גענאָטיפּינג מיט הויך-דורכקייט, ספּעציעל אויף גרויס-וואָג באַפעלקערונג, איז אַ פונדאַמענטאַל שריט אין גענעטיק פאַרבאַנד שטודיום, וואָס גיט גענעטיק יקער פֿאַר פאַנגקשאַנאַל דזשין ופדעקונג, עוואָלוטיאָנאַרי אַנאַליסיס, אאז"ו ו. ) איז ינטראָודוסט צו מינאַמייז סיקוואַנסינג קאָס פּער מוסטער, און האַלטן אַ גלייַך עפעקטיווקייַט אויף גענעטיק מאַרקער ופדעקונג.דעם איז קאַמאַנלי אַטשיווד דורך יקסטראַקטינג ריסטריקשאַן פראַגמענט אין אַ געגעבן גרייס קייט, וואָס איז גערופֿן רידוסט פאַרטרעטונג ביבליאָטעק (רל).ספּעציפֿיש-לאָוקוס אַמפּלאַפייד פראַגמענט סיקוואַנסינג (SLAF-Seq) איז אַ זיך-דעוועלאָפּעד סטראַטעגיע פֿאַר דע נייַ סנפּ ופדעקונג און SNP גענאָטיפּינג פון גרויס פּאַפּיאַליישאַנז.
טעכניש וואָרקפלאָוו
SLAF ווס עקסיסטינג RRL מעטהאָדס
אַדוואַנטאַגעס פון SLAF
העכער גענעטיק מאַרקער ופדעקונג עפעקטיווקייַט- קאַמביינד מיט הויך-טראַפּוט סיקוואַנסינג טעכנאָלאָגיע, SLAF-Seq קען דערגרייכן הונדערטער פון טויזנטער פון טאַגס דיסקאַווערד אין גאַנץ גענאָמע צו מקיים די בקשה פון דייווערס פאָרשונג פּראַדזשעקס, אָדער מיט אָדער אָן אַ רעפֿערענץ גענאָמע.
קאַסטאַמייזד און פלעקסאַבאַל יקספּערמענאַל פּלאַן- פֿאַר פאַרשידענע פאָרשונג צילן אָדער מינים, פאַרשידענע ענזימאַטיק דיידזשעסטשאַן סטראַטעגיעס זענען בנימצא אַרייַנגערעכנט איין-ענזיים, צווייענדיק ענזיים און מולטי-ענזיים דיידזשעסטשאַן.דיידזשעסטשאַן סטראַטעגיע וועט זיין פּרי-עוואַלואַטעד אין סיליקאָ צו פאַרזיכערן אַן אָפּטימאַל ענזיים פּלאַן.
הויך עפעקטיווקייַט אין ענזימאַטיק דיידזשעסטשאַן- פאַר-דיזיינד ענזימאַטיק דיידזשעסטשאַן גיט מער יוואַנלי פונאנדערגעטיילט SLAFs אויף כראָמאָסאָם.פראַגמענט זאַמלונג עפעקטיוו קענען דערגרייכן איבער 95%.
ויסמיידן ריפּעטיטיוו סיקוואַנס- פּראָצענט פון ריפּעטיטיוו סיקוואַנס אין SLAF-Seq דאַטן איז רידוסט צו נידעריקער ווי 5%, ספּעציעל אין מינים מיט הויך מדרגה פון ריפּעטיטיוו עלעמענטן, אַזאַ ווי ווייץ, מייז, עטק.
זיך-דעוועלאָפּעד ביאָינפאָרמאַטיק וואָרקפלאָוו- BMK דעוועלאָפּעד אַן ינאַגרייטיד ביאָינפאָרמאַטיק וואָרקפלאָוו אָנווענדלעך צו SLAF-Seq טעכנאָלאָגיע צו ענשור רילייאַבילאַטי און אַקיעראַסי פון די לעצט רעזולטאַט.
אַפּלאַקיישאַן פון SLAF
גענעטיק לינגקאַדזש מאַפּע
הויך-געדיכטקייַט גענעטיק מאַפּע קאַנסטראַקשאַן און לעגיטימאַציע פון לאָסי קאַנטראָולינג בלום-טיפּ טרייץ אין קריסאַנטאַמאַם (טשריסאַנטהעמום רענטגענ מאָריפאָליום ראַמאַט.)
זשורנאַל: כאָרטיקאַלטשער פאָרשונג פֿאַרעפֿנטלעכט: 2020.7
GWAS
לעגיטימאַציע פון אַ קאַנדידאַט דזשין פֿאַרבונדן מיט יסאָפאַוואָן אינהאַלט אין סויבין זאמען ניצן גענאָמע-ברייט פאַרבאַנד און לינגקאַדזש מאַפּינג
זשורנאַל: דער פּלאַנט זשורנאַל פֿאַרעפֿנטלעכט: 2020.08
עוואָלוטיאָנאַרי גענעטיקס
באַפעלקערונג גענאָמיק אַנאַליסיס און דע נאָוואָ פֿאַרזאַמלונג אַנטדעקן די אָנהייב פון ווידי רייַז ווי אַן עוואָלוטיאָנאַרי שפּיל
זשורנאַל: מאָלעקולאַר פּלאַנט פֿאַרעפֿנטלעכט: 2019.5
בולקט סעגרעגאַנט אַנאַליסיס (BSA)
GmST1, וואָס ענקאָודאַז אַ סולפאָטראַנספעראַסע, קאַנפערז קעגנשטעל צו סויבין מאָסאַיק ווירוס סטריינז G2 און G3
זשורנאַל: פּלאַנט, צעל און סוויווע פֿאַרעפֿנטלעכט: 2021.04
רעפערענץ
Sun X, Liu D, Zhang X, עט על.SLAF-Seq: אַן עפעקטיוו מעטאָד פון גרויס-וואָג דע novo SNP ופדעקונג און גענאָטיפּינג ניצן הויך-טרופּוט סיקוואַנסינג [J].פּלאָס איינער, 2013, 8 (3): ע58700
ליד X, Xu Y, Gao K, עט על.הויך-געדיכטקייַט גענעטיק מאַפּע קאַנסטראַקשאַן און לעגיטימאַציע פון לאָסי קאַנטראָולינג בלום-טיפּ טרייץ אין קריסאַנטאַמאַם (טשריסאַנטאַמאַם × מאָריפאָליום ראַמאַט.).Hortic Res.2020;7:108.
ווו ד, לי ד, דזשאַו רענטגענ, עט על.לעגיטימאַציע פון אַ קאַנדידאַט דזשין פֿאַרבונדן מיט יסאָפלאַוואָנע אינהאַלט אין סויבין זאמען ניצן גענאָמע-ברייט פאַרבאַנד און לינגקאַדזש מאַפּינג.פּלאַנט י 2020;104 (4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.באַפעלקערונג גענאָמיק אַנאַליסיס און די נאָוואָ אַסעמבלי אַנטדעקן די אָריגין פון ווידי רייס ווי אַן עוואָלוטיאָנאַרי שפּיל.מאָל פּלאַנט.2019;12(5):632-647.מאָל פּלאַנט.2018;11 (11): 1360-1376.
דזשאַו רענטגענ, דזשינג י, לואָ ז, עט על.GmST1, וואָס קאָדעקס אַ סולפאָטראַנספעראַסע, קאַנפערז קעגנשטעל צו סויבין מאָסאַיק ווירוס סטריינז G2 און G3.פּלאַנט צעל ענוויראָן.2021; 10.1111 / פּ. 14066
פּאָסטן צייט: Jan-04-2022