṣe afihan iyatọ bialelic lakoko itankalẹ cassava
Ile-iṣẹ Ifọwọsowọpọ: Ile-ẹkọ giga Kannada ti Awọn sáyẹnsì Ogbin Tropical
Iwe akosile: Ohun ọgbin Molecular
Okunfa ipa: 13.162
Ise agbese yii ṣajọpọ jiini itọkasi kan fun gbaguda pẹlu contigN50 1.1Mb ni lilo iru ẹrọ titele ti Pacific Biosciences (PacBio).Lẹhin igbelewọn nipasẹ BUSCO, atọka LAI, ati maapu jiini iwuwo giga, jiini ti a pejọ jẹ timo bi ite-itọkasi.Awọn agbegbe laiṣe ni a ṣe idanimọ ati pe awọn contigs ni a so mọ awọn pseudochromosomes 18 ni lilo awọn ọna asopọ Hi-C.Didara giga yii ati itọka itọka allele fun gbaguda jẹ iwulo ni idamọ iyatọ bi-alleles lori awọn krómósómù isokan, gbigba lati ṣawari iyatọ ati ikosile ikosile ti bi-allele ati awọn agbara awakọ itiranya ti o wa labẹ wọn.O dẹrọ imudara awọn ilana ibisi tuntun ni gbaguda ati awọn irugbin heterozygous miiran ti o ga julọ.
8.Genomic imọ sinu sare idagbasoke ti paulownias ati awọn Ibiyi ti Paulownia witches' broom
Ifowosowopo Ohun elo: Henan Agricultural University
Iwe akosile: Ohun ọgbin Molecular
Okunfa ipa: 13.162
Ise agbese yii ṣajọpọ jiini iparun ti o ni agbara giga ti Paulownia fortunei, 511.6 Mb ni iwọn, pẹlu 93.2% ti awọn ilana ti o ti di 20 pseudochromosomes.Iṣiṣẹ fọtoynthetic ti o ga julọ jẹ aṣeyọri nipasẹ sisọpọ C3 photosynthesis ati ipa ọna iṣelọpọ agbara crassulacean acid, eyiti o le ti ṣe alabapin si aṣa idagbasoke iyara pupọ ti awọn igi paulownia.Afikun ilana genome ti PaWB phytoplasma, ni idapo pẹlu awọn itupalẹ iṣẹ, tọka si pe ipa PaWB-SAP54 ṣe ajọṣepọ taara pẹlu Paulownia PfSPLa, eyiti o fa ibajẹ ti PfSPLa nipasẹ ọna agbedemeji ubiquitin ati pe o yori si dida broom ti awọn witches.Awọn data pese awọn oye pataki si isedale ti paulownias ati ilana ilana fun dida PaWB.
Jiini eranko - Awọn oye ti o jinlẹ ti itankalẹ eya
1.Awọn jiini ti Nautilus pompilius tan imọlẹ itankalẹ oju ati biomineralization
Ifowosowopo Ohun elo: South China Sea Institute of Oceanology, CAS
Akosile: Adayeba Ekoloji & itankalẹ
Okunfa ipa: 15.462
Ise agbese yii ṣafihan jiini pipe fun Nautilus pompilius.O ni genomisi ti o kere julọ laarin awọn cephalopods ti o tẹle, eyiti o jẹ 730.58Mb pẹlu contigN50 = 1.1Mb.Abajade igbelewọn BUSCO jẹ 91.31%.Ni idapọ pẹlu transcriptome, proteome, idile pupọ ati itupalẹ phylogenetic, jiini yii pese itọkasi ipilẹ lori awọn imotuntun cephalopod, gẹgẹbi oju pinhole ati biomineralization.Iwadi na fihan pe ibajẹ lori pipe ti iṣupọ jiini Hox le jẹ ibatan si ikarahun ti o parẹ ti Mollusks.Ni pataki, awọn imotuntun jiini pupọ pẹlu awọn adanu jiini, ihamọ ominira ati imugboroja ti awọn idile apilẹṣẹ kan pato ati awọn nẹtiwọọki ilana ilana ti o somọ ṣe apẹrẹ itankalẹ ti oju pinhole nautilus.Jinomi nautilus jẹ orisun ti o niyelori fun atunko awọn oju iṣẹlẹ itankalẹ ati awọn imotuntun jiini ti o ṣe apẹrẹ awọn cephalopods ti o wa tẹlẹ.
2.Seadragon genome onínọmbà pese awọn oye sinu awọn oniwe-phenotype ati ibalopo ipinnu agbegbe
Ifowosowopo Ohun elo: South China Sea Institute of Oceanology, CAS
Iwe akosile: Awọn ilọsiwaju Imọ
Okunfa ipa: 14.132
Ise agbese yii de novo – awọn genomes akọ ati abo ti o tẹle ti seadragon ti o wọpọ (Phyllopteryx taeniolatus) ati awọn eya ti o ni ibatan pẹkipẹki, alligator pipefish (Syngnathoides biaculeatus).Iwọn jiini fun Phyllopteryx taeniolatus jẹ ~ 659 Mb (♂) ati ~ 663 Mb (♀), pẹlu contigN50 ti 10.0Mb ati 12.1mb.Iwọn jiini fun Phyllopteryx taeniolatus jẹ 637 Mb (♂) ati ~ 648 Mb (♀), pẹlu contigN50 ti 18.0Mb ati 21.0Mb.Nipasẹ itupalẹ phylogenetic, seadragon ti o wọpọ ati pipefish alligator jẹ taxon arabinrin ti Syngnathinae, ti o si yipada ni ayika 27.3 Ma sẹyin.Awọn profaili transcription lati aratuntun ti itiranya, awọn ohun elo ti o dabi ewe, fihan pe akojọpọ awọn jiini ti o ni ipa ninu idagbasoke fin ni a ti ṣajọpọ pẹlu imudara awọn iwe afọwọkọ tran fun atunṣe àsopọ ti o pọju ati awọn jiini aabo aabo.Ibalopo putative – npinnu agbegbe ti n ṣe koodu ti jiini amhr2y kan pato akọ ti o pin nipasẹ seadragon ti o wọpọ ati alligator pipefish jẹ idanimọ.Ise agbese yii pese ẹri pataki fun awọn iwadii ti itankalẹ adaṣe.
Akoko ifiweranṣẹ: Oṣu Kẹsan-19-2022