GENOME IDAGBASOKE
iseda Jiini
Apejọ jiini ti o ni agbara giga ṣe afihan awọn abuda genomic rye ati awọn jiini pataki agronomically
PacBio |Illumina |Bionano Optical Map |Hi-C Genome Apejọ |Jiini Map |Yiyan Sweeps |RNA-Seq |ISO-seq |SLAF-seq
Awọn Imọ-ẹrọ Biomarker pese atilẹyin imọ-ẹrọ lori ipasẹ Pacbio, ilana Hi-C ati itupalẹ data ninu iwadii yii.
Awọn ifojusi
1.The first chromosomal-level ga didara Rye genome ti a gba, eyi ti o ni kan nikan chromosome iwọn tobi ju 1 Gb.
2.Compared to Tu, Aet ati Hv genome, a ṣe akiyesi awọn iṣẹlẹ LTR-RT laipe kan ni Rye genome, eyiti o jẹ iduro fun itẹsiwaju ti iwọn rye genome.
3.Iyatọ laarin rye ati awọn alikama diploid waye lẹhin iyapa ti barle lati alikama, pẹlu awọn akoko iyatọ fun awọn iṣẹlẹ meji ti o sunmọ 9.6 ati 15 MYA.
Awọn jiini FT phosphorylation le ṣakoso aṣa akọle ni kutukutu ni rye.
4.Selective sweep onínọmbà tọkasi o ṣee ṣe ilowosi ti ScID1 ninu awọn ilana ti awọn akori ọjọ ati awọn oniwe-awujo aṣayan nipa domestication ni rye
abẹlẹ
abẹlẹ
Rye jẹ ounjẹ ti o niyelori ati irugbin-ọgbin, orisun jiini pataki fun alikama ati ilọsiwaju triticale, ati ohun elo ti ko ṣe pataki fun awọn ikẹkọ jinomiki afiwera daradara ni awọn koriko.Weining rye, orisirisi aladodo ni kutukutu ti a gbin ni Ilu China, jẹ iyalẹnu nitori ilodisi titobi rẹ si imuwodu powdery mejeeji ati ipata adikala.Lati loye ipilẹ jiini ati molikula ti awọn abuda Gbajumo rye ati lati ṣe agbega awọn ẹkọ jiini ati ibisi ni rye ati awọn irugbin ti o jọmọ, a ṣe lẹsẹsẹ ati ṣe itupalẹ jiini ti Weining rye.
Awọn aṣeyọri
Rye Genome
Ẹya ara-ara Rye naa ni a ṣe nipasẹ sisọ awọn kika PacBio SMRT, kika kukuru Illumina, ati awọn ti o wa lati imudani conformation chromatin (Hi-C), maapu jiini, ati itupalẹ BioNano.Awọn contigs ti a pejọ (7.74 Gb) ṣe iṣiro fun 98.47% ti iwọn genome ti a pinnu (7.86 Gb), pẹlu 93.67% ti awọn contigs (7.25 Gb) ti a sọtọ si awọn krómósómù meje.Awọn eroja atunwi jẹ 90.31% ti jiomeji ti o pejọ.
Rye Genome
Maapu ọna asopọ Jiini (WJ) ni idagbasoke ni lilo awọn ohun ọgbin 295 F2 ti o wa lati irekọja ti awọn ilẹ rye meji (Weining × Jingzhou)
Maapu olubasọrọ Hi-C ti awọn chromosomes Weining rye meje ti o pejọ (1R – 7R)
Iṣatunṣe laarin awọn chromosomes meje ti o pejọ ti Weining rye ati awọn ẹgbẹ asopọ rye meje ti o dagbasoke ni lilo olugbe Lo7 x Lo255 RIL
Atọka Apejọ Apejọ LTR (LAI) ti Rye genome ni a rii lati jẹ 18.42 ati 1,393 (96.74%) ti 1,440 ti o ni aabo pupọ ti awọn Jiini BUSCO ni a mọ jade. ati genic awọn ẹkun ni.Apapọ awọn jiini ifaminsi amuaradagba 86,991, pẹlu 45,596 awọn jiini igbẹkẹle giga (HC) ati awọn jiini igbẹkẹle kekere 41,395 (LC) ni a sọtẹlẹ.
2. Onínọmbà ti TE
Onínọmbà ti TEs.Apapọ 6.99 Gb, ti o nsoju 90.31% ti apejọ Weining, jẹ asọye bi TEs, eyiti o pẹlu awọn eroja 2,671,941 ti o jẹ ti awọn idile 537.Akoonu TE yii han gbangba ga ju eyiti a royin tẹlẹ fun Ta (84.70%), Tu (81.42%), Aet (84.40%), WEW (82.20%), tabi Hv (80.80%).Awọn gun ebute tun retrotransposons (LTR-RT), pẹlu Gypsy, Copia ati unclassified RT eroja, wà ni ako TEs, ati 1 tẹdo 84,49% TE akoonu ati 76,29% ti jọ Weining genome;Awọn transposons CACTA DNA jẹ awọn TE ti o pọ julọ ni keji, ti o jẹ 11.68% ti akoonu TE akọsilẹ ati 10.55% ti jiini Weining ti o pejọ.
