גאַנץ טראַנסקריפּטאָמע סיקוואַנסינג - Illumina
איינריכטונגען
● צווייענדיק ביבליאָטעק צו סיקוואַנס די גאַנץ טראַנסקריפּטאָמע: rRNA דיפּלישאַן נאכגעגאנגען דורך PE150 ביבליאָטעק צוגרייטונג און גרייס סעלעקציע נאכגעגאנגען דורך SE50 ביבליאָטעק צוגרייטונג
● גאַנץ ביאָינפאָרמאַטיקס אַנאַליסיס פון מרנאַ, לנקרנאַ, סירקנאַ און מירנאַ אין באַזונדער ביאָינפאָרמאַטיקס ריפּאָרץ
● שלאָס אַנאַליסיס פון אַלע רנאַ אויסדרוק אין קאַמביינד באַריכט, אַרייַנגערעכנט סערנאַ נעטוואָרקס אַנאַליסיס.
סערוויס אַדוואַנטאַגעס
●אין-טיפקייַט אַנאַליסיס פון רעגולאַטאָרי נעטוואָרקס: סערנאַ נעץ אַנאַליסיס איז ענייבאַלד דורך די שלאָס סיקוואַנסינג פון mRNA, lncRNA, circRNA און מירנאַ און דורך אַ יגזאָסטיוו ביאָינפאָרמאַטיק וואָרקפלאָוו.
●פולשטענדיק אַנאָטאַציע: מיר נוצן קייפל דאַטאַבייסיז צו פאַנגקשאַנאַלי אַנאַטייט די דיפערענטשאַלי עקספּרעססעד גענעס (DEGs) און דורכפירן די קאָראַספּאַנדינג ענריטשמענט אַנאַליסיס, פּראַוויידינג ינסייץ אויף די סעליאַלער און מאָלעקולאַר פּראַסעסאַז אַנדערלייינג די טראַנסקריפּטאָם ענטפער.
●ברייט עקספּערטיז: מיט אַ שפּור רעקאָרד פון הצלחה קלאָוזינג איבער 2000 גאַנץ טראַנסקריפּטאָמע פּראַדזשעקס אין פאַרשידן פאָרשונג פעלד, אונדזער מאַנשאַפֿט ברענגט אַ עשירות פון דערפאַרונג צו יעדער פּרויעקט.
●שטרענג קוואַליטי קאָנטראָל: מיר ינסטרומענט האַרץ קאָנטראָל פונקטן אין אַלע סטאַגעס, פֿון מוסטער און ביבליאָטעק צוגרייטונג צו סיקוואַנסינג און ביאָינפאָרמאַטיקס.דעם מאַטיקיאַלאַס מאָניטאָרינג ינשורז די עקספּרעס פון קאַנסיסטאַנטלי הויך-קוואַליטעט רעזולטאַטן.
● פולשטענדיק אַנאָטאַטיאָן: מיר נוצן קייפל דאַטאַבייסיז צו פאַנגקשאַנאַלי אַנאַטייט די דיפערענטשאַלי עקספּרעססעד גענעס (DEGs) און דורכפירן די קאָראַספּאַנדינג ענריטשמענט אַנאַליסיס, פּראַוויידינג ינסייץ אויף די סעליאַלער און מאָלעקולאַר פּראַסעסאַז אַנדערלייינג די טראַנסקריפּטאָם ענטפער.
●פּאָסטן-סאַלעס שטיצן: אונדזער היסכייַוועס יקסטענדז ווייַטער פון פּרויעקט קאַמפּלישאַן מיט אַ 3-חודש נאָך-פאַרקויף דינסט צייַט.אין דעם צייט, מיר פאָרשלאָגן פּרויעקט נאָכגיין-אַרויף, טראָובלעשאָאָטינג הילף און ק&א סעשאַנז צו אַדרעס קיין פֿראגן שייַכות צו די רעזולטאַטן
מוסטער רעקווירעמענץ און עקספּרעס
| ביבליאָטעק | סיקוואַנסינג סטראַטעגיע | דאַטן רעקאַמענדיד | קוואַליטעט קאָנטראָל |
| ררנאַ דיפּליטיד | Illumina PE150 | 16 גיגעבייט | Q30≥85% |
| גרייס אויסגעקליבן | Illumina SE50 | 10-20 ם לייענט |
מוסטער רעקווירעמענץ:
נוקלעאָטידע:
| קאָנס. (נג/μל) | סומע (μg) | ריינקייַט | אָרנטלעכקייַט |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280=1.7-2.5 אָד260/230=0.5-2.5 לימיטעד אָדער קיין פּראָטעין אָדער דנאַ קאַנטאַמאַניישאַן געוויזן אויף געל. | געוויקסן: RIN≥6.5 כייַע: RIN≥7.0 5.0≥28S/18S≥1.0; לימיטעד אָדער קיין באַסעלינע הייך |
רעקאַמענדיד מוסטער עקספּרעס
קאנטעינער:
2 מל סענטריפודזש רער (צין שטער איז נישט רעקאַמענדיד)
מוסטער לייבלינג: גרופע + רעפּלאַקייט למשל A1, A2, A3;ב 1, ב 2, ב 3 ... ...
