פּראָדוקטן

ביאָינפאָרמאַטיקס

1.מרנאַ (דענאָוואָ) פּרינציפּ פון אַסעמבלי

דורך טריניטי, לייענען זענען פראַגמאַנטיד אין קלענערער ברעקלעך, באקאנט ווי ק-מער.די ק-מערס זענען דעמאָלט געניצט ווי זאמען צו זיין עקסטענדעד אין קאָנטיגס און דערנאָך קאָמפּאָנענט באזירט אויף קאָנטיג אָוווערלאַפּינגז.צום סוף, De Bruijn איז געווען געווענדט דאָ צו דערקענען טראַנסקריפּץ אין די קאַמפּאָונאַנץ.

mRNA (De novo) איבערבליק פון טריניטי

2.מרנאַ (דע נייַ) פאַרשפּרייטונג פון גענע עקספּרעססיאָן לעוועל

RNA-Seq איז ביכולת צו דערגרייכן אַ העכסט שפּירעוודיק אָפּשאַצונג פון דזשין אויסדרוק.נאָרמאַללי, די דיטעקטאַבאַל קייט פון טראַנסקריפּץ אויסדרוק FPKM איז ריינדזשינג פון 10 ^ -2 צו 10 ^ 6

mRNA (De novo) פאַרשפּרייטונג פון FPKM געדיכטקייַט אין יעדער מוסטער

3.mRNA (De novo) גיין ענריטשמענט אַנאַליסיס פון דעגס

GO (גענע אָנטאָלאָגי) דאַטאַבייס איז אַ סטראַקטשערד בייאַלאַדזשיקאַל אַנאָטיישאַן סיסטעם מיט אַ נאָרמאַל וואָקאַבולאַרי פון דזשין און דזשין פּראָדוקטן פאַנגקשאַנז.עס כּולל קייפל לעוועלס, ווו די נידעריקער די מדרגה איז, די מער ספּעציפיש די פאַנגקשאַנז זענען.

mRNA (De novo) GO קלאַסאַפאַקיישאַן פון דעגס אויף צווייט מדרגה

BMK קאַסע

טראַנסקריפּטאָמע אַנאַליסיס פון סוקראָוס מאַטאַבאַליזאַם בעשאַס ציבעלע געשווילעכץ און אַנטוויקלונג אין ציבעלע (Allium cepa L.)

ארויס: גרענעץ אין פאַבריק וויסנשאַפֿט2016

סיקוואַנסינג סטראַטעגיע

Illumina HiSeq2500

מוסטער זאַמלונג

די יוטאָ געל זיס ספּאַין קולטיוואַר "Y1351" איז געניצט אין דעם לערנען.די נומער פון סאַמפּאַלז געזאמלט איז געווען
15 טאָג נאָך געשווילעכץ (דאַס) פון ציבעלע (2-סענטימעטער דיאַמעטער און 3-4 ג וואָג), 30 דאַס (5-סענטימעטער דיאַמעטער און 100-110 ג וואָג), און ~3 אויף די 40-סענטימעטער דאַס (7-סענטימעטער דיאַמעטער און 260-300 גראַמז).

שליסל רעזולטאַטן

1. אין די Venn דיאַגראַמע, אַ גאַנץ פון 146 DEG זענען דיטעקטאַד אין אַלע דריי פּערז פון אַנטוויקלונג סטאַגעס
2. "קאַרבאָוכיידרייט אַריבערפירן און מאַטאַבאַליזאַם" איז געווען רעפּריזענטיד דורך בלויז 585 ונידזשינעס (ד"ה, 7% פון די אַנאַטייטיד קאָג).
3.Unigenes הצלחה אַנאַטייטיד צו די GO דאַטאַבייס זענען קלאַסאַפייד אין דרייַ הויפּט קאַטעגאָריעס פֿאַר די דריי פאַרשידענע סטאַגעס פון ציבעלע אַנטוויקלונג.רובֿ רעפּריזענטיד אין די הויפּט קאַטעגאָריע פון ​​"ביאָלאָגיקאַל פּראָצעס" זענען "מעטאַבאַליק פּראָצעס", נאכגעגאנגען דורך "סעללולאַר פּראָצעס".אין דער הויפּט קאַטעגאָריע פון ​​"מאָלעקולאַר פֿונקציע" די צוויי קאַטעגאָריעס מערסט רעפּריזענטיד זענען "ביינדינג" און "קאַטאַליטיק טעטיקייט".

היסטאָגראַם פון קלאַסטערז פון אָרטהאָלאָגיס גרופּעס (COG) קלאַסאַפאַקיישאַן	היסטאָגראַם פון דזשין אָנטאָלאָגי (GO) קלאַסאַפאַקיישאַן פֿאַר ונידזשינעס דערייווד פון באַלבז אין דריי אַנטוויקלונג סטאַגעס
Venn דיאַגראַמע ווייזונג גענעס דיפערענטשאַלי אויסגעדריקט אין קיין צוויי סטאַגעס פון ציבעלע ציבעלע אַנטוויקלונג