-
איין-קערן רנאַ סיקוואַנסינג
די שטייַגן אין איין צעל קאַפּטשערינג און יחיד ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן טעכניק קאַמביינינג מיט הויך-טרופּוט סיקוואַנסינג אַלאַוז דזשין אויסדרוק שטודיום אויף צעל-ביי-צעל יקער.עס ינייבאַלז אַ דיפּער און פולשטענדיק סיסטעם אַנאַליסיס אויף קאָמפּלעקס צעל פּאַפּיאַליישאַנז, אין וואָס עס לאַרגעלי אַוווידז מאַסקינג פון זייער העטעראַדזשיניאַטי דורך די דורכשניטלעך פון אַלע סעלז.
אָבער, עטלעכע סעלז זענען נישט פּאַסיק צו זיין געמאכט אין איין-צעל סאַספּענשאַן, אַזוי אנדערע מוסטער צוגרייטונג מעטהאָדס - קערן יקסטראַקשאַן פון געוועבן זענען דארף, דאָס הייסט, קערן איז גלייַך יקסטראַקטיד פון געוועבן אָדער צעל און צוגעגרייט אין איין-קערן סאַספּענשאַן פֿאַר איין-קערן. צעל סיקוואַנסינג.
BMK גיט 10 × Genomics Chromium TM באזירט איין-צעל רנאַ סיקוואַנסינג דינסט.דער דינסט איז וויידלי געניצט אין שטודיום אויף קרענק פֿאַרבונדענע שטודיום, אַזאַ ווי ימיון צעל דיפערענשייישאַן, אָנוווקס העטעראָגענעאַטי, געוועב אַנטוויקלונג, עטק.
ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמע שפּאָן: 10 × גענאָמיקס
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq Platform
-
פּלאַנט / כייַע גאַנץ גענאָמע סיקוואַנסינג
גאַנץ גענאָמע שייַעך-סיקוואַנסינג, אויך באקאנט ווי WGS, ינייבאַלז די ריווילינג פון ביידע פּראָסט און זעלטן מיוטיישאַנז אויף די גאנצע גענאָמע אַרייַנגערעכנט סינגלע נוקלעאָטידע פּאָלימאָרפיסם (SNP), ינסערשאַן דילישאַן (InDel), סטרוקטור ווערייישאַן (SV), און קאָפּיע נומער ווערייישאַן (CNV) ).SVs מאַכן אַ גרעסערע טייל פון די ווערייישאַן באַזע ווי SNPs און האָבן אַ גרעסערע פּראַל אויף די גענאָמע, וואָס האט אַ באַטייטיק ווירקונג אויף לעבעדיק אָרגאַניזאַמז.לאנג-לייענען ריסעקווענסינג אַלאַוז מער גענוי לעגיטימאַציע פון גרויס פראַגמאַנץ און קאָמפּליצירט ווערייישאַנז ווייַל לאַנג לייענען מאַכן עס פיל גרינגער צו כראָמאָסאָמאַל אַריבער קאָמפּליצירט מקומות אַזאַ ווי טאַנדאַם ריפּיץ, GC / AT-רייַך מקומות און כייפּער-ווייאַבאַל מקומות.
פּלאַטפאָרמע: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמע
ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמיקס שטייט אין די פאָרפראַנט פון וויסנשאפטלעכע כידעש, ימפּאַוערינג ריסערטשערז צו דעלוו אין ינטראַקאַט דזשין אויסדרוק פּאַטערנז אין געוועבן בשעת פּראַזערווינג זייער ספּיישאַל קאָנטעקסט.צווישן פאַרשידן פּלאַטפאָרמס, BMKGene האט דעוועלאָפּעד די BMKManu S1000 ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמע טשיפּ, מיט אַענכאַנסט האַכלאָטעפון 5μM, ריטשינג די סובסעללולאַר קייט, און געבןמאַלטי-מדרגה האַכלאָטע סעטטינגס.די S1000 שפּאָן, מיט בעערעך 2 מיליאָן ספּאַץ, ימפּלויז מיקראָוועלס לייערד מיט קרעלן לאָודיד מיט ספּיישאַלי באַרקאָדעד כאַפּן פּראָבעס.א cDNA ביבליאָטעק, ענריטשט מיט ספּיישאַל באַרקאָדעס, איז צוגעגרייט פֿון די S1000 שפּאָן און דערנאָך סיקוואַנסעד אויף די Illumina NovaSeq פּלאַטפאָרמע.די קאָמבינאַציע פון ספּיישאַל באַרקאָדעד סאַמפּאַלז און UMIs ינשורז די אַקיעראַסי און ספּעסיפיסיטי פון די דזשענערייטאַד דאַטן.די יינציק אַטריביוט פון די BMKManu S1000 שפּאָן ליגט אין זיין ווערסאַטילאַטי, און אָפפערס מאַלטי-מדרגה האַכלאָטע סעטטינגס וואָס קענען זיין פיינלי טונד צו פאַרשידענע געוועבן און דעטאַל לעוועלס.די אַדאַפּטאַבילאַטי פּאָזיז די שפּאָן ווי אַ בוילעט ברירה פֿאַר דייווערס ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמיקס שטודיום, ינשורינג גענוי ספּיישאַל קלאַסטערינג מיט מינימאַל ראַש.