טראַנספּאָרט:
1.דריי-אייז: סאַמפּאַלז דאַרפֿן צו זיין פּאַקט אין באַגס און בעריד אין טרוקן-אייז.
2.RNAstable טובז: רנאַ סאַמפּאַלז קענען זיין דאַר אין רנאַ סטייבאַלאַזיישאַן רער (למשל רנאַסטאַבלע®) און שיפּט אין צימער טעמפּעראַטור.
סערוויס אַרבעט לויפן
עקספּערימענט פּלאַן
מוסטער עקספּרעס
רנאַ יקסטראַקשאַן
ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן
סיקוואַנסינג
דאַטאַ אַנאַליסיס
נאָך-פאַרקויף באַדינונגען
ביאָינפאָרמאַטיקס
רנאַ אויסדרוק איבערבליק
דיפערענטשאַלי אויסגעדריקט גענעס
סערנאַ אַנאַליסיס
דיפערענטשאַלי אויסגעדריקט מירנאַס און פֿאַרבונדענע רנאַס
ויספאָרשן די פאָרשונג אַדוואַנטידזשיז פאַסילאַטייטיד דורך BMKGene 'גאנץ טראַנסקריפּטאָם סיקוואַנסינג באַדינונגס דורך אַ קוראַטעד זאַמלונג פון אויסגאבעס.
דיי, י עט על.(2022) 'פולשטענדיק אויסדרוק פּראָופיילז פון מרנאַס, לנקרנאַס און מירנאַס אין קאַשין-בעק קרענק יידענאַפייד דורך רנאַ-סיקוואַנסינג', מאָלעקולאַר אָמיקס, 18 (2), פּפּ. 154-166.דאָי: 10.1039/ד1מאָ00370ד.
ליו, ען נאַן עט על.(2022) 'פול לענג טראַנסקריפּטאָמעס אַנאַליסיס פון קאַלט קעגנשטעל פון Apis cerana אין טשאַנגבאַי Mountain בעשאַס אָוווערווינטערינג צייַט.', גענע, 830, זז 146503-146503.דאָי: 10.1016/דזש.גענע.2022.146503.
וואַנג, XJ עט על.(2022) 'מולטי-אָמיקס ינטעגראַטיאָן-באזירט פּריאָריטיזאַטיאָן פון קאַמפּיטינג ענדאָגענאָוס רנאַ רעגולירן נעטוואָרקס אין קליין צעל לונג ראַק: מאָלעקולאַר קעראַקטעריסטיקס און מעדיצין קאַנדאַדייץ', פראָנטיערס אין אָנקאָלאָגי, 12, ז.904865. דאָי: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
זו, פּי עט על.(2022) "ינאַגרייטיד אַנאַליסיס פון די LncRNA / circRNA-miRNA-mRNA אויסדרוק פּראָופיילז ריווילז ראָמאַן ינסייץ אין פּאָטענציעל מעקאַניזאַמז אין ענטפער צו וואָרצל-קנאָט נעמאַטאָודז אין פיסטאַשקע", BMC Genomics, 23 (1), פּפּ. 1-12.דאָי: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
יאַן, ז עט על.(2022) 'גאַנץ טראַנסקריפּטאָם רנאַ סיקוואַנסינג כיילייץ די מאָלעקולאַר מעקאַניזאַמז פֿאַרבונדן מיט די וישאַלט פון פּאָסטהאַרוועסט קוואַליטעט אין בראַקאַלי דורך רויט געפירט יריידייישאַן', Postharvest Biology and Technology, 188, פּ.111878. דאָי: 10.1016/דזש.POSTHARVBIO.2022.111878.