Onínọmbà ti awọn eroja transposon ti rye
Weining rye ni ipin ti o ga julọ ti awọn ifibọ to ṣẹṣẹ ti LTR-RTs pẹlu tente oke ti imudara han ni ayika 0.5 milionu ọdun sẹyin (MYA), eyiti o jẹ aipẹ julọ laarin awọn ẹya mẹrin;awọn miiran tente, lodo to 1.7 MYA, je agbalagba ati ki o tun ri ninu barle.Ni ipele superfamily, aipẹ pupọ ti awọn eroja Copia ni Weining rye ni 0.3 MYA ni a rii, lakoko ti awọn ampilifaya ti Gypsy RTs jẹ gaba lori ṣe apẹrẹ ilana pinpin bimodal ti awọn agbara agbara LTR-RT.
3. Iwadi ti rye genome itankalẹ ati chromosome syntenies
Iyatọ laarin rye ati awọn alikama diploid waye lẹhin iyapa ti barle lati alikama, pẹlu awọn akoko iyatọ fun awọn iṣẹlẹ meji ti o sunmọ 9.6 ati 15 MYA, lẹsẹsẹ.1R, 2R, 3R jẹ collinear patapata pẹlu awọn ẹgbẹ 1, 2 ati 3 chromosomes ti alikama, lẹsẹsẹ.4R, 5R, 6R, 7R ni a rii pe o wa awọn idapọ titobi nla ati awọn abala.
4. Onínọmbà ti jiini duplications ati awọn won ipa lori sitashi biosynthesis Jiini
Ni pataki, awọn nọmba ti awọn jiini ti o ni ilọpo meji (TDGs) ati awọn jiini isunmọ pipọ (PDGs) ti Weining rye mejeeji ga ju awọn ti a rii fun Tu, Aet, Hv, Bd ati Os.Awọn Jiini ti a daakọ (TrDGs) tun jẹ lọpọlọpọ ju awọn ti a rii ni pato fun Tu ati Aet.Imugboroosi genome Rye wa pẹlu awọn nọmba ti o ga julọ ti awọn ẹda-ẹda pupọ.Ilọsi TE ti nwaye ni rye le ti yori si nọmba giga ti TrDGs.
Awọn itupale itankalẹ ati chromosome synteny ti jiini rye
Onínọmbà ti awọn pidánpidán jiini rye ati ipa wọn lori awọn oniruuru ti awọn jiini ti o ni ibatan sitashi biosynthesis (SBRGs)
5. Pipin ti rye irugbin ipamọ amuaradagba (SSP) pupọ loci
Loci chromosomal mẹrin (Aaya-1 si Aaya-4) ti n ṣalaye awọn SSP rye ti jẹ idanimọ lori 1R tabi 2R.Awọn Jiini α-gliadin jẹ idagbasoke laipẹ ni alikama ati awọn eya ti o ni ibatan pẹkipẹki lẹhin iyatọ ti alikama lati rye.
6. Ayẹwo ti transcription ifosiwewe (TF) ati awọn Jiini resistance arun
Onínọmbà ti rye secalin loci
Weining rye ni ọpọlọpọ awọn jiini ti o ni ibatan si aarun ti o ni nkan ṣe (DRA) (1,989, Data Ipilẹṣẹ 3) ju Tu (1,621), Aet (1,758), Hv (1,508), Bd (1,178), Os (1,575), ati A (1,836). ), B (1,728) ati D (1,888) subgenomes ti alikama ti o wọpọ.
7. Iwadi ti awọn ẹya ikosile pupọ ti o ni nkan ṣe pẹlu akọle akọle ni kutukutu
Awọn Jiini FT meji pẹlu ikosile ti o ga julọ labẹ awọn ipo ọjọ pipẹ, ScFT1 ati ScFT2, ni a ṣe alaye ni apejọ jiini Weining.Awọn iṣẹku amino acid meji ti ScFT2 (S76 ati T132) phosphorylation ni a rii ibatan pẹlu idinku iṣakoso akoko.
Idagbasoke ati awọn ẹya ikosile jiini ti o ni nkan ṣe pẹlu ami akọle ibẹrẹ ti Weining rye
8. Iwakusa ti chromosomal awọn ẹkun ni ati loci oyi lowo ninu rye domestication
Apapọ 123,647 SNPs ni a lo lati ṣe itupalẹ gbigba yiyan laarin rye ti a gbin ati S.vavilovii.Awọn ifihan agbara gbigba yiyan 11 ti a damọ nipasẹ atọka idinku (DRI), atọka imuduro (FST) ati ọna XP-CLR.ScID1 ni a rii pe o ṣee ṣe ilowosi ninu ilana ti ọjọ akọle.
Idanimọ ati itupalẹ awọn agbegbe chromosomal ati loci ti o ni ibatan si inu ile rye
Itọkasi
Li GW et al.Apejọ jiini ti o ni agbara giga ṣe afihan awọn abuda genomic rye ati awọn jiini pataki agronomically.Genetics Iseda (2021)
News ati Ifojusi ifọkansi ni pinpin awọn ọran aṣeyọri tuntun pẹlu Awọn imọ-ẹrọ Biomarker, yiya awọn aṣeyọri imọ-jinlẹ aramada bi daradara bi awọn ilana olokiki ti a lo lakoko iwadii naa.
Akoko ifiweranṣẹ: Jan-05-2022