-
טשראָמאַטין יממונאָפּרעסיפּיטאַטיאָן סיקוואַנסינג (ChIP-seq)
טשיפּ-סעק גיט גענאָמע-ברייט פּראָפילינג פון דנאַ טאַרגאַץ פֿאַר היסטאָנע מאָדיפיקאַטיאָן, טראַנסקריפּציע סיבות און אנדערע דנאַ-פארבונדן פּראָטעינס.עס קאַמביינז די סעלעקטיוויטי פון טשראָמאַטין ימיונאָ-אָפּזאַץ (טשיפּ) צו צוריקקריגן ספּעציפיש פּראָטעין-דנאַ קאַמפּלעקסאַז, מיט די מאַכט פון ווייַטער-דור סיקוואַנסינג (NGS) פֿאַר הויך-טרופּוט סיקוואַנסינג פון די ריקאַווערד דנאַ.דערצו, ווייַל די פּראָטעין-דנאַ קאַמפּלעקסאַז זענען ריקאַווערד פון לעבעדיק סעלז, ביינדינג זייטלעך קענען זיין קאַמפּערד אין פאַרשידענע צעל טייפּס און געוועבן אָדער אונטער פאַרשידענע טנאָים.אַפּפּליקאַטיאָנס קייט פון טראַנסקריפּטיאָנאַל רעגולירן צו אַנטוויקלונג פּאַטווייז צו קרענק מעקאַניזאַמז און ווייַטער.
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq Platform
-
מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג -NGS
מעטאַגענאָם רעפערס צו אַ זאַמלונג פון גאַנץ גענעטיק מאַטעריאַל פון אַ געמישט קהל פון אָרגאַניזאַמז, אַזאַ ווי ינווייראַנמענאַל מעטאַגענאָם, מענטש מעטאַגענאָם, אאז"ו ו.מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג איז אַ מאָלעקולאַר געצייַג געניצט צו פונאַנדערקלייַבן די געמישט גענאָמיק מאַטעריאַלס יקסטראַקטיד פון ינווייראַנמענאַל סאַמפּאַלז, וואָס גיט דיטיילד אינפֿאָרמאַציע אין מינים דייווערסיטי און שעפע, באַפעלקערונג סטרוקטור, פילאָגענעטיק שייכות, פאַנגקשאַנאַל גענעס און קאָראַליישאַן נעץ מיט ינווייראַנמענאַל סיבות.
פּלאַטפאָרמע:Illumina NovaSeq פּלאַטפאָרמע
-
מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג-נאַנאָפּאָרע
מעטאַגענאָמיקס איז אַ מאָלעקולאַר געצייַג געניצט צו אַנאַלייז די געמישט גענאָמיק מאַטעריאַלס יקסטראַקטיד פון ינווייראַנמענאַל סאַמפּאַלז, וואָס גיט דיטיילד אינפֿאָרמאַציע אין מינים דייווערסיטי און שעפע, באַפעלקערונג סטרוקטור, פילאָגענעטיק שייכות, פאַנגקשאַנאַל גענעס און קאָראַליישאַן נעץ מיט ינווייראַנמענאַל סיבות, אאז"ו ו. צו מעטאַגענאָמיק שטודיום.זיין בוילעט פאָרשטעלונג אין לייענען לענג לאַרגעלי ענכאַנסט אַראָפּ טייַך מעטאַגענאָמיק אַנאַליסיס, ספּעציעל מעטאַגענאָמע פֿאַרזאַמלונג.מיט די אַדוואַנטידזשיז פון לייענען-לענג, נאַנאָפּאָרע-באזירט מעטאַגענאָמיק לערנען איז ביכולת צו דערגרייכן מער קעסיידערדיק פֿאַרזאַמלונג קאַמפּערד מיט שאָס-ביקס מעטאַגענאָמיקס.עס איז ארויס אַז נאַנאָפּאָרע-באזירט מעטאַגענאָמיקס הצלחה דזשענערייטאַד גאַנץ און פֿאַרמאַכט באַקטיריאַל גענאָמעס פון מיקראָביאָמעס (Moss, EL, et. על,נאַטור ביאָטעטש, 2020)
פּלאַטפאָרמע:נאַנאָפּאָרע פּראָמעהיאָן פּ48
-
גאַנץ גענאָמע ביסולפיטע סיקוואַנסינג
דנאַ מעטהילאַטיאָן אין די פינפט שטעלע אין סיטאָסין (5-MC) האט אַ פונדאַמענטאַל השפּעה אויף דזשין אויסדרוק און סעליאַלער טעטיקייט.אַבנאָרמאַל מעטהילאַטיאָן פּאַטערנז זענען פארבונדן מיט עטלעכע באדינגונגען און חולאתן, אַזאַ ווי ראַק.WGBS איז געווארן דער גאָלד סטאַנדאַרט פֿאַר לערנען גענאָמע-ברייט מעטהילאַטיאָן אין איין באַזע האַכלאָטע.
