BMKCloud Log in
条形banner-03

נייַעס

ט2ט דזשינאָום פֿאַרזאַמלונג, ריס פריי דזשינאָום

1stצוויי רייס גענאָמעס1

טיטל: אַסעמבלי און וואַלאַדיישאַן פון צוויי ריס-פריי רעפערענץ גענאָמעס פֿאַר קסיאַן / ינדיקאַ רייס ריווילז ינסייץ אין פּלאַנט סענטראָמערע אַרטשיטעקטורע

דוי:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

אַרייַנגעשיקט צייט: 01 יאנואר 2021.

אינסטיטוט: Huazhong Agricultural University, טשיינאַ

מאַטעריאַלס

אָ סאַטיוואַ קסיאַן / ינדיקאַרייַז ווערייאַטיז 'זשענשאַן 97 (ZS97)' און 'מינגהוי 63 (MH63)

סיקוואַנסינג סטראַטעגיע

NGS לייענט + HiFi לייענט + CLR לייענט + BioNano + Hi-C

דאַטן:

ZS97: 8.34 גב (~ 23 קס) HiFi לייענט + 48.39 גיגאבייט (~ 131 קס) CLR לייענט + 25 גב (~ 69 קס) NGS + 2 BioNano Irys סעלז

מה63: 37.88 גיגאבייט (~ 103 קס) HiFi לייענט + 48.97 גיגאבייט (~ 132 קס) CLR לייענט + 28 גיגאבייט (~ 76 קס) NGS + 2 BioNano Irys סעלז

פיגורע-1

פיגורע 1 צוויי ריס-פריי גענאָמעס פון רייַז (MH63 און ZS97)

2ndבאַנאַנע גענאָמע2

טיטל: טעלאָמערע-צו-טעלאָמערע גאַפּלעסס טשראָמאָסאָמעס פון באַנאַנע ניצן נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג

דוי:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

אַרייַנגעשיקט צייט: אפריל 17, 2021.

אינסטיטוט: Université Paris-Saclay, פֿראַנקרייַך

מאַטעריאַלס

טאָפּל האַפּלאָידMusa acuminatasppmalacensis(דה-פּאַהאַנג)

סיקוואַנסינג סטראַטעגיע און דאַטן:

HiSeq2500 PE250 מאָדע + MinION / PromethION (93Gb, ~ 200X) + אָפּטיש מאַפּע (DLE-1 + BspQ1)

טיש 1 פאַרגלייַך פון Musa acuminata (DH-Pahang) גענאָמע אַסעמבליז

טאַבלע 1-פאַרגלייַך-פון-GRCh38-און-T2T-CHM13-מענטש-גענאָמע-אַסעמבאַלז
פיגורע-מוסא-גענאָמעס-אַרקאַטעקטשער-פאַרגלייַך

פיגורע 2 מוסאַ גענאָמעס אַרקאַטעקטשער פאַרגלייַך

3rdPhaeodactylum tricornutum גענאָמע3

טיטל: טעלאָמערע-צו-טעלאָמערע גענאָמע פֿאַרזאַמלונג פוןP
haeodactylum tricornutum

דוי:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

אַרייַנגעשיקט צייט: מאי 04, 2021

אינסטיטוט: מערב אוניווערסיטעט, קאַנאַדע

מאַטעריאַלס

Phaeodactylum tricornutum(קולטור זאַמלונג פון אַלדזשי און פּראָטאָזאָאַ CCAP 1055/1)

סיקוואַנסינג סטראַטעגיע און דאַטן:

1 Oxford Nanopore minION לויפן צעל + אַ 2 × 75 פּערד-סוף מיטן רעזולטאַט NextSeq 550 לויפן

Figure-Workflow-for-telomere-to-telomere-genome-assembly-1-1024x740

פיגורע 3 וואָרקפלאָוו פֿאַר טעלאָמערע-צו-טעלאָמערע גענאָמע פֿאַרזאַמלונג

4thמענטש CHM13 גענאָמע4

טיטל: די גאַנץ סיקוואַנס פון אַ מענטש גענאָמע

דוי:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

אַרייַנגעשיקט צייט: מאי 27, 2021

אינסטיטוט: נאַשאַנאַל ינסטיטוטעס פון געזונט (NIH), USA

מאַטעריאַלס: צעל שורה CHM13

סיקוואַנסינג סטראַטעגיע און דאַטן:

30 × PacBio קייַלעכיק קאָנסענסוס סיקוואַנסינג (HiFi), 120 × אָקספֿאָרד נאַנאָפּאָרע הינטער-לאַנג לייענען סיקוואַנסינג, 100 × Illumina PCR-Free סיקוואַנסינג (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano גענאָמיקס און Strand-Seq

טיש 2 פאַרגלייַך פון GRCh38 און T2T-CHM13 מענטש גענאָמע אַסעמבליז

טיש-פאַרגלייַך-פון-מוסאַ-אַקומינאַטאַ-דה-פּאַהאַנג-גענאָמע-אַסעמבאַלז

רעפערענץ

1.סערגיי נורק עט על.די גאַנץ סיקוואַנס פון אַ מענטש גענאָמע.ביאָרקסיוו 2021.05.26.445798;דוי:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2.Caroline Belser et al.טעלעמערע-צו-טעלאָמערע גאַפּלעסס טשראָמאָסאָומז פון באַנאַנע ניצן נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג.ביאָרקסיוו 2021.04.16.440017;דוי:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.Daniel J. Giguere עט על.טעלאָמערע-צו-טעלאָמערע גענאָמע פֿאַרזאַמלונג פון Phaeodactylum tricornutum.ביאָרקסיוו 2021.05.04.442596;דוי:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4.דזשיאַ-מינג סאָנג עט על.אַסעמבלי און וואַלאַדיישאַן פון צוויי ריס-פריי רעפערענץ גענאָמעס פֿאַר קסיאַן / ינדיקאַ רייס ריווילז ינסייץ אין פּלאַנט סענטראָמערע אַרטשיטעקטורע.ביאָרקסיוו 2020.12.24.424073;דוי:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


פּאָסטן צייט: Jan-06-2022

שיקן דיין אָנזאָג צו אונדז: