גאַנץ גענאָם רעסעקווענסינג
סטרוקטור וועריאַנץ אין כינעזיש באַפעלקערונג און זייער פּראַל אויף פענאָטיפּעס, חולאתן און באַפעלקערונג אַדאַפּטיישאַן
נאַנאָפּאָרע |PacBio |גאַנץ גענאָמע שייַעך-סיקוואַנסינג |סטראַקטשעראַל ווערייישאַן רופן
אין דעם לערנען, Nanopore PromethION סיקוואַנסינג איז געווען צוגעשטעלט דורך Biomarker Technologies.
כיילייץ
אין דעם לערנען, אַ קוילעלדיק לאַנדשאַפט פון סטראַקטשעראַל ווערייישאַנז (SVs) אין מענטש גענאָמע איז אנטפלעקט מיט הילף פון לאַנג-לייענען סיקוואַנסינג אויף Nanopore PromethION פּלאַטפאָרם, וואָס דיפּאַנז די פארשטאנד פון SVs אין פענאָטיפּעס, חולאתן און עוואָלוציע.
עקספּערימענטאַל פּלאַן
סאַמפּאַלז: פּעריפעראַל בלוט לעוקאָסיטעס פון 405 אַנרילייטיד כינעזיש מענטשן (206 מאַלעס און 199 פימיילז) מיט 68 פענאָטיפּיק און קליניש מעזשערמאַנץ.צווישן אַלע מענטשן, אָוועס מקומות פון 124 מענטשן זענען פראווינצן אין צפון, די פון 198 מענטשן זענען דרום, 53 זענען סאַוטוועסט און 30 זענען נישט באקאנט.
סיקוואַנסינג סטראַטעגיע: גאַנץ גענאָמע לאַנג-לייענען סיקוואַנסינג (LRS) מיט נאַנאָפּאָרע 1 ד לייענען און PacBio HiFi לייענט.
סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמע: Nanopore PromethION;PacBio Sequel II
סטרוקטור ווערייישאַן פאַך
פיגורע 1. וואָרקפלאָוו פון סוו פאַך און פֿילטרירונג
הויפּט דערגרייכונגען
אנטדעקונג און וואַלאַדיישאַן פון סטרוקטור ווערייישאַנז
נאַנאָפּאָרע דאַטעסעט: אין גאַנץ פון 20.7 טב ריין לייענען דזשענערייטאַד אויף פּראָמעטהיאָן סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמע, אַטשיווינג אַ דורכשניטלעך פון 51 גיגאבייט דאַטן פּער מוסטער, בעערעך.17-פאַרלייגן אין טיף.
רעפערענץ גענאָמע אַליינמאַנט (GRCh38): דורכשניטלעך מאַפּינג קורס פון 94.1% איז אַטשיווד.די דורכשניטלעך טעות קורס (12.6%) איז געווען ענלעך צו אַ פריערדיקן בענטשמאַרקינג לערנען (12.6%) (פיגורע 2ב און 2ק)
סטרוקטור ווערייישאַן (SV) פאַך: סוו קאַללערז געווענדט אין דעם לערנען אַרייַנגערעכנט סניפלעס, נאַנאָוואַר און נאַנאָסוו.סווס מיט הויך בטחון זענען דיפיינד ווי סווס יידענאַפייד דורך בייַ מינדסטער צוויי קאַלערז און דורכגעגאנגען פילטריישאַנז אויף טיפקייַט, לענג און געגנט.
אַ דורכשניטלעך פון 18,489 (ריינדזשינג פון 15,439 צו 22,505) הויך-בטחון סווס זענען יידענאַפייד אין יעדער מוסטער.(פיגורע 2ד, 2e און 2f)
פיגורע 2. קוילעלדיק לאַנדשאַפט פון סווס יידענאַפייד דורך נאַנאָפּאָרע דאַטאַסעט
וואַלאַדיישאַן דורך PacBio: SVs יידענאַפייד אין איין מוסטער (HG002, קינד) זענען וואַלאַדייטאַד דורך אַ PacBio HiFi דאַטאַסעט.די קוילעלדיק פאַלש ופדעקונג קורס (FDR) איז געווען 3.2%, ילאַסטרייטינג אַ לעפיערעך פאַרלאָזלעך סוו לעגיטימאַציע דורך נאַנאָפּאָרע לייענט.
