Hi-C orisun Apejọ Genome
Awọn anfani Iṣẹ
Akopọ ti Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,ImọỌdun 2009)
● Ko si iwulo lati ṣe agbekalẹ olugbe jiini fun anchoring contig;
● iwuwo asami ti o ga julọ ti o yori si ipin idarọ awọn contigs ti o ga ni loke 90%;
● Ṣiṣe ayẹwo ati awọn atunṣe lori awọn apejọ genome ti o wa;
● Kukuru akoko akoko-yika pẹlu iṣedede ti o ga julọ ni apejọ genome;
● Iriri lọpọlọpọ pẹlu awọn ile-ikawe Hi-C ti o ju 1000 ti a ṣe fun diẹ sii ju 500 eya;
● Ju awọn ọran aṣeyọri 100 lọ pẹlu ipin ipa ti a tẹjade akopọ ti o ju 760;
● Hi-C orisun genome apejọ fun genome polyploid, 100% oṣuwọn anchoring ti waye ni iṣẹ iṣaaju;
● Awọn itọsi inu ile ati awọn aṣẹ lori ara sọfitiwia fun awọn idanwo Hi-C ati itupalẹ data;
● Sọfitiwia iṣatunṣe data wiwo ti ara ẹni ti o dagbasoke, jẹ ki iṣipopada dina afọwọṣe, yiyipada, fifagilee ati tunṣe.
Awọn pato Iṣẹ
|
Library Iru
|
Platform | Ka Gigun | Iṣeduro Ilana |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Awọn itupalẹ bioinformatics
● Aise data didara iṣakoso
● Hi-C ìkàwé didara iṣakoso
● Hi-C orisun genome apejọ
● Agbeyewo lẹhin apejọ
Awọn ibeere Ayẹwo ati Ifijiṣẹ
Awọn ibeere Apeere:
| Eranko | Fungus | Awọn ohun ọgbin
|
| Didisini àsopọ: 1-2g fun ìkàwé Awọn sẹẹli: 1x 10^7 awọn sẹẹli fun ile-ikawe | Didisini àsopọ: 1g fun ìkàwé | Didisini àsopọ: 1-2g fun ìkàwé
|
| * A ṣeduro lile ni fifiranṣẹ o kere ju 2 aliquots (1 g kọọkan) fun idanwo Hi-C. | ||
Niyanju Ifijiṣẹ Apeere
Apoti: tube centifuge 2 milimita (a ko ṣeduro bankanje Tin)
Fun pupọ julọ awọn ayẹwo, a ṣeduro lati ma ṣe itọju ni ethanol.
Apejuwe Apeere: Awọn ayẹwo nilo lati wa ni aami ni kedere ati aami si fọọmu alaye ayẹwo ti a fi silẹ.
Gbigbe: yinyin gbigbẹ: Awọn ayẹwo nilo lati wa ni iṣakojọpọ ninu awọn apo akọkọ ati sin ni yinyin gbigbẹ.
Sisan Iṣẹ Iṣẹ
Apẹrẹ adanwo
Ifijiṣẹ apẹẹrẹ
DNA isediwon
Ikole ìkàwé
Titele
Itupalẹ data
Lẹhin-tita awọn iṣẹ
*Awọn abajade demo ti o han nibi gbogbo wa lati awọn genomes ti a tẹjade pẹlu Awọn imọ-ẹrọ Biomarker
1.Hi-C ibaraenisepo ooru map ofCamptotheca acuminatajiini.Gẹgẹbi a ṣe han lori maapu, kikankikan ti awọn ibaraenisepo jẹ ibatan ni odi pẹlu ijinna laini, eyiti o tọkasi apejọ ipele-pipe chromosome ti o peye gaan.(Ìpín ìdádúró: 96.03%)
Kang M et al.,Awọn ibaraẹnisọrọ isedaỌdun 2021
2.Hi-C dẹrọ afọwọsi ti inversions laarinGossypium hirsutumL. TM-1 A06 atiG. arboreumKr06
Yang Z et al.,Awọn ibaraẹnisọrọ Iseda, 2019
3.Apejọ ati iyatọ biallelic ti genomes cassava SC205.Hi-C ooru maapu han pipin ko o ni awọn krómósómù isokan.
Hu W et al.,Ohun ọgbin MolecularỌdun 2021
4.Hi-C heatmap lori apejọ jiini eya Ficus meji:F.microcarpa(anchoring ratio: 99,3%) atiF.hispida (ipin idaduro: 99.7%)
Zhang X et al.,Ẹyin sẹẹli, Ọdun 2020
BMK nla
Awọn Jinomisi Ti Igi Banyan Ati Wasp Pollinator Pese Awọn Imọye Sinu Ọpọtọ-wasp Coevolution
Atejade: Ẹyin sẹẹli, Ọdun 2020
Ilana ilana-tẹle:
F. microcarpa Jinomini: to.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidaJinomini: to.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillataJinomini: to.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Awọn abajade bọtini
1.Two banyan igi genomes ati ọkan pollinator wasp genome won ti won ko nipa lilo PacBio sequencing, Hi-C ati linkage map.
(1)F. microcarpagenome: Apejọ ti 426 Mb (97.7% ti iwọn genome ti a pinnu) ni idasilẹ pẹlu contig N50 ti 908 Kb, Dimegilio BUSCO ti 95.6%.Ni apapọ awọn ilana 423 Mb ni a so mọ awọn chromosomes 13 nipasẹ Hi-C.Itumọ genome ti so awọn jiini ifaminsi amuaradagba 29,416 jade.
(2)F. Hispidagenome: Apejọ ti 360 Mb (97.3% ti iwọn genome ti a pinnu) jẹ ikore pẹlu contig N50 ti 492 Kb ati Dimegilio BUSCO ti 97.4%.Lapapọ awọn ilana 359 Mb ni a so sori awọn chromosomes 14 nipasẹ Hi-C ati pe o jọra pupọ si maapu asopọ iwuwo giga.
(3)Eupristina verticillatagenome: Apejọ ti 387 Mb (Iwọn genome ti a ni ifoju: 382 Mb) ni idasilẹ pẹlu contig N50 ti 3.1 Mb ati Dimegilio BUSCO ti 97.7%.
2.Comparative genomics onínọmbà han nla nọmba ti be iyatọ laarin mejiFicusgenomes, eyiti o pese awọn orisun jiini ti ko niyelori fun awọn ẹkọ itankalẹ adaṣe.Iwadi yii, fun igba akọkọ, pese awọn oye sinu Ọpọtọ-wasp coevolution ni ipele-jinomic.
 Aworan aworan Circos lori awọn ẹya ara-ara ti mejiFicusawọn genomes, pẹlu awọn chromosomes, awọn ẹda-ẹda apakan (SDs), awọn transposons (LTR, TEs, DNA TEs), ikosile jiini ati synteny |  Idanimọ ti chromosome Y ati apilẹṣẹ ipinnu ibalopo |
Zhang, X., et al."Awọn Jinomi ti Igi Banyan ati Pollinator Wasp Pese Awọn Imọye sinu Ọpọtọ-Wasp Coevolution."Ẹyin 183.4 (2020).
