Bulked Segregant onínọmbà
Awọn anfani Iṣẹ
Takagi et al., Iwe akọọlẹ ọgbin, 2013
● Isọdi ti o peye: Dapọ awọn olopobobo pẹlu awọn eniyan 30 + 30 si 200 + 200 lati dinku ariwo ẹhin;Asọtẹlẹ ẹkun oludije ti ko ni ibamu pẹlu awọn mutatants.
● Itupalẹ okeerẹ: Itọkasi iṣẹ jiini oludibo ti o jinlẹ, pẹlu NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, ati bẹbẹ lọ.
● Akoko Yiyara Yiyara: Isọdi apilẹṣẹ iyara laarin awọn ọjọ iṣẹ 45.
● Iriri ti o gbooro: BMK ti ṣe alabapin ni ẹgbẹẹgbẹrun awọn abuda isọdibilẹ, ti o bo awọn oriṣi oniruuru bii awọn irugbin, awọn ọja inu omi, igbo, awọn ododo, awọn eso, ati bẹbẹ lọ.
Awọn pato Iṣẹ
Olugbe:
Pinpin awọn ọmọ ti awọn obi pẹlu awọn atako phenotypes.
Fun apẹẹrẹ awọn ọmọ-ọmọ F2, Ikọja-pada (BC), Laini idawọle Atunkọ (RIL)
Adalu adagun
Fun awọn ami didara: 30 si 50 awọn eniyan kọọkan (o kere ju 20) / olopobobo
Fun pipo tratis: oke 5% si 10% awọn ẹni-kọọkan pẹlu boya awọn iwọn phenotypes ni gbogbo olugbe (o kere ju 30+30).
Niyanju ijinle lesese
O kere ju 20X/obi ati 1X/ọmọ kọọkan (fun apẹẹrẹ fun adagun dapọ ọmọ ti 30+30 ẹni kọọkan, ijinle titele yoo jẹ 30X fun olopobobo)
Awọn itupalẹ bioinformatics
● Odidi ti ara-ara ti o tẹle
● Ṣiṣe data
● SNP/Indel pipe
● Ayẹwo agbegbe oludije
● Oludije iṣẹ alaye
Awọn ibeere Ayẹwo ati Ifijiṣẹ
Awọn ibeere Apeere:
Nucleotides:
| gDNA apẹẹrẹ | Ayẹwo ti ara |
| Ifojusi: ≥30 ng/μl | Awọn ohun ọgbin: 1-2 g |
| Iye: ≥2 μg (Iwọn didun ≥15 μl) | Ẹranko: 0.5-1 g |
| Mimọ: OD260/280 = 1.6-2.5 | Gbogbo ẹjẹ: 1,5 milimita |
Sisan Iṣẹ Iṣẹ
Apẹrẹ adanwo
Ifijiṣẹ apẹẹrẹ
RNA isediwon
Ikole ìkàwé
Titele
Itupalẹ data
Lẹhin-tita awọn iṣẹ
1.Association onínọmbà mimọ lori Euclidean Distance (ED) lati da oludije agbegbe.Ni awọn wọnyi olusin
X-axis: Chromosome nọmba;Aami kọọkan duro fun iye ED ti SNP kan.Laini Dudu ni ibamu si iye ED ti o ni ibamu.Iwọn ED ti o ga julọ tọkasi ajọṣepọ pataki diẹ sii laarin aaye naa ati phenotype.Laini daaṣi pupa duro ala ti ajọṣepọ pataki.
2.Association onínọmbà orisun ko si SNP-index
X-axis: Chromosome nọmba;Aami kọọkan duro fun iye atọka SNP.Laini dudu duro fun iye SNP-index ti o ni ibamu.Awọn ti o tobi ni iye ti wa ni, awọn diẹ significant sepo ni.
BMK nla
Iwa pipo ipa pataki ti agbegbe Fnl7.1 ṣe koodu amuaradagba lọpọlọpọ embryogenesis pẹ to ni nkan ṣe pẹlu gigun ọrun eso ni kukumba
Atejade: Eweko Biotechnology akosile, Ọdun 2020
Ilana ilana-tẹle:
Awọn obi (Jin5-508, YN): Gbogbo jiini ti o tẹle fun 34 × ati 20 ×.
Awọn adagun DNA (50 Ọrun-gigun ati 50 ọrun kukuru): Atunse fun 61 × ati 52 ×
Awọn abajade bọtini
Ninu iwadi yii, iye eniyan ipinya (F2 ati F2: 3) jẹ ipilẹṣẹ nipasẹ lila laini kukumba ọrùn gigun Jin5-508 ati ọrun kukuru YN.Awọn adagun omi DNA meji ni a ṣe nipasẹ awọn ẹni-kọọkan ọrun-gigun 50 pupọ ati awọn ẹni-kọọkan ọrun kukuru 50 pupọ.Ipa pataki QTL jẹ idanimọ lori Chr07 nipasẹ itupalẹ BSA ati aworan agbaye QTL ibile.Ekun oludije ti dín si isalẹ nipasẹ aworan-itanran, iwọn ikosile pupọ ati awọn adanwo transgenic, eyiti o ṣafihan jiini bọtini ni ṣiṣakoso gigun-ọrun, CsFnl7.1.Ni afikun, polymorphism ni agbegbe olupolowo CsFnl7.1 ni a rii pe o ni nkan ṣe pẹlu ikosile ti o baamu.Itupalẹ phylogenetic siwaju daba pe agbegbe Fnl7.1 ṣee ṣe pupọ lati wa lati India.
 QTL-aworan agbaye ni itupalẹ BSA lati ṣe idanimọ agbegbe oludije ti o ni nkan ṣe pẹlu gigun ọrun kukumba |  Awọn profaili LOD ti QTL ọrun kukumba damọ lori Chr07 |
Xu, X., et al.“Ipa titobi ipa pataki ipo ipo Fnl7.1 ṣe koodu amuaradagba lọpọlọpọ embryogenesis pẹ to ni nkan ṣe pẹlu gigun ọrun eso ni kukumba.”Iwe akosile Imọ-ẹrọ Ohun ọgbin 18.7 (2020).
