GENOME IDAGBASOKE
iseda
Ibaraẹnisọrọ
Awọn ilana genome ṣe afihan awọn ipa-ọna tuka kaakiri agbaye ati daba awọn aṣamubadọgba jiini convergent ni itankalẹ okun
PacBio |Illumina |Hi-C |WGS |Jiini Diversity |Itan eniyan |Gene Sisan
Ilana Pacbio, apejọ genom de novo ati awọn iṣẹ asọye ni a pese nipasẹ Awọn Imọ-ẹrọ Biomarker.
Awọn ifojusi
1.A ga didara chromosome-level seahorse (Hippocampus erectus) genome pẹlu contig N50 ti 15.5 Mb ti a gba.
2.Apapọ ti awọn genomes 358 lati agbaye 21 iru ẹṣin okun ni a ṣe atunṣe.
3.Seahorses wa ninu Oligocene ti o ti kọja ati awọn ipa-ọna imunisin ayika agbaye ti o tẹle jẹ idanimọ ati ti sopọ mọ awọn iyipada iyipada ni awọn ṣiṣan omi okun ati awọn ṣiṣi oju omi paleotemporal
4.Ipilẹ jiini ti loorekoore “awọn ọpa ẹhin egungun” phenotype adaptive ti sopọ mọ awọn aropo ominira ni jiini idagbasoke bọtini kan.
5.Rafting nipasẹ awọn ṣiṣan omi okun ṣe isanpada fun pipinka ti ko dara ati isọdọtun iyara jẹ ki o ṣe akoso awọn ibugbe titun
Awọn aṣeyọri
Aworan 1 Oniruuru jiini ati awọn ibatan phylogenetic ti awọn apẹrẹ ẹṣin okun 358
aAwọn ipo iṣapẹẹrẹ ilẹ-aye fun awọn ẹṣin okun ti a ṣe ayẹwo pẹlu awọn ilana ti oniruuru nucleotide (π) ti iru ẹṣin okun 21 kọja awọn chromosomes 22.b Adugbo igi ti a ṣe pẹlu jiini-jakejado SNPs ti 358 okun.Awọn aami pin ipo ni (a) ati isale ẹka ni (b) ni ibamu si ara wọn.
Aworan 2 Colonization ati itan-akọọlẹ eniyan ti awọn ẹṣin okun
aIgi phylogenetic ati awọn iṣiro akoko iyatọ fun awọn iru ẹṣin okun 21.Isanra laini ẹka ni ibamu si awọn iṣiro iwọn olugbe (Ne) ati awọn awọ ṣe afihan awọn ila ti o yatọ.Awọn aami I–III tọkasi awọn aaye isọdiwọn.b-d Awọn ipa-ọna imunisin ti asọtẹlẹ (awọn ọfa awọ) ti awọn ẹṣin okun ti o da lori akoko iyatọ, pinpin, awọn iṣẹlẹ vicariance, ati ṣiṣan omi okun (awọn ọfa funfun).b Indo-Australian Archipelago jẹ aarin ti ipilẹṣẹ (siṣamisi pupa) ti iwin Hippocampus ṣaaju ki awọn ẹṣin okun to pin kaakiri ati tuka kaakiri agbaye 18–23 Ma.c Seahorses ni akọkọ ṣe ijọba ni Okun Atlantiki nipasẹ ẹnu-ọna Tethyan ti nsii, eyiti, lẹhin pipade rẹ (Iṣẹlẹ Ipari lakoko 7 – 13 Ma), yapa idile Tethyan yii kuro ninu idile arabinrin Okun India.Awọn igbehin, ti paradà nyara diversified (ofeefee siṣamisi) ninu awọn Arabian Òkun, Igbekale kan keji aarin ti seahorse diversification.d A keji seahorse colonization iṣẹlẹ ti awọn Atlantic Ocean lodo lati Indian Ocean nipa 5Ma nipa ran awọn South African sample, ati nipari de ni East Pacific Ocean nipasẹ awọn ṣi ìmọ Panama seaway to 3.6 Ma.
Aworan 3 Jiini ṣiṣan ati awọn iyipada ninu iwọn olugbe ti o munadoko
aṢiṣan Gene ti a rii laarin awọn eya ti o ngbe South Atlantic Ocean.Ṣiṣan Gene han nitosi awọn laini funfun bi oṣuwọn ijira ti a yọkuro nipasẹ G-PhoCS.Sisanra ati itọsọna ti awọn itọka badọgba si awọn oṣuwọn ati itọsọna ti jiini sisan, lẹsẹsẹ.b Awọn iyipada ni iwọn olugbe ti o munadoko nipasẹ PSMC.Iwọn x duro fun akoko ni awọn ọdun ṣaaju lọwọlọwọ lakoko ti y axis duro fun iwọn olugbe ti o munadoko.Awọn shatti naa ni a ṣeto ni pataki ni ibamu si pinpin agbegbe fun ọkọọkan awọn eya pẹlu awọn agbegbe pinpin oriṣiriṣi.c Iyipada ipele okun ni awọn ọdun 1 miliọnu sẹhin ni awọn mita33.Laini ofeefee tọkasi tente oke interglacial agbaye ti o kẹhin lakoko ti iboji cyan tọkasi akoko ti o pọju glacial to kẹhin.
aworan 4 Awọn itankalẹ ti awọn ọpa ẹhin.
aOsi, Awọn eya igi ti n ṣe afihan itankalẹ ominira ti awọn ọpa ẹhin ni awọn ẹṣin okun.Gigun ẹka naa tọka nọmba awọn iyipada fun aaye kan.Mẹrin spiny seahorse eya ti wa ni afihan ni blue.Awọn ẹka ti o nipọn ṣe deede si awọn oṣuwọn ti o ga julọ ti awọn aropo aiṣe-si-sọpọ (dN/dS) fun jiini bmp3.Canonical ati gbogboogbo McDonald ati Kreitman igbeyewo (MKT) fun bmp3 Jiini ti a ṣe fun mẹta pairwise arabinrin eya pẹlu divergent spiny ati ti kii-spiny awọn ẹya ara ẹrọ afihan nipa abẹlẹ awọn awọ, ti pataki ipele won itọkasi nipa p iye pẹlu bulu ati pupa font, lẹsẹsẹ.Ni ọtun, lafiwe ti awọn aropo amino acid ni bmp3 amuaradagba, polymorphic ati awọn aropo ti o wa titi ni awọn ẹṣin okun spiny jẹ itọkasi pẹlu awọn iyika pupa ati buluu, lẹsẹsẹ.b Pipin awọn iye dN/dS ni bmp3 ni awọn ẹṣin okun spiny akawe si awọn eya ti kii ṣe alayipo.c itankalẹ olominira ninu igi phylogenetic ti a tun ṣe fun amuaradagba ti a fi koodu pa pẹlu bmp3.d Odidi-oke ni ibi isọdibidi ti bmp3 ni Hippocampus erectus.
Itọkasi
Li C et al.Awọn ilana Jiini ṣe afihan awọn ipa-ọna tuka kaakiri agbaye ati daba awọn aṣamubadọgba jiini convergent ni itankalẹ okun okun.Nat Commun.2021 Kínní 17; 12 (1): 1094.
News ati Ifojusi ifọkansi ni pinpin awọn ọran aṣeyọri tuntun pẹlu Awọn imọ-ẹrọ Biomarker, yiya awọn aṣeyọri imọ-jinlẹ aramada bi daradara bi awọn ilana olokiki ti a lo lakoko iwadii naa.
Akoko ifiweranṣẹ: Jan-06-2022