Odidi GENOME RESEQUENING
Abojuto Genomics ti SARS-CoV-2 ṣafihan iyatọ piparẹ Nsp1 kan ti o ṣe atunṣe iru idahun interferon I.
Nanopore |Illumina |Gbogbo genome resequencing |metagenomics |RNA-Seq |Sanger
Awọn imọ-ẹrọ Biomarker pese atilẹyin imọ-ẹrọ lori ṣiṣe atẹle ayẹwo ninu iwadii yii.
Awọn ifojusi
1.SARS-CoV-2 genome sequencing ati phylognetic onínọmbà ṣe idanimọ 35 awọn iyipada loorekoore pẹlu 31 SNPs ati 4 Indels.
2.Association pẹlu 117 isẹgun phenotypes han oyi
pataki iyipada.
∆500-532 ni agbegbe ifaminsi Nsp1 ni ibamu pẹlu gbogun ti isalẹ
3.fifuye ati omi ara IFN-β.
4.Viral isolates pẹlu ∆500-532 iyipada jeki kekere IFN-I
idahun ninu awọn sẹẹli ti o ni arun.
Apẹrẹ adanwo
Awọn aṣeyọri
1. COVID-19 ajakale-arun ati iwo-kakiri jinomiki
A gba data ile-iwosan ni agbegbe Sichuan, China kọja akoko ibesile lati Oṣu Kini Ọjọ 22nd, 2020 si Oṣu kejila ọjọ 20, Ọdun 2020. Lapapọ awọn ọran 538 COVID-19 ni a timo nipasẹ awọn idanwo qPCR ni Sichuan, 28.8% eyiti o wa lati agbegbe naa. olu.Awọn ọran ti o jẹrisi ni Sichuan pọ si lọpọlọpọ, ti o ga ni Oṣu Kini Ọjọ 30th.Paapaa, data ṣe atilẹyin pe ipalọlọ awujọ le jẹ ipin bọtini ni idilọwọ itankale ọlọjẹ.
Ṣe nọmba 1. Iwadi nipa ajakale-arun ti COVID-19 ni agbegbe Sichuan, China
2. SARS-CoV-2 genome ikole ati awọn iyatọ idanimọ
Pẹlu multiplex PCR ampilifaya atẹle nipa nanopore lesese, lapapọ 310 sunmọ- tabi apa-pipe genomes lati 248 alaisan ti a ti ipilẹṣẹ pẹlu isunmọ.80% awọn genomes ti a bo nipasẹ awọn kika 10 (Itumọ ijinle: 0.39 M kika fun apẹẹrẹ).
Ṣe nọmba 2. Igbohunsafẹfẹ ti awọn iyatọ kọọkan ninu ẹgbẹ Sichuan
Apapọ 104 SNPs ati 18 Indels ni a ṣe idanimọ lati awọn genomes SARS-CoV-2, ninu eyiti 31 SNPs ati 4 Indels jẹ idanimọ bi awọn iyatọ jiini loorekoore.Nipa ifiwera wọn pẹlu awọn ayẹwo 169 lati Wuhan ati pẹlu 81,391 awọn ilana genome ti gbangba ti o ni agbara giga ni GISAID, 29 ti awọn iyatọ 35 ti a rii ni awọn kọnputa miiran.Ni pataki, awọn iyatọ mẹrin pẹlu ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 ati T13243C, nikan ni a rii lati wa ni Sichuan ati Wuhan ati pe ko si ni data GISAID, ti o nfihan pe awọn iyatọ wọnyi ṣee ṣe pupọ lati gbejade lati Wuhan, eyiti o pade pẹlu awọn igbasilẹ irin-ajo ti awọn alaisan.
Onínọmbà itankalẹ pẹlu o ṣeeṣe ti o pọju (ML) ati awọn isunmọ aago molikula Bayesian ni a ṣe ilana lori ọlọjẹ tuntun 88 s lati Sichuan ati 250 genomes curated lati awọn agbegbe miiran.Genomes pẹlu ∆500-532 (Awọn piparẹ ni agbegbe Nsp1 ifaminsi) ni a ri ti o pin kaakiri ni igi phylogenetic.Itupalẹ Haplotype lori awọn iyatọ Nsp1 ṣe idanimọ 5 ninu wọn lati awọn ilu lọpọlọpọ.Awọn abajade wọnyi daba pe ∆500-532 waye ni awọn ilu pupọ ati pe o le gbe wọle ni igba pupọ lati Wuhan.
