Iroyin

Imudara nkan ti o le yipada (TE) ti jẹ idanimọ bi agbara awakọ kan ti n ṣe ilaja iwọn imugboroja jiini ati itankalẹ, ṣugbọn awọn abajade fun didaṣe faaji genomic 3D jẹ aimọ pupọ julọ ninu awọn irugbin.Nibi, a ṣe ijabọ awọn apejọ genome ite-itọkasi fun awọn eya mẹta ti owu ti o wa ni iwọn mẹta ni iwọn genome, eyunGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), atiG. raimondii(D5), lilo Oxford Nanopore Technologies.Awọn itupalẹ jiini afiwera ṣe akosile awọn alaye ti ila-kan pato TE ampilifaya ti o ṣe idasi si awọn iyatọ iwọn genome nla (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb), ati tọkasi akoonu apilẹṣẹ ti o ni ibatan ati awọn ibatan synteny laarin awọn genomes.A rii pe isunmọ 17% ti awọn Jiini syntenic ṣe afihan ipo ipo chromatin laarin awọn apakan ti nṣiṣe lọwọ (“A”) ati aiṣiṣẹ (“B”), ati imudara TE ni nkan ṣe pẹlu ilosoke ti ipin A ni awọn agbegbe pupọ (~ 7,000 Jiini ) ni K2 ati A2 ni ibatan si D5.Nikan 42% ti awọn aala agbegbe to somọ topologically (TAD) ni a tọju laarin awọn genomes mẹta.Awọn data wa tọkasi imudara aipẹ ti TEs ni atẹle idasile ti awọn aala TAD-ila kan pato.Iwadi yii n tan imọlẹ si ipa ti imugboroja jiomedi-alajaja transposon ninu itankalẹ ti eto chromatin ti o ga julọ ninu awọn irugbin.