מיט די BMKManu S1000 שפּאָן און אנדערע ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמיקס טעקנאַלאַדזשיז, ריסערטשערז קענען באַקומען אַ בעסער פארשטאנד פון די ספּיישאַל אָרגאַניזאַציע פון סעלז און די קאָמפּלעקס מאָלעקולאַר ינטעראַקשאַנז וואָס פאַלן אין געוועבן, פּראַוויידינג ינוואַליאַבאַל ינסייץ אין די מעקאַניזאַמז אַנדערלייינג בייאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז אין אַ ברייט קייט פון פעלדער, אַרייַנגערעכנט אָנקאָלאָגי, נעוראָססיענסע, אַנטוויקלונג ביאָלאָגי, ימיונאַלאַדזשי און באַטאַניקאַל שטודיום.
פּלאַטפאָרמע: BMKManu S1000 שפּאָן און Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמע
ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמיקס איז אַ קאַטינג-ברעג טעכנאָלאָגיע וואָס אַלאַוז ריסערטשערז צו פאָרשן דזשין אויסדרוק פּאַטערנז אין געוועבן בשעת פּראַזערווינג זייער ספּיישאַל קאָנטעקסט.איין שטאַרק פּלאַטפאָרמע אין דעם פעלד איז 10 קס Genomics Visium קאַפּאַלד מיט Illumina סיקוואַנסינג.דער פּרינציפּ פון 10X Visium ליגט אויף אַ ספּעשאַלייזד שפּאָן מיט אַ דעזיגנייטיד כאַפּן געגנט ווו געוועב סעקשאַנז זענען געשטעלט.דעם כאַפּן געגנט כּולל באַרקאָדעד ספּאַץ, יעדער קאָראַספּאַנדינג צו אַ יינציק ספּיישאַל אָרט אין די געוועב.די קאַפּטשערד רנאַ מאַלאַקיולז פון די געוועב זענען דעמאָלט לייבאַלד מיט יינציק מאָלעקולאַר ידענטיפיערס (UMIS) בעשאַס די פאַרקערט טראַנסקריפּציע פּראָצעס.די באַרקאָדעד ספּאַץ און UMIs געבן גענוי ספּיישאַל מאַפּינג און קוואַנטאַפאַקיישאַן פון דזשין אויסדרוק אין אַ איין-צעל האַכלאָטע.די קאָמבינאַציע פון ספּיישאַל באַרקאָד סאַמפּאַלז און UMIs ינשורז די אַקיעראַסי און ספּעציפֿישקייט פון די דזשענערייטאַד דאַטן.דורך ניצן די ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמיקס טעכנאָלאָגיע, ריסערטשערז קענען באַקומען אַ דיפּער פארשטאנד פון די ספּיישאַל אָרגאַניזאַציע פון סעלז און די קאָמפּלעקס מאָלעקולאַר ינטעראַקשאַנז וואָס פאַלן אין געוועבן, און פאָרשלאָגן ינוואַליאַבאַל ינסייץ אין די מעקאַניזאַמז אַנדערלייינג בייאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז אין קייפל פעלדער, אַרייַנגערעכנט אָנקאָלאָגי, נעוראָססיענסע, אַנטוויקלונג ביאָלאָגי, ימיונאַלאַדזשי. , און באַטאַניקאַל שטודיום.
