16S / 18S / IT Amplicon Sequencing-NGS
Awọn anfani Iṣẹ
● Iyasọtọ-ọfẹ ati idanimọ iyara ti akopọ microbial ni awọn apẹẹrẹ ayika
● Iwọn ti o ga julọ ni awọn ohun elo ti o pọju ni awọn ayẹwo ayika
● Tuntun QIIME2 itupale sisan pẹlu oniruuru itupale ni awọn ofin ti database, annotation, OTU/ASV.
● Ṣiṣe-giga, iṣedede ti o ga julọ
● Ti o wulo fun awọn iwadi agbegbe microbial oniruuru
● BMK ni iriri ti o pọju pẹlu awọn ayẹwo 100,000 / ọdun, ibora ti ile, omi, gaasi, sludge, feces, ifun, awọ ara, broth bakteria, kokoro, eweko, ati be be lo.
● BMKCloud dẹrọ itumọ data ti o ni awọn irinṣẹ itupalẹ ti ara ẹni 45 ninu
Awọn pato Iṣẹ
| TitelePlatform | Ile-ikawe | Niyanju data ikore | Ifoju-yika akoko |
| Illumina NovaSeq Platform | PE250 | 50K/100K/300K Tags | 30 Ọjọ |
Awọn itupalẹ bioinformatics
● Aise data didara iṣakoso
● Iṣakojọpọ OTU/De-ariwo(ASV)
● Akọsilẹ OTU
● Alfa oniruuru
● Beta oniruuru
● Ayẹwo laarin ẹgbẹ
● Iṣiro ẹgbẹ lodi si awọn ifosiwewe idanwo
● Asọtẹlẹ jiini iṣẹ
Awọn ibeere Ayẹwo ati Ifijiṣẹ
Awọn ibeere Apeere:
FunDNA ayokuro:
| Apeere Iru | Iye | Ifojusi | Mimo |
| DNA ayokuro | 30ng | 1ng/μl | OD260/280 = 1.6-2.5 |
Fun awọn apẹẹrẹ ayika:
| Iru apẹẹrẹ | Ilana iṣapẹẹrẹ ti a ṣe iṣeduro |
| Ile | Iye iṣapẹẹrẹ: isunmọ.5 g;Ohun elo ti o gbẹ nilo lati yọ kuro ni oke;Lilọ awọn ege nla ki o kọja nipasẹ àlẹmọ 2 mm;Aliquot awọn ayẹwo ni ifo EP-tube tabi cyrotube fun ifiṣura. |
| Igbẹ | Iye iṣapẹẹrẹ: isunmọ.5 g;Gba ati aliquot awọn ayẹwo ni ifo EP-tube tabi cryotube fun ifiṣura. |
| Awọn akoonu inu | Awọn ayẹwo nilo lati ni ilọsiwaju labẹ ipo aseptic.Wẹ àsopọ ti a gba pẹlu PBS;Centrifuge awọn PBS ati ki o gba awọn precipitant ni EP-tube. |
| Sludge | Iye iṣapẹẹrẹ: isunmọ.5 g;Gba ati aliquot sludge ayẹwo ni ifo EP-tube tabi cryotube fun ifiṣura |
| Olomi | Fun apẹẹrẹ pẹlu iye to lopin ti makirobia, gẹgẹbi omi tẹ ni kia kia, omi kanga, ati bẹbẹ lọ, Gba o kere ju 1 L omi ki o kọja nipasẹ àlẹmọ 0.22 μm lati ṣe alekun microbial lori awo ilu.Tọju awo ilu ni tube ifo. |
| Awọ ara | Ṣọra ge oju awọ ara pẹlu swab owu ti ko ni ifo tabi abẹfẹlẹ abẹ ki o gbe sinu tube ti o ni ifo. |
Niyanju Ifijiṣẹ Apeere
Di awọn ayẹwo naa sinu omi nitrogen fun awọn wakati 3-4 ati fipamọ sinu nitrogen olomi tabi iwọn -80 si ifiṣura igba pipẹ.Ayẹwo gbigbe pẹlu yinyin gbigbẹ ni a nilo.
Sisan Iṣẹ Iṣẹ
Ifijiṣẹ apẹẹrẹ
Ikole ìkàwé
Titele
Itupalẹ data
Lẹhin-tita awọn iṣẹ
1.Species pinpin
2.Heat map: Awọn eya oloro iṣupọ
3.Rare faction ti tẹ
4.NMDS onínọmbà
5.Lefse onínọmbà
BMK nla
Awọn ẹni-kọọkan ti o sanra pẹlu ati laisi Àtọgbẹ Iru 2 ṣe afihan oriṣiriṣi agbara iṣẹ ṣiṣe microbial ikun ati akopọ
Atejade:Olugbalejo sẹẹli & Microbe, 2019
Ilana ilana-tẹle:
Lean ti kii-diabetes (n=633);Isanraju ti kii ṣe atọgbẹ (n=494);Isanraju-Iru àtọgbẹ 2 (n=153);
Agbegbe afojusun: 16S rDNA V1-V2
Platform: Illumina Miseq (atẹle ampilifisi orisun-NGS)
Ipilẹ ti awọn ayokuro DNA ni a tẹriba si itọsẹ metagenomic lori Illumina Hiseq
Awọn abajade bọtini
Awọn profaili makirobia ti awọn arun ti iṣelọpọ wọnyi ni aṣeyọri ni aṣeyọri.
Nipa ifiwera awọn ẹya microbial ti ipilẹṣẹ nipasẹ ilana 16S, isanraju ni a rii lati ni nkan ṣe pẹlu awọn ayipada ninu akopọ microbial, awọn ẹya ara ẹni kọọkan, paapaa idinku pataki ni Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, bbl Ni afikun, T2D ni a rii ni nkan ṣe pẹlu ilosoke ninu Escherichia/shigella .
Itọkasi
Thingholm, LB, et al."Awọn ẹni-kọọkan ti o sanraju pẹlu ati laisi Irufẹ Àtọgbẹ Iru 2 Ṣe afihan Agbara Iṣẹ-ṣiṣe Gut Microbial Oriṣiriṣi ati Iṣọkan."Cell Gbalejo & Microbe26.2(2019).