ניט-יבעריק סווס און גענאָמיק פֿעיִקייטן
ניט-יבעריק סווס: א סכום פון 132,312 ניט-יבעריק סווס זענען באקומען דורך צונויפגיסן סווס אין אַלע סאַמפּאַלז, וואָס כולל 67,405 דעלס, 60,182 ינס, 3,956 דופּס און 769 ינוו.(פיגורע 3 אַ)
פאַרגלייַך מיט עקסיסטירט SV דאַטאַסעץ: דעם דאַטאַסעט איז קאַמפּערד מיט ארויס TGS אָדער NGS דאַטאַסעט.אין די פיר דאַטאַסעץ קאַמפּערד, LRS15, וואָס איז אויך די בלויז דאַטאַסעט פון לאַנג-לייענען סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמע (PacBio), שערד די גרעסטע אָוווערלאַפּס מיט דעם דאַטאַסעט.דערצו, 53.3% (70,471) פון סווס אין דעם דאַטאַסעט זענען רעפּאָרטעד פֿאַר די ערשטער מאָל.דורך קוקן אין יעדער SV טיפּ, די נומער פון ריקאַווערד ינס מיט לאַנג-לייענען סיקוואַנסינג דאַטאַסעט איז געווען פיל גרעסערע ווי די מנוחה קורץ-לייענען אָנעס, וואָס ינדיקייץ אַז לאַנג-לייענען סיקוואַנסינג איז דער הויפּט עפעקטיוו אין ינס דיטעקשאַן.(פיגורע 3b און 3c)
פיגורע 3. פּראָפּערטיעס פון ניט-יבעריק סווס פֿאַר יעדער סוו טיפּ
גענאָמיק פֿעיִקייטן: נומער פון סווס איז געפֿונען באטייטיק קאָראַלייטאַד מיט כראָמאָסאָם לענג.פאַרשפּרייטונג פון גענעס, ריפּיץ, DELs (גרין), INS (בלוי), DUP (געל) און INV (מאַראַנץ) זענען געוויזן אויף אַ סירקאָס דיאַגראַמע, ווו אַ גענעראַל פאַרגרעסערן אין סוו זענען באמערקט אין די סוף פון די כראָמאָסאָם געווער.(פיגורע 3ד און 3e)
לענג פון סווס: די לענג פון INS און DELs איז געווען באטייטיק קירצער ווי די פון DUPs און INVs, וואָס האָבן מסכים געווען מיט די יידענאַפייד דורך PacBio HiFi דאַטאַסעט.די לענג פון אַלע יידענאַפייד סווס איז צוגעגעבן אַרויף צו 395.6 מב, וואָס פאַרנומען 13.2% פון די גאנצע מענטש גענאָמע.סוו ס אַפעקטאַד 23.0 מב (בעערעך 0.8%) פון גענאָמע פּער יחיד אין דורכשניטלעך.(פיגורע 3f און 3g)
פאַנגקשאַנאַל, פענאָטיפּיקאַל און קליניש ימפּאַקץ פון SVs
פּרעדיקטעד אָנווער פון פֿונקציע (pLoF) SVs: pLoF SVs זענען דיפיינד ווי SVs ינטעראַקטיד מיט CDS, ווו קאָודינג נוקלעאָטידעס זענען אויסגעמעקט אָדער ORFs זענען אָלטערד.אין גאַנץ פון 1,929 פּלאָף סווס וואָס ווירקן CDS פון 1,681 גענעס זענען אַנאַטייטיד.אין די, 38 גענעס כיילייטיד "יממונאָגלאָבולין רעסעפּטאָר ביינדינג" אין GO ענריטשמענט אַנאַליסיס.די PLoF SVs זענען נאָך אַנאַטייטיד דורך GWAS, OMIM און COSMIC, ריספּעקטיוולי.(פיגורע 4 אַ און 4 ב)
פענאָטיפּיקאַל און קליניקאַלי באַטייַטיק SVs: א נומער פון SV אין נאַנאָפּאָרע דאַטאַבייס איז געוויזן צו זיין פענאָטיפּיקאַל און קליניקאַלי באַטייַטיק.א זעלטן העטעראָזיגאָוס דעל פון 19.3 קב, באַוווסט צו פאַרשאַפן אַלף-טהאַלאַססעמיאַ, זענען יידענאַפייד אין דריי מענטשן וואָס דיספאַנגקשאַנד גענעס פון העמאָגלאָבין סובוניט אַלף 1 און 2 (HBA1 און HBA2).אן אנדער DEL פון 27.4 קב אויף דזשין קאָדירונג העמאָגלאָבין סובוניט ביתא (הבב) איז יידענאַפייד אין אן אנדער יחיד.דעם סוו איז באקאנט צו פאַרשאַפן ערנסט העמאָגלאָבינאָפּאַטהיעס.(פיגורע 4c)
פיגורע 4. פּלאָף סווס פֿאַרבונדן מיט פענאָטיפּעס און חולאתן
א פּראָסט DEL פון 2.4 קב איז באמערקט אין 35 האָמאָזיגאָוס און 67 העטעראָזיגאָוס קאַריערז, וואָס קאָווערס די גאַנץ געגנט פון די 3 עקסאָן פון גראָוט האָמאָן רעסעפּטאָר (GHR).די האָמאָזיגאָוס קאַריערז זענען געפֿונען באטייטיק קירצער ווי העטערזיגאָוס אָנעס (פּ = 0.033).(פיגורע 4 ד)
דערצו, די סווס זענען פּראַסעסט פֿאַר באַפעלקערונג עוואָלוטיאָנאַרי שטודיום צווישן צוויי רעגיאָנאַל גרופּעס: צפון און דרום טשיינאַ.באַטייטיק דיפערענטשאַל סווס זענען געפֿונען פונאנדערגעטיילט אויף Chr 1, 2, 3, 6,10,12,14 און 19, אין וואָס די שפּיץ אָנעס זענען פארבונדן מיט ימיונאַטי מקומות, אַזאַ ווי IGH, MHC, אאז"ו ו. עס איז גלייַך צו ספּעקולירן אַז די דיפערענשייישאַן אין די סווס קען זיין רעכט צו גענעטיק דריפט און לאַנג-טערמין ויסשטעלן צו דייווערס ינווייראַנמאַנץ פֿאַר סאַב-פּאָפּולאַטיאָנס אין טשיינאַ.
רעפערענץ
ווו, זשיקון, עטק."סטרוקטוראַל וועריאַנץ אין כינעזיש באַפעלקערונג און זייער פּראַל אויף פענאָטיפּעס, חולאתן און באַפעלקערונג אַדאַפּטיישאַן."bioRxiv(2021).
נייַעס און כיילייץ יימז צו טיילן די לעצטע געראָטן קאַסעס מיט Biomarker Technologies, קאַפּטשערינג ראָמאַן וויסנשאפטלעכע דערגרייכונגען ווי געזונט ווי באַוווסט טעקניקס געווענדט בעשאַס די לערנען.
פּאָסטן צייט: Jan-06-2022