פּלאַטפאָרמע: 10X Genomics Visium און Illumina NovaSeq
-
גאַנץ-לענג מרנאַ סיקוואַנסינג-נאַנאָפּאָרע
בשעת NGS-באזירט mRNA סיקוואַנסינג סערוועס ווי אַ ווערסאַטאַל געצייַג פֿאַר דזשין אויסדרוק קוואַנטאַפאַקיישאַן, זיין צוטרוי אויף קורץ לייענען ריסטריקץ זייַן עפיקאַסי אין קאָמפּלעקס טראַנסקריפּטאָמיק אַנאַליזעס.נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג, אויף די אנדערע האַנט, ימפּלויז לאַנג-לייענען טעכנאָלאָגיע, וואָס אַלאַוז די סיקוואַנסינג פון פול-לענג מרנאַ טראַנסקריפּץ.דער צוגאַנג פאַסילאַטייץ אַ פולשטענדיק ויספאָרשונג פון אָלטערנאַטיוו ספּלייינג, דזשין פיוזשאַנז, פּאָלי-אַדענילאַטיאָן און די קוואַנטאַפאַקיישאַן פון מרנאַ יסאָפאָרמס.
נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג רילייז אויף נאַנאָפּאָרע איין-מאַלעקיול פאַקטיש-צייט עלעקטריקאַל סיגנאַלז.גיידיד דורך מאָטאָר פּראָטעינס, טאָפּל-סטראַנדיד דנאַ ביינדז צו נאַנאָפּאָרע פּראָטעינס עמבעדיד אין אַ ביאָפילם, אַנוויינדינג ווען עס פּאַסיז דורך די נאַנאָפּאָרע קאַנאַל אונטער אַ וואָולטידזש חילוק.די אָפּשיידנדיק עלעקטריקאַל סיגנאַלז דזשענערייטאַד דורך פאַרשידענע באַסעס אויף די דנאַ שנירל זענען דיטעקטאַד און קלאַסאַפייד אין פאַקטיש-צייט, פאַסילאַטייטינג פּינטלעך און קעסיידערדיק נוקלעאָטידע סיקוואַנסינג.דער ינאַווייטיוו צוגאַנג מנצח לימיטיישאַנז פון קורץ-לייענען און גיט אַ דינאַמיש פּלאַטפאָרמע פֿאַר ינטראַקאַט גענאָמיק אַנאַליסיס, אַרייַנגערעכנט קאָמפּלעקס טראַנסקריפּטאָמיק שטודיום.
פּלאַטפאָרמע: Nanopore Promethion P48
-
פול-לענג מרנאַ סיקוואַנסינג -PacBio
בשעת NGS-באזירט mRNA סיקוואַנסינג איז אַ ווערסאַטאַל געצייַג פֿאַר קוואַנטיפייינג דזשין אויסדרוק, זיין צוטרוי אויף קורץ לייענען ריסטריקץ די נוצן אין קאָמפּלעקס טראַנסקריפּטאָמיק אַנאַליזעס.PacBio סיקוואַנסינג (Iso-Seq), אויף די אנדערע האַנט, ימפּלויז לאַנג-לייענען טעכנאָלאָגיע, וואָס אַלאַוז די סיקוואַנסינג פון פול-לענג מרנאַ טראַנסקריפּץ.דער צוגאַנג פאַסילאַטייץ אַ פולשטענדיק ויספאָרשונג פון אָלטערנאַטיוו ספּלייינג, דזשין פיוזשאַנז און פּאָלי-אַדענילאַטיאָן כאָטש עס איז נישט די ערשטיק ברירה פֿאַר דזשין אויסדרוק קוואַנטאַפאַקיישאַן, רעכט צו דער הויך סומע פון דאַטן פארלאנגט.
