פּלאַנט / כייַע די נאָוואָ גענאָמע סיקוואַנסינג
סערוויס אַדוואַנטאַגעס
אַנטוויקלונג פון סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמס און ביאָינפאָרמאַטיקס איןde novoגענאָמע פֿאַרזאַמלונג
(Amarasinghe SL et al.,גענאָמע ביאָלאָגי, 2020)
● קאַנסטראַקטינג ראָמאַן גענאָמעס און ימפּרוווינג יגזיסטינג רעפֿערענץ גענאָמעס פֿאַר מינים פון אינטערעס.
● העכער אַקיעראַסי, קאַנטיניויישאַן און קאַמפּליטנאַס אין פֿאַרזאַמלונג
● קאַנסטראַקטינג פונדאַמענטאַל מיטל פֿאַר פאָרשונג אין סיקוואַנס פּאָלימאָרפיסם, QTLs, דזשין עדיטינג, ברידינג, עטק.
● יקוויפּט מיט פול ספּעקטרום פון דריט-דור סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמס: איינער-האַלטן גענאָמע פֿאַרזאַמלונג לייזונג
● פלעקסאַבאַל סיקוואַנסינג און אַסעמבאַלינג סטראַטעגיעס פולפילינג דייווערס גענאָמעס מיט פאַרשידענע פֿעיִקייטן
● העכסט באָקע ביאָינפאָרמאַטישאַן מאַנשאַפֿט מיט גרויס דערפאַרונג אין קאָמפּלעקס גענאָמע אַסעמבליז, אַרייַנגערעכנט פּאָליפּלאָידס, ריז גענאָמעס, עטק.
● איבער 100 געראָטן קאַסעס מיט אַ אַקיומיאַלאַטיוו ארויס פּראַל פאַקטאָר פון איבער 900
● קער-אַרום-צייַט ווי שנעל ווי 3 חדשים פֿאַר כראָמאָסאָם-מדרגה גענאָמע פֿאַרזאַמלונג.
● האַרט טעכניש שטיצן מיט אַ סעריע פון פּאַטענץ און ווייכווארג קאַפּירייץ אין ביידע יקספּערמענאַל זייַט און ביאָינפאָרמאַטיקס.
סערוויס ספּעסאַפאַקיישאַנז
|
אינהאַלט
|
פּלאַטפאָרמע
|
לייענען לענג
|
קאַווערידזש
|
| גענאָמע יבערבליק
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| גענאָמע סיקוואַנסינג
| PacBio Revio
| 15 קב היפי לייענען
| ≥ 30X
|
| הי-סי
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
אַרבעט לויפן
מוסטער רעקווירעמענץ און עקספּרעס
מוסטער רעקווירעמענץ:
| מינים | געוועב | פֿאַר PacBio | פֿאַר נאַנאָפּאָרע |
| אַנימאַלס | וויסעראַל אָרגאַנס (לעבער, מילץ, אאז"ו ו) | ≥ 1.0 ג | ≥ 3.5 ג |
| מוסקל | ≥ 1.5 ג | ≥ 5.0 ג | |
| בלוט פון מאַמאַלז | ≥ 1.5 מל | ≥ 5.0 מל | |
| בלוט פון פיש אָדער פייגל | ≥ 0.2 מל | ≥ 0.5 מל | |
| פּלאַנץ | פריש בלעטער | ≥ 1.5 ג | ≥ 5.0 ג |
| פּעטאַל אָדער סטעם | ≥ 3.5 ג | ≥ 10.0 ג | |
| רוץ אָדער זאמען | ≥ 7.0 ג | ≥ 20.0 ג | |
| סעלז | צעל קולטור | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
רעקאַמענדיד מוסטער עקספּרעס
קאַנטיינער: 2 מל סענטריפודזש רער (צין שטער איז נישט רעקאַמענדיד)
פֿאַר רובֿ סאַמפּאַלז, מיר רעקאָמענדירן נישט צו ופהיטן אין עטאַנאָל.
מוסטער לייבלינג: סאַמפּאַלז דאַרפֿן צו זיין קלאר לייבאַלד און יידעניקאַל צו דערלאנגט מוסטער אינפֿאָרמאַציע פאָרעם.
טראַנספּאָרט: טרוקן-אייז: סאַמפּאַלז דאַרפֿן צו זיין פּאַקט אין באַגס ערשטער און בעריד אין טרוקן-אייז.
