GWAS
טיטל: גאַנץ דזשינאָום ריסעקווענסינג ריווילז די אָנהייב פון Brassica napus און גענעטיק לאָקי ינוואַלווד אין זייַן פֿאַרבעסערונג
זשורנאַל: נאַטור קאָמוניקאַציע
NGS |WGS |רעסעקווענסינג |GWAS |טראַנסקריפּטאָמע |RNAseq |Brassica napus |עוואַלושאַן |דאָמעסטיקאַטיאָן
אין דעם לערנען, Biomarker Technologies צוגעשטעלט סערוויסעס אויף NGS סיקוואַנסינג, ווי געזונט ווי טעכניש שטיצן פֿאַר ביאָינפאָרמאַטיקס אַנאַליסיס אויף סיקוואַנסינג דאַטן.
הינטערגרונט
Brassica napus(רייפּסיד) איז אַ וויכטיק אָילסעעד גערעטעניש און אַ ויסגעצייכנט מאָדעל פֿאַר ינוועסטאַגייטינג פּראַסעסאַז פון פּאָליפּלאָיד ספּעסיפיקאַטיאָן, עוואָלוציע און סעלעקציע.אָבער, צי ווילד מינים אָדער דאַמעסטאַקייטיד דאָנאָרס זענען פּערענטאַל פּראָגעניטאָרס און גענעס וואָס קאַנטריביוטיד צו דאַמעסטאַקיישאַן און פֿאַרבעסערונג אין רייפּסיד זענען נאָך אומבאַקאַנט.
מאטריאל און מעטאדן
מאַטעריאַלס:588B. napusאַקסעשאַנז זענען ינוואַלווד אין דעם לערנען, אַרייַנגערעכנט 466 פון אזיע, 102 פון אייראָפּע, 13 פון צפון אַמעריקע, און 7 פון אויסטראַליע.באַזירט אויף וווּקס געוווינהייטן רעקאָרדס, די מאַטעריאַלס זענען צעטיילט אין דרייַ עקאָטיפּעס;פרילינג (86 אַקסעססיאָנס), ווינטער (74 אַקסעססיאָנס), און האַלב-ווינטער (428 אַקסעססיאָנס).
סיקוואַנסינג:אַוורידזשד בעערעך.5 × (ריינדזשינג פון 3.37 × צו 7.71 ×)
סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמע:Illumina Hiseq 4000
דאַטן פּראָדוקציע:4.03 טב ריין דאַטן
SNP רופן:BWA + GATK.5,294,158 סנפּס און 1,307,151 ינדעלס זענען באקומען.
רעזולטאַטן
אָריגין פון B. napus
B. napusא סובגענאָמע יוואַלווד פון די אָוועס פון אייראפעישער ברוקווע.א דזשין לויפן געשעעניש פון אייראפעישער ברוקווע צו דיB. napuא סובגענאָמע איז פארגעקומען מיט 106-1170 יאָר צוריק.B. napusC סובגענאָמע קען האָבן יוואַלווד פון די פּראָסט אָוועס פון די לינעס.דער אָוועס פוןB. napusשפּאַלטן פון די פּראָסט אָוועס פון פיר B. oleracea סובספּעסיעס, מיט פריש דזשין לויפן איןB. napus~ 108-898 יאָר צוריק.B. napusC סובגענאָמע האט אַ מער קאָמפּליצירט אָריגין ווי א סובגענאָמע.א שטאַרק באַטאַלנעק דעוועלאָפּעד אין ביידע צוויי סובגענאָמעס בעשאַסB. napusעוואָלוציע.דער ווינטער און האַלב-ווינטערB. napusעקאָטיפּעס דיווערדזשד ~ 60 יאָר צוריק, כוועראַז ווינטער און פרילינגB. napusדיווערדזשד ~ 416 יאָר צוריק, און אָילסיד און ניט-אָילסידB. napusדיווערדזשד ~ 277 יאָר צוריק.