PacBio סיקוואַנסינג טעכנאָלאָגיע רילייז אויף איין-מאָלעקול, פאַקטיש-צייט (SMRT) סיקוואַנסינג, פּראַוויידינג אַ בוילעט מייַלע אין קאַפּטשערינג פול-לענג מרנאַ טראַנסקריפּץ.דער ינאַווייטיוו צוגאַנג ינוואַלווז די נוצן פון נול-מאָדע וואַוועגוידעס (ZMWs), מיקראָפאַבריקייטיד וועלז וואָס געבן די פאַקטיש-צייט אָבסערוואַציע פון DNA פּאָלימעראַסע טעטיקייט בעשאַס סיקוואַנסינג.אין די ZMWs, PacBio ס דנאַ פּאָלימעראַסע סינטאַסייזיז אַ קאַמפּלאַמענטשי שנירל פון דנאַ, דזשענערייטינג לאַנג לייענען וואָס שפּאַן די גאנצע פון מרנאַ טראַנסקריפּץ.PacBio אָפּעראַציע אין סירקולאַר קאָנסענסוס סיקוואַנסינג (CCS) מאָדע ימפּרוווז אַקיעראַסי דורך ריפּיטידלי סיקוואַנסינג דער זעלביקער מאַלאַקיול.די דזשענערייטאַד HiFi לייענען האָבן אַ אַקיעראַסי פאַרגלייַכלעך צו NGS, וואָס קאַנטריביוץ צו אַ פולשטענדיק און פאַרלאָזלעך אַנאַליסיס פון קאָמפּלעקס טראַנסקריפּטאָמיק פֿעיִקייטן.פּלאַטפאָרמע: PacBio Sequel II
-
עוקאַריאָטיק מרנאַ סיקוואַנסינג-ילומינאַ
mRNA סיקוואַנסינג ימפּאַוערז די פולשטענדיק פּראָפילינג פון אַלע מרנאַ טראַנסקריפּץ אין סעלז אונטער ספּעציפיש טנאָים.די קאַטינג-ברעג טעכנאָלאָגיע סערוועס ווי אַ שטאַרק געצייַג, אַנוויילד ינטראַקאַט דזשין אויסדרוק פּראָופיילז, דזשין סטראַקטשערז און מאָלעקולאַר מעקאַניזאַמז פֿאַרבונדן מיט דייווערס בייאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז.וויידלי אנגענומען אין פונדאַמענטאַל פאָרשונג, קליניש דיאַגנאָסטיקס און מעדיצין אַנטוויקלונג, mRNA סיקוואַנסינג אָפפערס ינסייץ אין די ינטראַקאַסיז פון סעליאַלער דינאַמיק און גענעטיק רעגולירן.
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq X
-
ניט-רעפערענץ באזירט מרנאַ סיקוואַנסינג-ילומינאַ
mRNA סיקוואַנסינג ימפּאַוערז די פולשטענדיק פּראָפילינג פון אַלע מרנאַ טראַנסקריפּץ אין סעלז אונטער ספּעציפיש טנאָים.די קאַטינג-ברעג טעכנאָלאָגיע סערוועס ווי אַ שטאַרק געצייַג, אַנוויילד ינטראַקאַט דזשין אויסדרוק פּראָופיילז, דזשין סטראַקטשערז און מאָלעקולאַר מעקאַניזאַמז פֿאַרבונדן מיט דייווערס בייאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז.וויידלי אנגענומען אין פונדאַמענטאַל פאָרשונג, קליניש דיאַגנאָסטיקס און מעדיצין אַנטוויקלונג, mRNA סיקוואַנסינג אָפפערס ינסייץ אין די ינטראַקאַסיז פון סעליאַלער דינאַמיק און גענעטיק רעגולירן.
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq X
-
לאנג ניט-קאָודינג סיקוואַנסינג-יללומינה
לאנג ניט-קאָדינג רנאַ (לנקרנאַ) זענען רנאַ מער ווי 200 נוקלעאָטידעס וואָס פאַרמאָגן מינימאַל קאָודינג פּאָטענציעל און זענען פּיוואַטאַל עלעמענטן אין ניט-קאָדינג רנאַ.געפֿונען אין די קערן און סיטאָפּלאַסם, די רנאַ שפּילן קריטיש ראָלעס אין עפּיגענעטיק, טראַנסקריפּטיאָנאַל און פּאָסט-טראַנסקריפּשאַנאַל רעגולירן, וואָס אַנדערקאָרינג זייער באַטייַט אין די פאָרעם פון סעליאַלער און מאָלעקולאַר פּראַסעסאַז.LncRNA סיקוואַנסינג איז אַ שטאַרק געצייַג אין צעל דיפערענשייישאַן, אָנטאָגענעסיס און מענטשלעך חולאתן.
