Genotyping ti o ga-giga, ni pataki lori iye eniyan ti o tobi, jẹ igbesẹ ipilẹ ninu awọn iwadii ẹgbẹ jiini, eyiti o pese ipilẹ jiini fun wiwa jiini iṣẹ, itupalẹ itankalẹ, bbl Dipo ti gbogbo jinlẹ atunkọ genome ti o dinku, tito lẹsẹsẹ genome aṣoju dinku (RRGS) ) ti ṣe afihan lati dinku iye owo itọka fun apẹẹrẹ, lakoko ti o ṣetọju ṣiṣe ti o ni oye lori wiwa asami jiini.Eyi ni a ṣe aṣeyọri nigbagbogbo nipasẹ yiyo awọn ajẹku ihamọ laarin iwọn iwọn ti a fun, eyiti o jẹ orukọ ile-ikawe aṣoju idinku (RRL).Itọpa-apakan-ipo kan pato (SLAF-Seq) jẹ ilana idagbasoke ti ara ẹni fun wiwa de novo SNP ati jiini SNP ti awọn eniyan nla.
Imọ bisesenlo
SLAF vs Awọn ọna RRL ti o wa tẹlẹ
Awọn anfani ti SLAF
Iṣe wiwa asami jiini ti o ga julọ- Ni idapọ pẹlu imọ-ẹrọ ọna ṣiṣe-giga, SLAF-Seq le ṣaṣeyọri awọn ọgọọgọrun egbegberun awọn afi ti a ṣe awari laarin gbogbo jiini lati mu ibeere ti awọn iṣẹ akanṣe iwadi lọpọlọpọ, boya pẹlu tabi pẹlu jiini itọkasi kan.
Apẹrẹ & Apẹrẹ adanwo to rọ- Fun ibi-afẹde iwadi ti o yatọ tabi eya, awọn ilana tito nkan lẹsẹsẹ enzymatic oriṣiriṣi wa pẹlu enzymu ẹyọkan, enzymu meji ati tito nkan lẹsẹsẹ-pupọ.Ilana tito nkan lẹsẹsẹ yoo jẹ iṣayẹwo tẹlẹ ni yanrin lati ṣe idaniloju apẹrẹ henensiamu to dara julọ.
Ṣiṣe giga ni tito nkan lẹsẹsẹ enzymatic– Digestion enzymatic ti a ṣe tẹlẹ pese awọn SLAF diẹ sii ti o pin boṣeyẹ lori chromosome.Ikojọpọ ida daradara le ṣaṣeyọri ju 95%.
Yago fun atunwi ọkọọkan- Ogorun ti ọna atunwi ni data SLAF-Seq ti dinku si isalẹ ju 5%, paapaa ni awọn eya pẹlu ipele giga ti awọn eroja atunwi, gẹgẹbi alikama, agbado, ati bẹbẹ lọ.
Ṣiṣan iṣelọpọ bioinformatic ti ara ẹni- BMK ṣe idagbasoke iṣan-iṣẹ bioinformatic iṣọpọ ti o wulo fun imọ-ẹrọ SLAF-Seq lati rii daju igbẹkẹle ati deede ti iṣelọpọ ikẹhin.
Ohun elo SLAF
maapu ọna asopọ Jiini
Itumọ maapu jiini iwuwo giga ati idanimọ ti loci ti n ṣakoso iru awọn ami ododo ni Chrysanthemum (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Iwe akọọlẹ: Iwadi Horticulture Atejade: 2020.7
GWAS
Idanimọ ti jiini oludije ti o ni nkan ṣe pẹlu akoonu isofavone ninu awọn irugbin soybean nipa lilo ajọṣepọ jakejado-genome ati aworan agbaye ọna asopọ
Iwe akọọlẹ: Iwe akọọlẹ ohun ọgbin Atejade: 2020.08
Genetics ti itiranya
Itupalẹ genomic olugbe ati apejọ de novo ṣafihan ipilẹṣẹ ti iresi weedy bi ere itankalẹ
Iwe akosile: Ohun ọgbin Molecular Atejade: 2019.5
Onínọmbà Ìsọ̀púpọ̀ (BSA)
GmST1, eyiti o ṣe koodu sulfotransferase kan, funni ni atako si awọn igara ọlọjẹ soybean mosaiki G2 ati G3
Iwe akosile: Ohun ọgbin, Ẹjẹ&Ayika Atejade: 2021.04
Itọkasi
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: ọna ti o munadoko ti wiwa SNP nla de novo SNP ati genotyping nipa lilo ipasẹ-giga [J].Plos ọkan, 2013, 8 (3): e58700
Orin X, Xu Y, Gao K, et al.Itumọ maapu jiini iwuwo giga ati idanimọ ti loci ti n ṣakoso iru awọn ami ododo ni Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.Ọdun 2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Idanimọ ti jiini oludije ti o ni nkan ṣe pẹlu akoonu isoflavone ninu awọn irugbin soybean nipa lilo ajọṣepọ-jakejado genome ati aworan agbaye ọna asopọ.Ohun ọgbin J. 2020;104 (4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Itupalẹ Genomic Olugbe ati Apejọ De Novo Ṣafihan ipilẹṣẹ ti iresi Weedy bi Ere Itankalẹ.Ohun ọgbin Mol.2019;12 (5): 632-647.Ohun ọgbin Mol.2018;11 (11): 1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, eyiti o ṣe koodu sulfotransferase kan, funni ni atako si awọn igara ọlọjẹ soybean mosaiki G2 ati G3.Ohun ọgbin Cell Ayika.2021;10.1111/pc.14066
Akoko ifiweranṣẹ: Jan-04-2022