TRANSCRIPTOMICS
iseda
Ibaraẹnisọrọ
Ifiwewe iwe-kikun ni kikun ti iyipada SF3B1 ni aisan lukimia lymphocytic onibaje ṣe afihan isọdọtun ti awọn intron ti o da duro
Awọn iwe afọwọkọ ipari-kikun|Nanopore lesese|Yiyan isoform onínọmbà
abẹlẹ
Somatic awọn iyipada ni splicing ifosiwewe SF3B1 ti a ti ni opolopo royin lati láti pẹlu orisirisi aarun, pẹlu onibaje lymphocytic lukimia (CLL), uveal melanoma, igbaya akàn, bbl Ni afikun, kukuru-ka transcriptomic-ẹrọ ti fi han aberrant splicing elo induced nipasẹ SF3B1 awọn iyipada.Bibẹẹkọ, awọn ijinlẹ lori awọn ilana pipin yiyan wọnyi ti pẹ ni opin si ipele-iṣẹlẹ ati aini imọ lori ipele isoform nitori aropin ti awọn iwe afọwọkọ ti a kojọpọ kukuru.Nibi, pẹpẹ itẹlera nanopore ni a ṣe agbekalẹ lati ṣe agbekalẹ awọn iwe afọwọkọ gigun ni kikun, eyiti o funni ni agbara iwadii lori awọn isoforms AS.
Apẹrẹ adanwo
Awọn idanwo
Iṣakojọpọ:1. CLL-SF3B1 (WT) 2. CLL-SF3B1 (K700E iyipada);3. Deede B-ẹyin
Ilana ilana-tẹle:MinION 2D ikawe titele, PromethION 1D ikawe titele;kukuru-ka data lati kanna awọn ayẹwo
Syeed ti o tẹle:ONT MinION;ONT PromethION;
Bioinformatic Analysis
Esi
Alapapọ 257 million kika won ti ipilẹṣẹ lati 6 CLL ayẹwo ati 3 B-ẹyin.Ni aropin ti 30.5% ti awọn kika wọnyi ni a damọ bi awọn iwe afọwọkọ gigun ni kikun.
FUll-ipari yiyan isoform onínọmbà ti RNA(FLAIR) ti a ni idagbasoke lati se ina kan ti ṣeto ti ga-igbekele isoforms.FLAIR le ṣe akopọ bi:
Nanopore ka titete: ṣe idanimọ eto tiransikiripiti gbogbogbo ti o da lori jiini itọkasi;
Splice junction atunse: ti o tọ aṣiṣe ọkọọkan (pupa) pẹlu splice Aaye lati boya annotated introns, introns lati kukuru-ka data tabi awọn mejeeji;
Collapse: akopọ awọn isoforms aṣoju ti o da lori awọn ẹwọn ipade splice (ṣeto akọkọ-kọja).Yan isofrom igbẹkẹle-giga ti o da lori nọmba awọn kika atilẹyin (Ipele: 3).
Ṣe nọmba 1. Itupalẹ FLAIR lati ṣe idanimọ awọn isoforms ipari-kikun ti o ni nkan ṣe pẹlu iyipada SF3B1 ni CLL
FLAIR Idanimọ 326,699 ti o ni igbẹkẹle giga awọn isoforms spliced, 90% eyiti o jẹ awọn isoforms aramada.Pupọ julọ awọn isoforms ti ko ṣe alaye wọnyi ni a rii lati jẹ awọn akojọpọ aramada ti awọn apejọ splice ti a mọ (142,971), lakoko ti awọn isoforms aramada ti o ku wa ninu boya intron idaduro (21,700) tabi aramada exon (3594).