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq Platform
-
אַססייַ פֿאַר טראַנספּאָסאַסע-אַקסעסאַבאַל טשראָמאַטין מיט הויך טרופּוט סיקוואַנסינג (ATAC-seq)
ATAC-seq איז אַ הויך-טראַפּוט סיקוואַנסינג אופֿן פֿאַר אַנאַליסיס פון גענאָמע-ברייט טשראָמאַטין אַקסעסאַביליטי, וואָס איז וויכטיק פֿאַר גלאבאלע עפּיגענעטיק קאָנטראָל פון דזשין אויסדרוק.סיקוואַנסינג אַדאַפּטערז זענען ינסערטאַד אין עפענען טשראָמאַטין מקומות דורך כייפּעראַקטיוו Tn5 טראַנספּאָסאַסע.נאָך פּקר אַמפּלאַפאַקיישאַן, אַ סיקוואַנסינג ביבליאָטעק איז קאַנסטראַקטאַד.אַלע די עפענען טשראָמאַטין מקומות קענען זיין באקומען אונטער אַ ספּעציפיש פּלאַץ-צייט צושטאַנד, ניט בלויז לימיטעד צו די ביינדינג זייטלעך פון אַ טראַנסקריפּציע פאַקטאָר, אָדער אַ זיכער היסטאָנע מאַדאַפייד געגנט.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
די סובוניט אויף 16S און 18S rRNA מיט ביידע העכסט קאַנסערווד און היפּער-בייַטעוודיק מקומות איז אַ שליימעסדיק מאָלעקולאַר פינגערפּרינט פֿאַר לעגיטימאַציע פון פּראָקאַריאָטיק און עוקאַריאָטיק אָרגאַניזאַמז.ניצן די סיקוואַנסינג, די אַמפּליקאָנס קענען זיין טאַרגעטעד באזירט אויף די קאַנסערווד פּאַרץ און די כייפּער-בייַטלעך מקומות קענען זיין גאָר קעראַקטערייזד פֿאַר מייקראָוביאַל לעגיטימאַציע קאַנטריביוטינג צו שטודיום וואָס דעקן מיקראָביאַל דייווערסיטי אַנאַליסיס, טאַקסאָנאָמיע, פילאָגעניי, עטק. ) סיקוואַנסינג פון PacBio פּלאַטפאָרמע ינייבאַלז באקומען פון העכסט פּינטלעך לאַנג לייענען, וואָס קען דעקן פול-לענג אַמפּליקאָנס (בעערעך 1.5 קב).די ברייט מיינונג פון גענעטיק פעלד זייער ענכאַנסט די האַכלאָטע אין מינים אַנאַטיישאַן אין באַקטיריאַ אָדער פאַנדזשיי קהל.
פּלאַטפאָרמע:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS אַמפּליקאָן סיקוואַנסינג יימז צו אַנטדעקן פילאָגעניי, טאַקסאָנאָמיע און מינים זעט אין אַ מייקראָוביאַל קהל דורך ינוועסטאַגייטינג פּקר פּראָדוקטן פון כאַוסקיפּינג גענעטיק מאַרקערס וואָס אַנטהאַלטן ביידע העכסט קאָנווערסעד און כייפּערוואַריאַבלע פּאַרץ.די הקדמה פון די שליימעסדיק מאָלעקולאַר פינגערפּרינט דורך Woeses et al, (1977) ימפּאַוערז אפגעזונדערטקייט-פריי מיקראָביאָמע פּראָפילינג.סיקוואַנסינג פון 16S (באַקטיריאַ), 18S (פונגי) און אינערלעכער טראַנסקריבעד ספּייסער (ITS, פאַנדזשיי) אַלאַוז לעגיטימאַציע פון ביידע שעפעדיק מינים און זעלטן און אַניידענטאַפייד מינים.די טעכנאָלאָגיע איז געווארן אַ וויידלי געווענדט און הויפּט געצייַג אין דער ידענטיפיצירן דיפערענטשאַל מייקראָוביאַל זאַץ אין פאַרשידן ינווייראַנמאַנץ, אַזאַ ווי מענטשלעך מויל, געדערעם, פעסעס, אאז"ו ו.
פּלאַטפאָרמע:Illumina NovaSeq פּלאַטפאָרמע
-
רי-סיקוואַנסינג פון באַקטיריאַל און פונגאַל גאַנץ גענאָמע
רי-סיקוואַנסינג פון די גאנצע גענאָמע פון באַקטיריאַ און פונגאַל איז אַ קריטיש געצייַג צו פאַרענדיקן די גענאָמעס פון באַוווסט באַקטיריאַ און פונגי, ווי אויך צו פאַרגלייַכן קייפל גענאָמעס אָדער צו מאַפּע גענאָמעס פון נייַע אָרגאַניזאַמז.עס איז פון גרויס וויכטיקייט צו סיקוואַנס גאַנץ גענאָמעס פון באַקטיריאַ און פאַנדזשיי אין סדר צו דזשענערייט פּינטלעך רעפֿערענץ גענאָמעס, צו טאָן מייקראָוביאַל לעגיטימאַציע און אנדערע קאָמפּאַראַטיווע גענאָמע שטודיום.
