טראַנסקריפּטאָמיקס
נאַטור
קאָמוניקאַציע
גאַנץ-לענג טראַנסקריפּט קעראַקטעריסטיקס פון SF3B1 מיוטיישאַן אין כראָניש לימפאָסיטיק לוקימיאַ ריווילז דאַונרעגיאַליישאַן פון ריטיינד ינטראָנס
גאַנץ-לענג טראַנסקריפּץ|נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג |אנדער ברירה יסאָפאָרם אַנאַליסיס
הינטערגרונט
Sאָמאַטיש מיוטיישאַנז אין ספּליסינג פאַקטאָר SF3B1 איז וויידלי געמאלדן צו פאַרבינדן מיט פאַרשידן קאַנסערץ, אַרייַנגערעכנט כראָניש לימפאָסיטיק לוקימיאַ (קלל), ווועאַל מעלאַנאָומאַ, ברוסט ראַק, אאז"ו ו.אָבער, שטודיום אויף די אָלטערנאַטיוו ספּלייינג פּאַטערנז האָבן לאַנג שוין לימיטעד צו געשעעניש-מדרגה און פעלן פון וויסן אויף יסאָפאָרם-מדרגה רעכט צו דער באַגרענעצונג פון קורץ-לייענען אַסעמבאַל טראַנסקריפּץ.דאָ, נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמע איז באַקענענ צו דזשענערייט פול-לענג טראַנסקריפּץ, וואָס ימפּאַוערד ינווערסטידזשיישאַן אויף AS יסאָפאָרמס.
עקספּערימענטאַל פּלאַן
יקספּעראַמאַנץ
גרופּינג:1. CLL-SF3B1 (WT) 2. CLL-SF3B1 (K700E מיוטיישאַן);3. נאָרמאַל ב-סעלז
סיקוואַנסינג סטראַטעגיע:מיניאָן 2 ד ביבליאָטעק סיקוואַנסינג, פּראָמעטהיאָן 1 ד ביבליאָטעק סיקוואַנסינג;קורץ-לייענען דאַטן פון זעלביקער סאַמפּאַלז
סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמע:ONT MinION;ONT PromethION;
ביאָינפאָרמאַטיק אַנאַליסיס
רעזולטאַטן
אגאַנץ 257 מיליאָן לייענען זענען דזשענערייטאַד פֿון 6 CLL סאַמפּאַלז און 3 ב-סעלז.אין דורכשניטלעך פון 30.5% פון די לייענען זענען יידענאַפייד ווי פול-לענג טראַנסקריפּץ.
Fאַלטערנאַטיווע יסאָפאָרם אַנאַליסיס פון רנאַ (FLAIR) איז דעוועלאָפּעד צו דזשענערייט אַ גאַנג פון יסאָפאָרמס מיט הויך בטחון.FLAIR קענען זיין סאַמערייזד ווי:
Nאַנאָפּאָרע לייענט אַליינמאַנט: ידענטיפיצירן אַלגעמיין טראַנסקריפּט סטרוקטור באזירט אויף רעפֿערענץ גענאָמע;
Sפּליסע קנופּ קערעקשאַן: ריכטיק סיקוואַנס ערראָרס (רויט) מיט ספּלייס פּלאַץ פון יעדער אַנאַטייטיד ינטראָנס, ינטראָנס פון קורץ-לייענען דאַטן אָדער ביידע;
Cאָלאַפּסע: סאַמערייז רעפּריזענאַטיוו יסאָפאָרמס באזירט אויף ספּלייס קנופּ קייטן (ערשטער פאָרן שטעלן).סעלעקטירן יסאָפראַם מיט הויך בטחון באזירט אויף די נומער פון שטיצן לייענען (שוועל: 3).
פיגורע 1. FLAIR אַנאַליסיס צו ידענטיפיצירן פול-לענט יסאָפאָרמס פֿאַרבונדן מיט SF3B1 מיוטיישאַן אין CLL
FLAIR יידענאַפייד 326,699 הויך-בטחון ספּלייסט יסאָפאָרמס, 90% פון וואָס זענען ראָמאַן יסאָפאָרמס.רובֿ פון די אַנאַנאַטייטיד יסאָפאָרמס זענען געפונען צו זיין ראָמאַן קאַמבאַניישאַנז פון באַוווסט ספּלייס דזשונץ (142,971), בשעת די מנוחה ראָמאַן יסאָפאָרמס קאַנטיינד אָדער ריטיינד ינטראָן (21,700) אָדער ראָמאַן עקסאָן (3594).