Lawọn ọna kika ong n funni ni agbara idanimọ ti mutant SF3B1-K700E -ayipada awọn aaye splice ni ipele isoform.35 yiyan 3'SSs ati 10 yiyan 5'SSs ni a rii pe o ni iyatọ pataki laarin SF3B1-K700E ati SF3B1-WT.33 ninu awọn iyipada 35 ni a ṣe awari tuntun nipasẹ awọn ọna kika gigun.Ninu data Nanopore, pinpin aaye laarin awọn SF3B1-K700E-ayipada 3'SSs si awọn aaye ibi-iṣere ti o wa ni ayika -20 bp, eyiti o yatọ si pataki lati pinpin iṣakoso, iru si ohun ti a ti royin ni awọn ọna kika kukuru CLL.Awọn isoforms ti ERGIC3 pupọ ni a ṣe atupale, nibiti isoform aramada kan ti o ni aaye splice isunmọ ni a rii lọpọlọpọ ni SF3B1-K700E.Mejeeji isunmọ ati jijin 3'SS ni nkan ṣe pẹlu awọn ilana AS ti o ya sọtọ ti n ṣe agbekalẹ awọn isoforms lọpọlọpọ.
Ṣe nọmba 2. Yiyan 3' awọn ilana splicing ti a mọ pẹlu data itọsẹ nanopore
Itupalẹ lilo iṣẹlẹ iṣẹlẹ IR ti ni opin pipẹ ni itupalẹ orisun kika kukuru nitori igbẹkẹle ninu idanimọ IR ati iwọn.Ifihan ti awọn isoforms IR ni SF3B1-K700E ati SF3B1-WT ni a ṣe iwọn ti o da lori awọn ilana nanopore, ti n ṣafihan ilana-isalẹ agbaye ti awọn isoforms IR ni SF3B1-K700E.
Ṣe nọmba 4. Agbara ogbin ati asopọ nẹtiwọki kọja awọn ọna ṣiṣe agbe mẹta (A ati B);Itupalẹ igbo ID (C) ati Ibasepo laarin kikankikan ogbin ati imunisin AMF (D)
Nọmba 3. Awọn iṣẹlẹ idaduro Intron ti wa ni isalẹ ni agbara diẹ sii ni CLL SF3B1-K700E
Imọ ọna ẹrọ
Nanopore Gigun-ka Sequencing
Nitọsẹ anopore jẹ moleku kanṣoṣo gidi-akoko itanna ifihan agbara ipasẹ ọna ẹrọ.
DDNA tabi RNA ouble-stranded yoo so mọ amuaradagba nanoporous ti a fi sii ninu biofilm ati ṣiṣi silẹ labẹ idari amuaradagba mọto.
DAwọn okun NA/RNA kọja nipasẹ amuaradagba ikanni nanopore ni iwọn kan labẹ iṣe ti iyatọ foliteji.
Molecules ṣe ina awọn ifihan agbara itanna oriṣiriṣi ni ibamu si ilana kemikali.
Real-akoko erin ti awọn ọkọọkan wa ni waye nipa mimọ pipe.
Iṣe ti ipari-kikun tiranscriptome tito-ọrọ
√ Data ekunrere
Awọn kika kika 7-pupọ ti o nilo lati de itẹlọrun data afiwera.
√ Idanimọ Igbekale Tiransikiripiti
Idanimọ ti awọn iyatọ igbekalẹ oniruuru pẹlu ifọkanbalẹ kika ipari ipari ti iwe afọwọkọ kọọkan
√ Itupalẹ iyatọ ipele tiransikiripiti -Ṣifihan awọn ayipada ti o farapamọ nipasẹ awọn kika kukuru
Itọkasi
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.Tiransikiripiti gigun ni kikun ti iyipada SF3B1 ni aisan lukimia lymphocytic onibaje ṣe afihan isọdọtun ti awọn introns idaduro[J].Awọn ibaraẹnisọrọ iseda.
Tekinoloji ati Ifojusi ṣe ifọkansi ni pinpin ohun elo aṣeyọri aipẹ julọ ti awọn oriṣiriṣi awọn imọ-ẹrọ ipasẹ ọna giga ni ọpọlọpọ awọn aaye iwadii ati awọn imọran didan ni apẹrẹ idanwo ati iwakusa data.
Akoko ifiweranṣẹ: Jan-08-2022