מענטשנרעכט גענאָמיקס
נאַטור דזשאַנעטיקס
לאנג-לייענען סיקוואַנסינג יידענאַפייד GGC איבערחזרן יקספּאַנשאַנז אין NOTCH2NLC פֿאַרבונדן מיט נעוראָנאַל ינטראַנוקלעאַר ינקלוזשאַן קרענק
ONT ריסעקווענסינג |Illumina |גאַנץ עקסאָמע סיקוואַנסינג |CRISPR-Cas9 ONT טאַרגעטעד סיקוואַנסינג |רנאַ-סיק |ONT 5mC מעטהילאַטיאָן פאַך
כיילייץ
1.ביי לינגקאַדזש אַנאַליסיס אויף אַ גרויס NIID משפּחה, צוויי לינגקט מקומות זענען יידענאַפייד.
2.ONT-באזירט לאַנג-לייענען סיקוואַנסינג און Cas-9 מעדיאַטעד ענריטשמענט ONT סיקוואַנסינג דיסקאַווערד אַ פּאָטענציעל גענעטיק סיבה פון NIID, GGC איבערחזרן יקספּאַנשאַנז אין 5′ UTR פון NOTCH2NLC.דער לערנען געמאלדן איבערחזרן יקספּאַנשאַנז אין מענטש-ספּעציפיש גענעס פֿאַר די ערשטער מאָל וואָס יוואַלווד דורך סעגמענטאַל דופּליקיישאַנז.
3.RNA סיקוואַנסינג גילוי אַבנאָרמאַל אַנטיסענסע טראַנסקריפּץ אין די אָנהייב אָדער ין GGC איבערחזרן יקספּאַנשאַן מקומות אין NOTCH2NLC.
הינטערגרונט
Nעוראָנאַל ינטראַנוקלעאַר ינקלוזשאַן קרענק (NIID) איז אַ פּראָגרעסיוו און פאַטאַל נעוראָדעגענעראַטיווע קרענק, וואָס איז קעראַקטערייזד דורך די בייַזייַן פון עאָסינאָפיליק היאַלינע ינטראַנוקלעאַר ינקלוזשאַנז אין הויפט און פּעריפעראַל נערוועז סיסטעמען.זייַן העכסט וועריאַבאַל קליניש מאַנאַפעסטיישאַנז כאַפּן גרויס שוועריקייטן אין דיאַגנאָסיס ביז הקדמה פון הויט ביאָפּסי.אָבער, היסטאָפּאַטהאָלאָגי-באזירט מעטהאָדס ליידן נאָך פון מיסדיאַגנאָסיס, וואָס פאָדערן אַ גענעטיק פארשטאנד פון NIID.
דערגרייכונגען
לינגקאַדזש אַנאַליסיס
Sהאָרט-לייענען סיקוואַנסינג באזירט גאַנץ גענאָמע סיקוואַנסינג (WGS) און גאַנץ עקסאָמע סיקוואַנסינג (WES) איז געווען דורכגעקאָכט אויף אַ גרויס NIID משפּחה (13 אַפעקטאַד און 7 אַנאַפעקטיד מיטגלידער).לינגקאַדזש אַנאַליסיס אויף סנפּס יקסטראַקטיד פון די דאַטן אנטפלעקט בלויז צוויי לינגקט מקומות: אַ 3.5 מב געגנט ביי 1p36.31-p36.22 (מאַקסימום לאָד = 2.32) און אַ 58.1 מב געגנט ביי 1p22.1-q21.3 (מאַקסימום לאָד: 4.21) ).אָבער, קיין פּאַטאַדזשעניק SNPs אָדער CNVs זענען יידענאַפייד אין די לינגקט מקומות.
GGC איבערחזרן יקספּאַנשאַנז אין NOTCH2NLC
Nאַנאָפּאָרע-באזירט סיקוואַנסינג איז פּראַסעסט אויף 13 אַפעקטאַד און 4 אַנאַפעקטיד מיטגלידער פון 8 משפחות (אן אנדער אַפעקטאַד מיטגליד איז געווען סיקוואַנסעד דורך Pacbio לאַנג לייענען סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמע.).לאנג-לייענען דאַטן אנטפלעקט די קרענק פֿאַרבונדן GGC איבערחזרן יקספּאַנשאַנז אין די 5′ UTR פון NOTCH2NLC דזשין מאַפּינג צו 58.1 מב לינגקט געגנט (פיגורע 1).די איבערחזרן יקספּאַנשאַנז זענען אויך יידענאַפייד אין אַלע 40 ספּאָראַדיש NIID קאַסעס טעסטעד דורך RP-PCR.
Cאַס-9 מעדיאַטעד ציל סיקוואַנסינג אויף נאַנאָפּאָרע פּלאַטפאָרמע איז געווען באנוצט צו דערגרייכן העכער לייענען קאַווערידזש אויף NOTCH2NLC איבערחזרן (100 X-1,795 X).די קאָנסענסוס סיקוואַנסיז שטימען געזונט מיט די פריערדיקע פיינדינגז אויף GGC איבערחזרן יקספּאַנשאַנז.דערצו, {(GGA)n (GGC)n}n ריפּיץ זענען יידענאַפייד ווי אַ פּאָטענציעל גענעטיק מאַרקער פֿאַר שוואַכקייַט-דאָמינאַנט פענאָטיפּע (פיגורע 2).
פיגורע 1. קרענק פֿאַרבונדן איבערחזרן יקספּאַנשאַן יידענאַפייד אויף עקסאָן 1 פון NOTCH2NLC יסאָפאָרמס.
