גאַנץ גענאָם ריסעקווענינג
גענאָמיקס מאָניטאָרינג פון סאַרס-קאָוו -2 אַנטדעקן אַן Nsp1 דילישאַן וואַריאַנט וואָס מאַדזשאַלייץ טיפּ איך ינטערפעראָן ענטפער
נאַנאָפּאָרע |Illumina |גאַנץ גענאָמע ריסעקווענסינג |מעטאַגענאָמיקס |רנאַ-סעק |סאַנגער
Biomarker Technologies צוגעשטעלט טעכניש שטיצן פֿאַר מוסטער סיקוואַנסינג אין דעם לערנען.
כיילייץ
1.SARS-CoV-2 גענאָמע סיקוואַנסינג און פילאָגנעטיק אַנאַליסיס ידענטיפיצירן 35 ריקעראַנט מיוטיישאַנז אַרייַנגערעכנט 31 סנפּס און 4 ינדעלס.
2. אַססאָסיאַטיאָן מיט 117 קליניש פענאָטיפּעס ריווילז פּאַטענטשאַלי
וויכטיק מיוטיישאַנז.
∆500-532 אין Nsp1 קאָדירונג געגנט קאָראַלייץ מיט נידעריקער וויראַל
3.לאָאַד און סערום IFN-β.
4.וויראַל יזאָלאַטעס מיט ∆500-532 מיוטיישאַן ינדוסירן נידעריקער IFN-I
ענטפער אין די ינפעקטאַד סעלז.
עקספּערימענטאַל פּלאַן
דערגרייכונגען
1. COVID-19 עפּידעמיאָלאָגיקאַל און גענאָמיק סערוויילאַנס
קליניש דאַטן זענען געזאמלט אין סיטשואַן פּראָווינץ, טשיינאַ איבער די ויסברוך צייט פון 22 יאנואר 2020 צו 20 פעברואר 2020. א גאַנץ פון 538 COVID-19 קאַסעס זענען באשטעטיקט דורך qPCR טעסץ אין סיטשואַן, 28.8% פון וואָס זענען פֿון דער פּראָווינץ. קאפיטאל.באשטעטיקט קאַסעס אין סיטשואַן געוואקסן עקספּאָונענשאַלי, שפּיץ אויף 30 יאנואר.אויך, דאַטן געשטיצט אַז געזעלשאַפטלעך דיסטאַנסינג קענען זיין אַ שליסל פאַקטאָר אין פּרעווענטינג ווירוס פאַרשפּרייטן.
פיגורע 1. עפּידעמיאָלאָגיקאַל לערנען פון COVID-19 אין סיטשואַן פּראָווינץ, טשיינאַ
2. סאַרס-קאָוו -2 גענאָמע קאַנסטראַקשאַן און וועריאַנץ לעגיטימאַציע
מיט מולטיפּלעקס פּקר אַמפּלאַפאַקיישאַן נאכגעגאנגען דורך נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג, אַ גאַנץ פון 310 נאָענט אָדער פּאַרטיייש-גאַנץ גענאָמעס פון 248 פּאַטיענץ זענען דזשענערייטאַד מיט בעערעך.80% פון גענאָמעס באדעקט דורך 10 לייענען (דיין טיפקייַט: 0.39 עם לייענט פּער מוסטער).
פיגורע 2. אָפטקייַט פון יעדער וועריאַנץ אין די סיטשואַן קאָהאָרט
א גאַנץ פון 104 סנפּס און 18 ינדעלס זענען יידענאַפייד פֿון סאַרס-קאָוו -2 גענאָמעס, אין וואָס 31 סנפּס און 4 ינדעלס זענען יידענאַפייד ווי ריקעראַנט גענעטיק וועריאַנץ.דורך קאַמפּערינג זיי מיט 169 סאַמפּאַלז פון וווהאַן און מיט 81,391 הויך-קוואַליטעט עפנטלעך גענאָמע סיקוואַנסיז אין GISAID, 29 פון די 35 וועריאַנץ געפֿונען אין אנדערע קאָנטינענץ.נאָוטאַבלי, פיר וועריאַנץ אַרייַנגערעכנט ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 און T13243C, זענען בלויז געפֿונען אין סיטשואַן און וווהאַן און ניטאָ אין GISAID דאַטן, וואָס ינדיקייץ אַז די וועריאַנץ זענען זייער מסתּמא צו זיין ימפּראָטאַד פֿון וווהאַן, וואָס טרעפן די אַרומפאָרן רעקאָרדס פון פּאַטיענץ.
עוואָלוטיאָנאַרי אַנאַליסיס מיט מאַקסימום ליקעליהאָאָד (מל) אופֿן און בייעסיאַן מאָלעקולאַר זייגער אַפּראָוטשיז איז פּראַסעסט אויף 88 נייַ ווירוסעס פֿון סיטשואַן און 250 קוראַטעד גענאָמעס פון אנדערע מקומות.גענאָמען מיט ∆500-532 (דעלעטיאָנס אין די Nsp1 קאָדירונג געגנט) זענען געפֿונען ספּאַרסלי צעשיקט אין די פילאָגענעטיק בוים.האַפּלאָטיפּע אַנאַליסיס אויף Nsp1 וועריאַנץ יידענאַפייד 5 פון זיי פֿון קייפל שטעט.די רעזולטאַטן סאַגדזשעסטיד אַז די ∆500-532 פארגעקומען אין קייפל שטעט און קען זיין ימפּאָרטיד עטלעכע מאָל פֿון וווהאַן.
