Gigun ti kii ṣe ifaminsi-Illumina
Awọn anfani Iṣẹ
● Àǹfààní Iṣẹ́ Ìsìn
● Cellular ati àsopọ ni pato
● Specific ipele expresses ati ki o iloju ìmúdàgba ikosile ayipada
● Awọn ilana deede ti akoko ati ikosile aaye
● Ayẹwo apapọ pẹlu data mRNA.
● ifijiṣẹ abajade ti o da lori BMKCloud: Iwakusa data adani ti o wa lori pẹpẹ.
● Lẹhin-tita iṣẹ wulo fun 3 osu lori ise agbese Ipari
Awọn ibeere Ayẹwo ati Ifijiṣẹ
| Ile-ikawe | Platform | Data ti a ṣe iṣeduro | Data QC |
| idinku rRNA | Imọlẹ PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Konc.(ng/μl) | Iye (μg) | Mimo | Otitọ |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Lopin tabi ko si amuaradagba tabi idoti DNA ti o han lori jeli. | Fun awọn ohun ọgbin: RIN≥6.5; Fun eranko: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ni opin tabi ko si igbega ipilẹ |
Nucleotides:
Àsopọ̀: Ìwọ̀n(gbẹ): ≥1 g
* Fun àsopọ ti o kere ju miligiramu 5, a ṣeduro lati firanṣẹ fisinu tutunini(ninu nitrogen olomi) ayẹwo àsopọ.
Idaduro sẹẹli: Iwọn sẹẹli = 3× 107
* A ṣeduro lati gbe lysate sẹẹli tio tutunini.Ni ọran ti sẹẹli yẹn kere ju 5×10 lọ5, Filasi tio tutunini ni nitrogen olomi ni a gbaniyanju.
Awọn ayẹwo ẹjẹ:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol ati ẹjẹ 2mL (TRIzol: Ẹjẹ = 3: 1)
Niyanju Ifijiṣẹ Apeere
Apoti: tube centifuge 2 milimita (a ko ṣeduro bankanje Tin)
Ifamisi apẹẹrẹ: Ẹgbẹ+ ṣe ẹda fun apẹẹrẹ A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Gbigbe:
1.Dry-ice: Awọn ayẹwo nilo lati wa ni aba ti awọn apo ati ki o sin ni gbẹ-yinyin.
2.RNAstable tubes: Awọn ayẹwo RNA le gbẹ ni tube imuduro RNA (fun apẹẹrẹ RNAstable®) ati gbigbe ni iwọn otutu yara.
Sisan Iṣẹ Iṣẹ
Apẹrẹ adanwo
Ifijiṣẹ apẹẹrẹ
RNA isediwon
Ikole ìkàwé
Titele
Itupalẹ data
Lẹhin-tita awọn iṣẹ
Bioinformatics
1.LncRNA iyasọtọ
LncRNA ti sọtẹlẹ nipasẹ awọn sọfitiwia mẹrin ti o wa loke ni a pin si awọn ẹka mẹrin: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;ori-LncRNA.Iyasọtọ LncRNA ti han ninu histogram ni isalẹ.
Iyasọtọ LncRNA
2.Cis-ìfọkànsí Jiini ti DE-lncRNA enrichment onínọmbà
ClusterProfiler ti wa ni iṣẹ ni itupalẹ imudara GO lori awọn jiini ti o ni idojukọ cis ti lncRNA (DE-lncRNA) ti a sọ ni iyatọ, ni awọn ofin ti awọn ilana ti ibi, awọn iṣẹ molikula ati awọn paati cellular.Itupalẹ imudara GO jẹ ilana kan lati ṣe idanimọ awọn itọsọna DEG ni pataki awọn ọrọ GO imudara ni akawe si gbogbo jiini.Awọn ofin imudara ni a gbekalẹ ninu histogram, chart bubble, ati bẹbẹ lọ bi a ṣe han ni isalẹ.
Awọn jiini ti a fojusi Cis ti itupalẹ imudara DE-lncRNA -Bubble chart
3. Nipa ifiwera gigun, nọmba exon, ORF ati iye ikosile ti mRNA ati lncRNA, a le loye awọn iyatọ ninu igbekalẹ, ọkọọkan ati bẹbẹ lọ laarin wọn, ati tun rii daju boya aramada lncRNA ti asọtẹlẹ nipasẹ wa ni ibamu si awọn abuda gbogbogbo.
BMK nla
Profaili ikosile lncRNA ti bajẹ ninu adenocarcinomas ẹdọfóró asin pẹlu iyipada KRAS-G12D ati knockout P53
Atejade:Iwe akọọlẹ ti Cellular ati Oogun Molecular2019
Ilana titele
Illumina
Apeere gbigba
Awọn sẹẹli NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) ati awọn sẹẹli iṣakoso odi (sh-Scr) ni a gba ni ọjọ 6 ti ikolu ọlọjẹ kan pato.
Awọn abajade bọtini
Iwadi yii ṣe iwadii awọn lncRNAs aberrantly ti a sọ ni adenocarcinoma ẹdọfóró asin pẹlu knockout P53 ati iyipada KrasG12D.
1.6424 lncRNAs ni a fihan ni iyatọ (≥ 2-agbo iyipada, P <0.05).
2.Laarin gbogbo awọn 210 lncRNAs (FC≥8), 11 lncRNAs 'ikosile ni a ṣe ilana nipasẹ P53, 33 lncRNAs nipasẹ KRAS ati 13 lncRNAs nipasẹ hypoxia ni awọn sẹẹli KP akọkọ, lẹsẹsẹ.
3.NONMMUT015812, eyiti o jẹ ilana ti o ṣe pataki ni adenocarcinoma ẹdọfóró asin ati ti ko tọ nipasẹ P53 tun-ikosile, ni a rii lati ṣe itupalẹ iṣẹ cellular rẹ.
4.Knockdown ti NONMMUT015812 nipasẹ awọn shRNAs dinku ilọsiwaju ati awọn agbara iṣilọ ti awọn sẹẹli KP.NONMMUT015812 jẹ oncogene ti o pọju.
 Itupalẹ ipa ọna KEGG ti awọn jiini ti a fihan ni iyatọ ninu awọn sẹẹli KP NONMMUT015812-knockdown |  Itupalẹ Gene Ontology ti awọn jiini ti a fihan ni iyatọ ninu awọn sẹẹli KP NONMMUT015812-knockdown |
Itọkasi
Profaili ikosile lncRNA ti o bajẹ ni adenocarcinomas ẹdọfóró asin pẹlu iyipada KRAS-G12D ati knockout P53 [J].Iwe akọọlẹ ti Cellular ati Oogun Molecular, 2019, 23 (10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