פיגורע 2. קאָנסענסוס סיקוואַנסיז פון NPTCH2NLC איבערחזרן אין NIID פּאַטיענץ מיט (*) אָדער אָן שוואַכקייַט-דאָמינאַנט פענאָטיפּע
NOTCH2NL גענעס זענען מענטש-ספּעציפיש גענעס, וואָס זענען געגלויבט צו שפּילן וויטאַל ראָלע אין מענטש מאַרך עוואָלוציע און נוראַלאַדזשיקאַל חולאתן.אָבער, דריי NOTCH2 פֿאַרבונדענע גענעס (NOTCH2NLA, NOTCH2NLB און NOTCH2NLC) מיט >99.1% סיקוואַנס אידענטיטעט זענען נישט ריזאַלווד ביז די לעצטע מענטש גענאָמע פֿאַרזאַמלונג.סינטעז-פריי און לאַנג-לייענען סיקוואַנסינג אויף נאַנאָפּאָרע פּלאַטפאָרמע האָבן געוויזן נאָוטאַבאַל אַדוואַנטידזשיז אין ריזאַלווינג מקומות מיט הויך ענלעכקייט און (GGC) n ריפּיץ מיט 100% גק-רייַך.
GGC איבערחזרן יקספּאַנשאַנז אין NOTCH2NLC
Tראַנסקריפּטאָם סיקוואַנסינג איז פּראַסעסט אויף 2 אַפעקטאַד און 2 אַנאַפעקטיד מיטגלידער.נאָרמאַליזעד לייענען טיפקייַט איז קאַלקיאַלייטיד אויף זינען און אַנטיסענסע סטראַנדז אין אַפּסטרים פון ערשטער עקסאָנס פון NOTCH2NL פּאַראַלאָגז.אַבנאָרמאַל אַנטי-זענס טראַנסקריפּץ זענען געפֿונען בלויז אין אַפעקטאַד קאַסעס, וואָס זיצן אין די אָנהייב אָדער ין די איבערחזרן יקספּאַנשאַן געגנט (לילאַ פּיקס אין F1-14 און F1-16 אין פיגורע 3.).אין אַדישאַן, 54 DEG זענען יידענאַפייד און אַלע זענען ענריטשט אין GO און MPO טערמינען שייַכות צו נעוראָנאַל פאַנגקשאַנז.
פיגורע 3. נאָרמאַלייזד לייענען טיפקייַט אויף אַפּסטרים פון דער ערשטער עקסאָן פון NOTCH2NLC אין אַנאַפעקטיד (אויבן) און אַפעקטאַד (אונטן) קאַסעס.
טעכנאָלאָגיע
אָקספֿאָרד נאַנאָפּאָרע טעכנאָלאָגיע (ONT)
Nאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג דיסטינגגווישיז זיך פון אנדערע סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמס, אין אַז די נוקלעאָטידעס זענען לייענען גלייַך אָן דנאַ סינטעז פּראָצעס.ווי אַ איין שנירל דנאַ פּאַסיז דורך אַ נאַנאָ-סייזד פּראָטעין פּאָרע (נאַנאָפּאָרע), פאַרשידענע נוקלעאָטידעס דזשענערייט פאַרשידענע ייאַניק קעראַנץ, וואָס קענען זיין קאַפּטשערד און טראַנספערד אין סיקוואַנס פון באַסעס.ONT סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמע זיך טוט נישט ווייַזן אַ קלאָר טעכניש שיעור אויף די לענג פון דנאַ לייענען.דעריבער, הינטער-לאַנג לייענען (ULRs) זענען בנימצא פֿאַר גענאָמע פֿאַרזאַמלונג פון הויך קוואַליטעט.דערצו, די גאָר לאַנג לייענען, וואָס זענען לאַנג גענוג צו קרייַז קאָמפּלעקס סיקוואַנס פֿעיִקייטן אָדער סטראַקטשעראַל ווערייישאַן, העלפֿן באַקומען די לימיטיישאַנז פון קורץ-לייענען סיקוואַנסינג דאָ.
נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג
לעגיטימאַציע פון סטרוקטור ווערייישאַן (SV).
Sינטהעסיס-פריי סיקוואַנסינג לאַרגעלי אפגעהיט דנאַ מעטהילאַטיאָן אינפֿאָרמאַציע אויף מוסטער.מעטהילאַטעד א, ט, C און ג דזשענערייט בוילעט ייאַניק קעראַנץ פון ניט-מעטהילאַטעד אָנעס, וואָס קענען זיין לייענען גלייַך דורך די פּלאַטפאָרמע.נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג ימפּאַוערז גאַנץ דזשינאָום פּראָפילינג פון ביידע 5mC און 6mA אין איין-נוקלעאָטידע האַכלאָטע.
רעפערענץ
יוני סאָנע, עט.על.לאנג-לייענען סיקוואַנסינג יידענאַפייד GGC איבערחזרן יקספּאַנשאַנז אין NOTCH2NLC פֿאַרבונדן מיט נעוראָנאַל ינטראַנוקלעאַר ינקלוזשאַן קרענק.נאַטור גענעטיקס (2019)
טעקנאַלאַדזשיז און כיילייץ יימז צו טיילן די לעצטע געראָטן אַפּלאַקיישאַן פון פאַרשידענע הויך-טראַפּוט סיקוואַנסינג טעקנאַלאַדזשיז אין פאַרשידן פאָרשונג ארענע און בריליאַנט יידיאַז אין יקספּערמענאַל פּלאַן און דאַטן מיינינג.
פּאָסטן צייט: Jan-06-2022