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq Platform
-
PacBio-גאַנץ-לענג 16S/18S/ITS אַמפּליקאָן סיקוואַנסינג
Amplicon (16S/18S/ITS) פּלאַטפאָרמע איז דעוועלאָפּעד מיט יאָרן פון דערפאַרונג אין מיקראָביאַל דייווערסיטי פּרויעקט אַנאַליסיס, וואָס כּולל סטאַנדערדייזד יקערדיק אַנאַליסיס און פערזענליכען אַנאַליסיס: יקערדיק אַנאַליסיס קאָווערס די מיינסטרים אַנאַליסיס אינהאַלט פון קראַנט מייקראָוביאַל פאָרשונג, די אַנאַליסיס אינהאַלט איז רייַך און פולשטענדיק, און אַנאַליסיס רעזולטאַטן זענען דערלאנגט אין די פאָרעם פון פּרויעקט ריפּאָרץ;דער אינהאַלט פון פערזענליכען אַנאַליסיס איז דייווערס.סאַמפּאַלז קענען זיין אויסגעקליבן און פּאַראַמעטערס קענען זיין שטעלן פלעקסאַבאַל לויט די גרונט אַנאַליסיס באַריכט און פאָרשונג ציל, צו פאַרשטיין פערזענליכען רעקווירעמענץ.Windows אָפּערייטינג סיסטעם, פּשוט און שנעל.
-
PacBio-גאַנץ-לענג טראַנסקריפּטאָמע (ניט-רעפֿערענץ)
מיט פּאַסיפיק ביאָססיענסעס (PacBio) יסאָפאָרם סיקוואַנסינג דאַטן ווי אַרייַנשרייַב, די אַפּ איז ביכולת צו ידענטיפיצירן פול-לענג טראַנסקריפּט סיקוואַנסיז (אָן פֿאַרזאַמלונג).דורך מאַפּינג פול-לענג סיקוואַנסיז קעגן רעפֿערענץ גענאָמע, טראַנסקריפּץ קענען זיין אָפּטימיזעד דורך באקאנט גענעס, טראַנסקריפּץ, קאָדירונג מקומות, אאז"ו ו. אין דעם פאַל, מער פּינטלעך לעגיטימאַציע פון מרנאַ סטראַקטשערז, אַזאַ ווי אָלטערנאַטיוו ספּלייינג, עטק, קענען זיין אַטשיווד.שלאָס אַנאַליסיס מיט NGS טראַנסקריפּטאָמע סיקוואַנסינג דאַטן ינייבאַלז מער פולשטענדיק אַנאָטאַציע און מער פּינטלעך קוואַנטאַפאַקיישאַן אין אויסדרוק אויף טראַנסקריפּט מדרגה, וואָס לאַרגעלי בענעפיץ דאַונסטרים דיפערענטשאַל אויסדרוק און פאַנגקשאַנאַל אַנאַליסיס.
-
רידוסט פאַרטרעטונג ביסולפיטע סיקוואַנסינג (RRBS)
דנאַ מעטהילאַטיאָן פאָרשונג איז שטענדיק געווען אַ הייס טעמע אין קרענק פאָרשונג, און איז ענג שייך צו דזשין אויסדרוק און פענאָ-טיפּיש טרייץ.RRBS איז אַן פּינטלעך, עפעקטיוו און שפּאָרעוודיק אופֿן פֿאַר דנאַ מעטהילאַטיאָן פאָרשונג.ענריטשמענט פון פּראָמאָטער און קפּג אינזל מקומות דורך ענזימאַטיק קלעאַוואַגע (מספּ איך), קאַמביינד מיט ביסולפיטע סיקוואַנסינג, גיט הויך האַכלאָטע דנאַ מעטהילאַטיאָן דיטעקשאַן.
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq Platform
-
פּראָקאַריאָטיק מרנאַ סיקוואַנסינג
mRNA סיקוואַנסינג ימפּאַוערז די פולשטענדיק פּראָפילינג פון אַלע מרנאַ טראַנסקריפּץ אין סעלז אונטער ספּעציפיש טנאָים.די קאַטינג-ברעג טעכנאָלאָגיע סערוועס ווי אַ שטאַרק געצייַג, אַנוויילד ינטראַקאַט דזשין אויסדרוק פּראָופיילז, דזשין סטראַקטשערז און מאָלעקולאַר מעקאַניזאַמז פֿאַרבונדן מיט דייווערס בייאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז.וויידלי אנגענומען אין פונדאַמענטאַל פאָרשונג, קליניש דיאַגנאָסטיקס און מעדיצין אַנטוויקלונג, mRNA סיקוואַנסינג אָפפערס ינסייץ אין די ינטראַקאַסיז פון סעליאַלער דינאַמיק און גענעטיק רעגולירן.אונדזער פּראָקאַריאָטיק מרנאַ מוסטער פּראַסעסינג איז טיילערד פֿאַר פּראָקאַריאָטיק טראַנסקריפּטאָמעס, אַרייַנגערעכנט rRNA דיפּלישאַן און דירעקטיאָנאַל ביבליאָטעק צוגרייטונג.
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq X