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq
-
קליין רנאַ סיקוואַנסינג-יללומינאַ
קליין רנאַ (סרנאַ) מאַלאַקיולז, טיפּיקלי אונטער 200 נוקלעאָטידעס אין לענג, אַרייַננעמען מיקראָרנאַס (מירנאַס), קליין ינטערפירינג רנאַס (סירנאַס), און פּיווי-ינטעראַקטינג רנאַס (פּירנאַס).צווישן די, מירנאַס, אַרום 20-24 נוקלעאָטידעס לאַנג, זענען דער הויפּט נאָוטווערדי פֿאַר זייער פּיוואַטאַל רעגולאַטאָרי ראָלעס אין פאַרשידן סעליאַלער פּראַסעסאַז.מיט געוועב-ספּעציפיש און בינע-ספּעציפיש אויסדרוק פּאַטערנז, מירנאַס ויסשטעלונג הויך קאַנסערוויישאַן אין פאַרשידענע מינים.
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq
-
סיררנאַ סיקוואַנסינג-יללומינאַ
סירקולאַר רנאַ סיקוואַנסינג (סירקרנאַ-סיק) איז צו פּראָפיל און אַנאַלייז קייַלעכיק רנאַ, אַ קלאַס פון רנאַ מאַלאַקיולז וואָס פאָרעם פֿאַרמאַכט לופּס רעכט צו ניט-קאַנאָניקאַל ספּלייסינג געשעענישן, פּראַוויידינג די רנאַ מיט אַ געוואקסן פעסטקייַט.בשעת עטלעכע סיררנאַס האָבן שוין געוויזן צו שפּילן ווי מיקראָרנאַ ספּאַנדזשאַז, סיקוואַסטערינג מיקראָרנאַ און פּרעווענטינג זיי פון רעגיאַלייטינג זייער ציל מרנאַס, אנדערע סיררנאַס קען ינטעראַקט מיט פּראָטעינס, מאָדולאַטע דזשין אויסדרוק אָדער האָבן ראָלעס אין סעליאַלער פּראַסעסאַז.circRNA אויסדרוק אַנאַליסיס גיט ינסייץ אין די רעגולאַטאָרי ראָלעס פון די מאַלאַקיולז און זייער באַטייַט אין פאַרשידן סעליאַלער פּראַסעסאַז, אַנטוויקלונג סטאַגעס און קרענק טנאָים, קאַנטריביוטינג צו אַ דיפּער פארשטאנד פון די קאַמפּלעקסיטי פון רנאַ רעגולירן אין דעם קאָנטעקסט פון דזשין אויסדרוק.
-
גאַנץ טראַנסקריפּטאָמע סיקוואַנסינג - Illumina
גאַנץ טראַנסקריפּטאָמע סיקוואַנסינג אָפפערס אַ פולשטענדיק צוגאַנג צו פּראָפילינג דייווערס רנאַ מאַלאַקיולז, אַרייַנגערעכנט ביידע קאָודינג (מרנאַ) און ניט-קאָדינג רנאַ (לנקרנאַ, סיררנאַ און מירנאַ).די טעכניק קאַפּטשערז די פול טראַנסקריפּטאָמע פון ספּעציפיש סעלז אין אַ געגעבן מאָמענט, אַלאַוינג אַ האָליסטיק פארשטאנד פון סעליאַלער פּראַסעסאַז.אויך באקאנט ווי "גאַנץ רנאַ סיקוואַנסינג," עס יימז צו אַנוויילד ינטראַקאַט רעגולאַטאָרי נעטוואָרקס אויף די טראַנסקריפּטאָמע מדרגה, וואָס ינייבאַלז טיף אַנאַליסיס אַזאַ ווי קאַמפּיטינג ענדאָגענאָוס רנאַ (סערנאַ) און שלאָס רנאַ אַנאַליסיס.דאָס איז דער ערשט שריט צו פאַנגקשאַנאַל קעראַקטעריסטיקס, ספּעציעל אין אַנראַוואַלינג די רעגולאַטאָרי נעטוואָרקס ינוואַלווינג סערנאַ-מירנאַ-מרנאַ-באזירט סערנאַ ינטעראַקשאַנז.