פיגורע 2. ריקעראַנט גענעטיק וועריאַנץ און פילאָגענעטיק אַנאַליסיס אין די סאַרס-קאָוו -2 גענאָמעס
3. אַססאָסיאַטיאָן פון ריקעראַנט גענעטיק וועריאַנץ מיט קליניש ימפּלאַקיישאַנז
117 קליניש פענאָטיפּעס זענען פארבונדן מיט COVID-19 שטרענגקייַט, ווו 19 שטרענגקייַט-פֿאַרבונדענע פענאָטיפּעס זענען קלאַסאַפייד אין שטרענג און ניט-שטרענג טרייץ.באַציונג צווישן די טרייץ און 35 ריקעראַנט גענעטיק וועריאַנץ זענען ווייאַלייזד אין ביי-קנויל העאַטמאַפּ.א GSEA-ווי ראַנגקט ענריטשמענט אַנאַליסיס געוויזן אַז ∆500-532 איז נעגאַטיוולי קאָראַלייטאַד מיט ESR, סערום IFN-β און CD3+CD8+ ט צעל קאַונץ אין די בלוט.דערצו, QPCR טעסץ געוויזן אַז פּאַטיענץ ינפעקטאַד מיט ווירוס כאַרבערינג ∆500-532 האָבן די העכסטן Ct ווערט, דאָס הייסט די לאָואַסט וויראַל מאַסע.
פיגורע 3. אַססאָסיאַטיאָנס פון 35 ריקעראַנט גענעטיק וועריאַנץ מיט קליניש פענאָטיפּעס
4. וואַלאַדיישאַן אויף וויראַל מיוטיישאַן פֿאַרבונדן קליניש פענאָטיפּעס
אין סדר צו פֿאַרשטיין די אַפעקץ פון ∆500-532 אויף Nsp1 פאַנגקשאַנז, HEK239T סעלז זענען טראַנספעקטעד מיט פּלאַסמיידז וואָס יקספּרעסינג פול-לענג, WT Nsp1 און מוטאַנט פארמען מיט דילישאַנז.טראַנסקריפּטאָמע פּראָופיילז פון יעדער באהאנדלט HEK239T סעלז זענען פּראַסעסט פֿאַר פּקאַ אַנאַליסיס, ווייַזונג אַז דילישאַן מיוטאַנץ קלאַסטערד לעפיערעך נעענטער און זענען באטייטיק אַנדערש פון WT Nsp1.די גענעס וואָס זענען באטייטיק אַפּרעגיאַלייטיד אין די מיוטאַנץ זענען דער הויפּט ענריטשט אין "פּעפּטייד ביאָסינטהעטיק / מעטאַבאַליק פּראָצעס", "ריבאָנאָקלעאָפּראָטעין קאָמפּלעקס ביאָגענעסיס", "פּראָטעין טאַרגאַטינג צו מעמבראַנע / ער", אאז"ו ו. דערצו, צוויי דילישאַנז געוויזן אַ באַזונדער יקספּסשאַן מוסטער פון WT.
פיגורע 4. טראַנסקריפּטאָמע אַנאַליסיס אויף HEK239T סעלז טראַנספעקטעד דורך WT Nsp1 און אַז מיט דילישאַנז
די אַפעקץ פון דילישאַנז אויף IFN-1 ענטפער איז אויך טעסטעד אין אָוווערעקספּרעססעד לערנען.אַלע טעסטעד דילישאַנז זענען געוויזן צו רעדוצירן IFN-1 רעספּאָנסע אין טראַנספעקטעד HEK239T און A549 סעלז ביי ביידע טראַנסקריפּטאָמע מדרגה און פּראָטעין מדרגה.ינטערעסטינגלי, די באטייטיק אַראָפּ-רעגיאַלייטאַד גענעס אין דילישאַנז זענען ענריטשט אין "פאַרטיידיקונג ענטפער צו ווירוס", "וויראַל גענאָמע רעפּלאַקיישאַן", "רעגולירן פון טראַנסקריפּציע דורך רנאַ פּאָלימעראַסע וו" און "ענטפער צו טיפּ איך ינטערפעראָן".
פיגורע 5. אַראָפּ רעגולירן פון ינטערפעראָן סיגנאַלינג פּאַטווייז אין ∆500-532 מוטאַנט
אין דעם לערנען, די פּראַל פון די דילישאַנז אויף ווירוסעס זענען נאָך באשטעטיקט דורך וויראַל ינפעקציע שטודיום.ווירוסעס מיט זיכער מיוטאַנץ זענען אפגעזונדערט פון קליניש סאַמפּאַלז און ינפעקטאַד צו קאַלו-3 סעלז.דיטיילד רעזולטאַטן אויף וויראַל ינפעקציע לערנען קענען זיין לייענען אין דעם פּאַפּיר.
דוי:10.1016/דזש.טשאָם.2021.01.015
רעפערענץ
Lin J, Tang C, Wei H, et al.גענאָמיק מאָניטאָרינג פון סאַרס-קאָוו -2 אַנטדעקן אַן Nsp1 דילישאַן וואַריאַנט וואָס מאַדזשאַלייץ טיפּ איך ינטערפעראָן ענטפער [J].צעל באַלעבאָס און מיקראָבע, 2021.
נייַעס און כיילייץ יימז צו טיילן די לעצטע געראָטן קאַסעס מיט Biomarker Technologies, קאַפּטשערינג ראָמאַן וויסנשאפטלעכע דערגרייכונגען ווי געזונט ווי באַוווסט טעקניקס געווענדט בעשאַס די לערנען.
פּאָסטן צייט: Jan-06-2022