Lלאנג-לייענען סיקוואַנסיז ימפּאַוערז לעגיטימאַציע פון מוטאַנט SF3B1-K700E-אָלטערד ספּלייס זייטלעך אויף יסאָפאָרם-מדרגה.35 אָלטערנאַטיוו 3'SSs און 10 אַלטערנאַטיווע 5'SSs זענען געפֿונען צו זיין באטייטיק דיפערענטשאַלי ספּלייסט צווישן SF3B1-K700E און SF3B1-WT.33 פון די 35 אָלטעריישאַנז זענען ניי דיסקאַווערד דורך לאַנג-לייענען סיקוואַנסיז.אין נאַנאָפּאָרע דאַטן, די פאַרשפּרייטונג פון דיסטאַנסע צווישן SF3B1-K700E-אָלטערד 3'SSs צו קאַנאַניקאַל זייטלעך פּיקס איז אַרום -20 בפּ, וואָס איז באטייטיק אַנדערש פון אַ קאָנטראָל פאַרשפּרייטונג, ענלעך צו וואָס איז געווען רעפּאָרטעד אין CLL קורץ-לייענען סיקוואַנסיז.יסאָפאָרמס פון ERGIC3 דזשין זענען אַנאַלייזד, ווו אַ ראָמאַן יסאָפאָרם מיט די פּראַקסימאַל ספּלייס פּלאַץ איז געפֿונען מער שעפעדיק אין SF3B1-K700E.ביידע פּראָקסימאַל און דיסטאַל 3'SS זענען פֿאַרבונדן מיט אונטערשיידן AS פּאַטערנז דזשענערייטינג קייפל יסאָפאָרמס.
פיגורע 2. אנדער ברירה 3′ ספּליסינג פּאַטערנז יידענאַפייד מיט נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג דאַטן
IR געשעעניש באַניץ אַנאַליסיס איז לאַנג לימיטעד אין קורץ-לייענען אַנאַליסיס רעכט צו צוטרוי אין יר לעגיטימאַציע און קוואַנטאַפאַקיישאַן.די אויסדרוק פון יר יסאָפאָרמס אין SF3B1-K700E און SF3B1-WT זענען קוואַנטאַפייד באזירט אויף נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסיז, ריווילינג אַ גלאבאלע אַראָפּ-רעגולירן פון יר יסאָפאָרמס אין SF3B1-K700E.
פיגורע 4. אַגריקולטורע ינטענסיטי און נעץ קאַנעקטיוויטי אַריבער דרייַ פאַרמינג סיסטעמען (א און ב);טראַפ - וואַלד אַנאַליסיס (C) און שייכות צווישן לאַנדווירטשאַפטלעך ינטענסיטי און אַמף קאָלאָניזאַטיאָן (ד)
פיגורע 3. ינטראָן רענטענשאַן געשעענישן זענען שטארקער דאַונרעגיאַלייטיד אין CLL SF3B1-K700E
טעכנאָלאָגיע
נאַנאָפּאָרע לאַנג-לייענען סיקוואַנסינג
Nאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג איז אַ פאַקטיש-צייט ילעקטריקאַל סיגנאַל סיקוואַנסינג טעכנאָלאָגיע מיט איין מאָלעקולאַר.
Dאָבל-סטראַנדיד דנאַ אָדער רנאַ וועט בינדן צו נאַנאָפּאָראָוס פּראָטעין עמבעדיד אין די ביאָפילם און אַנוויינדינג אונטער די פירן פון מאָטאָר פּראָטעין.
DNA / רנאַ סטראַנדז פאָרן דורך נאַנאָפּאָרע קאַנאַל פּראָטעין אין אַ זיכער קורס אונטער דער קאַמף פון וואָולטידזש חילוק.
Mאָלעקולעס דזשענערייט פאַרשידענע עלעקטריקאַל סיגנאַלז לויט צו כעמישער סטרוקטור.
Rדי דיטעקשאַן פון סיקוואַנסיז איז אַטשיווד דורך באַזע פאַך.
פאָרשטעלונג פון פול-לענג טראַנסקריפּטאָמע סיקוואַנסינג
√ דאַטאַ סאַטוראַטיאָן
7-פאַרלייגן ווייניקערע לייענען פארלאנגט צו דערגרייכן פאַרגלייַכלעך דאַטן זעטיקונג.
√ טראַנסקריפּט סטרוקטור לעגיטימאַציע
לעגיטימאַציע פון פאַרשידן סטראַקטשעראַל וועריאַנץ מיט קאָנסענסוס פול-לענג לייענען פון יעדער טראַנסקריפּט
√ טראַנסקריפּט-מדרגה דיפערענטשאַל אַנאַליסיס - רעוועאַל ענדערונגען פאַרבאָרגן דורך קורץ-לייענען
רעפערענץ
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, עט על.גאַנץ-לענג טראַנסקריפּט קעראַקטעריסטיקס פון SF3B1 מיוטיישאַן אין כראָניש לימפאָסיטיק לוקימיאַ ריווילז דאַונרעגולאַטיאָן פון ריטיינד ינטראָנס [J].נאַטור קאָמוניקאַציע.
טעקנאַלאַדזשיז און כיילייץ יימז צו טיילן די לעצטע געראָטן אַפּלאַקיישאַן פון פאַרשידענע הויך-טראַפּוט סיקוואַנסינג טעקנאַלאַדזשיז אין פאַרשידן פאָרשונג ארענע און בריליאַנט יידיאַז אין יקספּערמענאַל פּלאַן און דאַטן מיינינג.
פּאָסטן צייט: Jan-08-2022