סערוויס אַרבעט לויפן
עקספּערימענט פּלאַן
מוסטער עקספּרעס
דנאַ יקסטראַקשאַן
ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן
סיקוואַנסינג
דאַטאַ אַנאַליסיס
נאָך-פאַרקויף באַדינונגען
* דעמאָ רעזולטאַטן געוויזן דאָ זענען אַלע פֿון גענאָמעס ארויס מיט Biomarker Technologies
1.סירקאָס אויף כראָמאָסאָם-מדרגה גענאָמע פֿאַרזאַמלונג פוןG. rotundifoliumדורך נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמע
וואנג מ עט על.,מאָלעקולאַר ביאָלאָגי און עוואָלוציע, 2021
2.סטאַטיסטיקס פון וויינינג קאָרן גענאָמע פֿאַרזאַמלונג און אַנאַטיישאַן
לי ג עט על.,נאַטור גענעטיקס, 2021
3.גענע פּראָגנאָז פוןSechium eduleגענאָמע, דערייווד פון דריי פּראָגנאָז מעטהאָדס:De novoפּראָגנאָז, האָמאָלאָגי-באזירט פּראָגנאָז און רנאַ-סעק דאַטן באזירט פּראָגנאָז
פו א עט על.,כאָרטיקאַלטשער פאָרשונג, 2021
4.ידענטיפיקאַטיאָן פון בעשאָלעם לאַנג וואָקזאַל ריפּיץ אין דרייַ וואַטע גענאָמעס
וואנג מ עט על.,מאָלעקולאַר ביאָלאָגי און עוואָלוציע, 2021
5.הי-C היץ מאַפּע פון דיC. acuminataגענאָמע ווייזונג גענאָמע-ברייט אַלע-דורך-אַלע ינטעראַקשאַנז.ינטענסיטי פון הי-C ינטעראַקשאַנז איז פּראַפּאָרשאַנאַל צו לינעאַר דיסטאַנסע צווישן קאָנטיגס.א ריין גלייַך שורה אויף דעם היץ מאַפּע ינדיקייץ אַ העכסט פּינטלעך אַנגקערינג פון קאָנטיגס אויף טשראָמאָסאָומז.(קאָנטיג אַנגקערינג פאַרהעלטעניש: 96.03%)
Kang M et al.,נאַטור קאָמוניקאַציע,2021
BMK קאַסע
א הויך-קוואַליטעט גענאָמע פֿאַרזאַמלונג כיילייץ קאָרן גענאָמיק קעראַקטעריסטיקס און אַגראָנאָמיקאַללי וויכטיק גענעס
ארויס: נאַטור גענעטיקס, 2021
סיקוואַנסינג סטראַטעגיע:
גענאָמע פֿאַרזאַמלונג: PacBio CLR מאָדע מיט 20 קב ביבליאָטעק (497 גב, בעערעך 63 ×)
סיקוואַנס קערעקשאַן: NGS מיט 270 בפּ דנאַ ביבליאָטעק (430 גיגאבייט, בעערעך 54 ×) אויף Illumina פּלאַטפאָרמע
קאָנטיגס אַנגקערינג: Hi-C ביבליאָטעק (560 גיגאבייט, בעערעך 71 ×) אויף Illumina פּלאַטפאָרמע
אָפּטיש מאַפּע: (779.55 גיגאבייט, בעערעך 99 ×) אויף Bionano Irys
שליסל רעזולטאַטן
1. אַ פֿאַרזאַמלונג פון וויינינג קאָרן גענאָמע איז ארויס מיט אַ גאַנץ גענאָמע גרייס פון 7.74 גב (98.74% פון עסטימאַטעד גענאָמע גרייס דורך לויפן סיטאָמעטרי).סקאַפפאָלד N50 פון דעם פֿאַרזאַמלונג אַטשיווד 1.04 גיגאבייט.93.67% פון קאָנטיגס זענען הצלחה אַנגקערד אויף 7 פּסעוודאָ-טשראָמאָסאָומז.די פֿאַרזאַמלונג איז געווען עוואַלואַטעד דורך לינגקאַדזש מאַפּע, LAI און BUSCO, וואָס ריזאַלטיד אין הויך סקאָרז אין אַלע יוואַליויישאַנז.
2.ווייַטער שטודיום אויף קאָמפּאַראַטיווע גענאָמיקס, גענעטיק לינגקאַדזש מאַפּע, טראַנסקריפּטאָמיקס שטודיום זענען דורכגעקאָכט אויף די באַזע פון דעם גענאָמע.א סעריע פון טרייץ פֿאַרבונדענע גענאָמיק פֿעיִקייטן זענען אנטפלעקט אַרייַנגערעכנט גענאָמע-ברייט דזשין דופּליקיישאַנז און זייער פּראַל אויף קראָכמאַל ביאָסינטהעסיס גענעס;פיזיש אָרגאַניזאַציע פון קאָמפּלעקס פּראָלאַמין לאָסי, דזשין אויסדרוק פֿעיִקייטן אַנדערלייינג פרי כעדינג טרייט און פּאָטאַטיוו דאָמעסטיקאַטיאָן-פארבונדן טשראָמאָסאָמאַל מקומות און לאָסי אין קאָרן.
 סירקאָס דיאַגראַמע אויף גענאָמיק פֿעיִקייטן פון וויינג קאָרן גענאָמע |  עוואָלוטיאָנאַרי און כראָמאָסאָם סינטעני אַנאַליסיס פון די קאָרן גענאָמע |
לי, ג., וואַנג, ל., יאַנג, דזש.עט על.א הויך-קוואַליטעט גענאָמע פֿאַרזאַמלונג כיילייץ קאָרן גענאָמיק קעראַקטעריסטיקס און אַגראָנאָמיקאַללי וויכטיק גענעס.נאט גענעט 53 ,574-584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