Nọmba 2. Awọn iyatọ jiini loorekoore ati itupalẹ phylogenetic ninu awọn genomes SARS-CoV-2
3. Ẹgbẹ ti awọn iyatọ jiini loorekoore pẹlu awọn ilolu iwosan
117 phenotypes ile-iwosan ni nkan ṣe pẹlu iwuwo COVID-19, nibiti a ti pin awọn ẹda-ara ti o ni ibatan si awọn abuda 19 si awọn abuda ti ko nira ati ti ko le.Ibasepo laarin awọn abuda wọnyi ati awọn iyatọ jiini ti nwaye loorekoore 35 ni a sọ di mimọ ni maapu igbona-meji-cluster.Ayẹwo imudara imudara ipo ti o dabi GSEA fihan pe ∆500-532 ni ibamu pẹlu odi pẹlu ESR, omi ara IFN-β ati CD3+ CD8+ T sẹẹli ninu ẹjẹ.Pẹlupẹlu, awọn idanwo qPCR fihan pe awọn alaisan ti o ni akoran pẹlu ọlọjẹ ∆500-532 ni iye Ct ti o ga julọ, ie ẹru gbogun ti o kere julọ.
Ṣe nọmba 3. Awọn ẹgbẹ ti 35 awọn iyatọ jiini ti nwaye pẹlu awọn phenotypes iwosan
4. Afọwọsi lori gbogun ti iyipada ni nkan ṣe isẹgun phenotypes
Lati le ni oye awọn ipa ti ∆500-532 lori awọn iṣẹ Nsp1, awọn sẹẹli HEK239T ti yipada pẹlu awọn plasmids ti n ṣalaye ipari-gigun, WT Nsp1 ati awọn fọọmu mutant pẹlu awọn piparẹ.Awọn profaili transscriptome ti awọn sẹẹli HEK239T ti itọju kọọkan ni a ṣe ilana fun itupalẹ PCA, ti n fihan pe awọn ẹda-iparẹ piparẹ papọ ni isunmọ ati pe o yatọ pupọ si WT Nsp1.Awọn Jiini ti a ṣe atunṣe ni pataki ninu awọn mutanti ni pataki ni idarato ni “peptide biosynthetic/metabolic ilana”, “biogenesis eka ribonucleoprotein”, “amuaradagba ifọkansi si awo awọ / ER”, bbl Pẹlupẹlu, awọn piparẹ meji ṣe afihan ilana imukuro pato lati WT.
Ṣe nọmba 4. Atupalẹ transcriptome lori awọn sẹẹli HEK239T ti o yipada nipasẹ WT Nsp1 ati pe pẹlu awọn piparẹ
Awọn ipa ti awọn piparẹ lori idahun IFN-1 tun ni idanwo ni ikẹkọ ti o pọju.Gbogbo awọn piparẹ idanwo ni a fihan lati dinku atunṣe IFN-1 ni gbigbe HEK239T ati awọn sẹẹli A549 ni ipele transcriptome mejeeji ati ipele amuaradagba.O yanilenu, awọn Jiini ti o wa labẹ ofin ni pataki ni awọn piparẹ ni a ni idarato ni “idahun aabo si ọlọjẹ”, “atunṣe ẹda-ara-ara”, “ilana ti transcription nipasẹ RNA polymerase II” ati “idahun si iru I interferon”.
Nọmba 5. Ilana isalẹ ti awọn ipa ọna ifihan interferon ni ∆500-532 mutant
Ninu iwadi yii, ipa ti awọn piparẹ wọnyi lori ọlọjẹ ni a ti fi idi rẹ mulẹ siwaju nipasẹ awọn iwadii akoran ọlọjẹ.Awọn ọlọjẹ pẹlu awọn mutanti kan ti ya sọtọ lati awọn ayẹwo ile-iwosan ati ni akoran si awọn sẹẹli Calu-3.Awọn abajade alaye lori iwadi ikolu ọlọjẹ le ṣee ka ninu iwe naa.
doi:10.1016 / j.chom.2021.01.015
Itọkasi
Lin J, Tang C, Wei H, et al.Abojuto genomic ti SARS-CoV-2 ṣe awari iyatọ piparẹ Nsp1 kan ti o ṣe iyipada iru I idahun interferon[J].Ogun sẹẹli & microbe, 2021.
News ati Ifojusi ifọkansi ni pinpin awọn ọran aṣeyọri tuntun pẹlu Awọn imọ-ẹrọ Biomarker, yiya awọn aṣeyọri imọ-jinlẹ aramada bi daradara bi awọn ilana olokiki ti a lo lakoko iwadii naa.
Akoko ifiweranṣẹ: Jan-06-2022