Ipari mRNA ni kikun -PacBio
Awọn anfani Iṣẹ
● Kika taara jade kuro ninu moleku cDNA ni kikun lati 3'- opin si 5'- ipari
● Iso-fọọmu ipele ipinnu ni ọkọọkan be
● Awọn iwe afọwọkọ pẹlu iṣedede giga ati iduroṣinṣin
● Ni ibamu pupọ si awọn eya vaiours
● Agbara ipasẹ nla pẹlu 4 PacBio Sequel II awọn iru ẹrọ ti o ni ipese
● Ni iriri giga pẹlu diẹ sii ju awọn iṣẹ akanṣe RNA ti o da lori 700 Pacbio
● ifijiṣẹ abajade ti o da lori BMKCloud: Iwakusa data adani ti o wa lori pẹpẹ.
● Lẹhin-tita iṣẹ wulo fun 3 osu lori ise agbese Ipari
Awọn pato Iṣẹ
Platform: PacBio Sequel II
Ile-ikawe ti o tẹle: Poly A- imudara ile-ikawe mRNA
Ipese data ti a ṣe iṣeduro: 20 Gb/ayẹwo (da lori awọn eya)
FLNC (%): ≥75%
* FLNC: Gigun ni kikun ti kii-chimeric transcipts
Awọn itupalẹ bioinformatics
● Aise data processing
● Idanimọ tiransikiripiti
● Ilana ọkọọkan
● Iṣiro Iṣiro
● Apejuwe Iṣẹ
Awọn ibeere Ayẹwo ati Ifijiṣẹ
Awọn ibeere Apeere:
Nucleotides:
| Konc.(ng/μl) | Iye (μg) | Mimo | Otitọ |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Lopin tabi ko si amuaradagba tabi idoti DNA ti o han lori jeli. | Fun awọn ohun ọgbin: RIN≥7.5; Fun eranko: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; ni opin tabi ko si igbega ipilẹ |
Apa: iwuwo(gbẹ):≥1 g
* Fun àsopọ ti o kere ju miligiramu 5, a ṣeduro lati firanṣẹ fisinu tutunini(ninu nitrogen olomi) ayẹwo àsopọ.
Idaduro sẹẹli:Iwọn sẹẹli = 3×106- 1×107
* A ṣeduro lati gbe lysate sẹẹli tio tutunini.Ni ọran ti sẹẹli yẹn kere ju 5×10 lọ5, Filaṣi tutunini ni nitrogen olomi ni a ṣe iṣeduro, eyiti o dara julọ fun isediwon micro.
Awọn ayẹwo ẹjẹ:Iwọn didun ≥1 milimita
Microorganism:Iwọn ≥ 1 g
Niyanju Ifijiṣẹ Apeere
Apoti:
tube centrifuge 2 milimita (a ko ṣeduro bankanje Tin)
Ifamisi apẹẹrẹ: Ẹgbẹ+ ṣe ẹda fun apẹẹrẹ A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Gbigbe:
1. Gbẹ-yinyin: Awọn ayẹwo nilo lati wa ni aba ti awọn apo ati ki o sin ni gbẹ-yinyin.
2. Awọn tubes RNAstable: Awọn ayẹwo RNA le gbẹ ni tube imuduro RNA (fun apẹẹrẹ RNAstable®) ati gbigbe ni iwọn otutu yara.
Sisan Iṣẹ Iṣẹ
Apẹrẹ adanwo
Ifijiṣẹ apẹẹrẹ
RNA isediwon
Ikole ìkàwé
Titele
Itupalẹ data
Lẹhin-tita awọn iṣẹ
1.FLNC ipari pinpin
Gigun ipari kika ti kii ṣe chimeric(FLNC) tọkasi gigun ti cDNA ni ikole ile ikawe.Pinpin gigun FLNC jẹ itọkasi pataki ni iṣiro didara ti ikole ile-ikawe.
FLNC ka ipari pinpin
2.Pari pinpin ipari agbegbe ORF
A lo TransDecoder lati ṣe asọtẹlẹ awọn agbegbe ifaminsi amuaradagba ati awọn ilana amino acid ti o baamu lati ṣe agbekalẹ awọn eto unigene, eyiti o ni alaye iwe-kikọ ti kii ṣe laiṣe laiṣe ni gbogbo awọn ayẹwo.
Pipin pinpin ipari agbegbe ORF ni pipe
3.KEGG itupale imudara ipa ọna
Awọn iwe afọwọkọ ti a fihan ni iyatọ (DETs) ni a le ṣe idanimọ nipasẹ titọna data ilana RNA ti o da lori NGS lori awọn eto tiransikiripiti gigun ni kikun ti ipilẹṣẹ nipasẹ data ipasẹ PacBio.Awọn DET wọnyi le ṣe ilọsiwaju siwaju fun ọpọlọpọ itupalẹ iṣẹ ṣiṣe, fun apẹẹrẹ, itupalẹ imudara ipa ọna KEGG.
DET KEGG ipa ọna imudara -Dot Idite
BMK nla
Awọn agbara idagbasoke ti Populus stem transcriptome
Atejade: Eweko Biotechnology akosile, Ọdun 2019
Ilana ilana-tẹle:
Àkójọpọ̀ àpẹrẹ:awọn agbegbe yio: apex, internode akọkọ (IN1), internode keji (IN2), internode kẹta (IN3), internode (IN4) ati internode (IN5) lati Nanlin895
NGS-tẹle:RNA ti awọn ẹni-kọọkan 15 ni a ṣajọpọ bi apẹẹrẹ ti ẹda kan.Awọn ẹda ẹda mẹta ti awọn aaye kọọkan ni a ṣe ilana fun ọkọọkan NGS
TGS-tẹle:Awọn agbegbe stem ti pin si awọn agbegbe mẹta, ie apex, IN1-IN3 ati IN4-IN5.Ekun kọọkan ni a ṣe ilana fun ipasẹ PacBio pẹlu awọn oriṣi mẹrin ti awọn ile ikawe: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb ati 3-10 kb.
Awọn abajade bọtini
1.Apapọ ti 87150 awọn iwe afọwọkọ ni kikun ni a mọ, ninu eyiti, 2081 isoforms aramada ati 62058 aramada yiyan awọn isoforms yiyan spliced ni a mọ.
2.1187 lncRNA ati awọn jiini idapọ 356 ni a ṣe idanimọ.
3.Lati idagbasoke akọkọ si idagbasoke keji, 15838 ti o yatọ si awọn iwe-itumọ ti a ṣe afihan lati 995 ti o yatọ si awọn Jiini ti a ṣe afihan.Ni gbogbo DEGs, 1216 jẹ awọn ifosiwewe transcription, pupọ julọ eyiti ko tii royin.
Ayẹwo imudara 4.GO ṣe afihan pataki ti pipin sẹẹli ati ilana idinku-oxidation ni idagbasoke akọkọ ati keji.
Yiyan splicing iṣẹlẹ ati o yatọ si isoforms
WGCNA onínọmbà lori transcription ifosiwewe
Itọkasi
Chao Q, Gao ZF, Zhang D, et al.Awọn agbara idagbasoke ti Populus stem transcriptome.Ohun ọgbin Biotechnol J. 2019; 17 (1): 206-219.doi:10.1111/pbi.12958