פיגורע 2 באַפעלקערונג סטרוקטור פון 588 B. napus אַקסעססיאָנס און 199 פון B. Rapa אַקסעססיאָנס.
פיגורע 3 באַפעלקערונג סטרוקטור פון 588 B. napus אַקסעססיאָנס און 119 פון B. oleracea אַקסעססיאָנס
סעלעקציע סיגנאַלז און גענאָמע-ברייט פאַרבאַנד שטודיום.
בעשאַס דער ערשטער בינע פון פֿאַרבעסערונג (פסי), מער גענעטיק דייווערסיטי איז פאַרפאַלן אין די B. napus C סובגענאָמע ווי אין די א סובגענאָמע.ווייניקער גענעטיק דיפערענשייישאַן פארגעקומען בעשאַס די FSI ווי בעשאַס די רגע בינע פון פֿאַרבעסערונג (SSI).גענעס אין SSI-סעלעקציע סיגנאַל מקומות זענען ענריטשט אין דרוק טאָלעראַנץ, אַנטוויקלונג און מעטאַבאַליק פּאַטווייז.60 לאָסי באטייטיק פארבונדן מיט 10 ציל טרייץ, אַרייַנגערעכנט 5 שייַכות צו זוימען טראָגן, 3 צו סיליקע לענג, 4 צו ייל אינהאַלט און 48 צו זוימען קוואַליטעט זענען יידענאַפייד.
פיגור 4 גענאָמע-ברייט סקאַנינג און אַנאַטיישאַנז פון אויסגעקליבן מקומות בעשאַס די SSI פון B. napus
טראַנסקריפּטאָמע אַנאַליסיס
RNAseq דאַטן פון 11 געוועבן פֿון אַ הויך-ייל-אינהאַלט און טאָפּל-נידעריק קולטיוואַר און אַ נידעריק-ייל-אינהאַלט און טאָפּל-הויך קולטיוואַר יידענאַפייד גענעס שייַכות צו גלוקאָסינאָלאַטע ביאָסינטעטיק פּראָצעס זענען באטייטיק איבער-רעפּריזענטיד.
פיגור 5 איבערבליק פון פלאַוערינג-צייַט רעגולירן אונטער די סעלעקציע פון די עקאָטיפּע פֿאַרבעסערונג פון B. napus
דיסקוסיע
דעם לערנען צוגעשטעלט אַ ווערטפול מיטל פֿאַר פארשטאנד די אָנהייב און פֿאַרבעסערונג געשיכטע פוןB. napusאון וועט פאַסילאַטייט די דייסעקשאַן פון די גענעטיק באַסעס פון וויכטיק אַגראָנאָמיק קאָמפּלעקס טרייץ.די באַטייטיק סנפּס פֿאַרבונדן מיט גינציק וועריאַנץ, סעלעקציע סיגנאַלז און קאַנדידאַט גענעס וועט לאַרגעלי ביישטייערן אין צוקונפֿט, ספּעציעל אין ימפּרוווינג די טראָגן, זוימען קוואַליטעט, ייל אינהאַלט און אַדאַפּטאַבילאַטי פון די לעצטע אַללאָפּאָללאָיד גערעטעניש און זיין קרובים.
רעפערענץ
גאַנץ דזשינאָום ריסעקווענסינג ריווילז די אָנהייב פון Brassica napus און גענעטיק לאָקי ינוואַלווד אין זייַן פֿאַרבעסערונג [J].נאַטור קאָמוניקאַציע, 2019, 10 (1).
נייַעס און כיילייץ יימז צו טיילן די לעצטע געראָטן קאַסעס מיט Biomarker Technologies, קאַפּטשערינג ראָמאַן וויסנשאפטלעכע דערגרייכונגען ווי געזונט ווי באַוווסט טעקניקס געווענדט בעשאַס די לערנען.
פּאָסטן צייט: Jan-05-2022