מיקראָביאַל יקאַלאַדזשי
לאַנדווירטשאַפטלעך ינטענסאַפאַקיישאַן ראַדוסאַז די קאַמפּלעקסיטי פון די מיקראָביאַל נעץ און די שעפע פון קייסטאָנע טאַקסיז אין רוץ
פול-לענג אַמפּליקאָן סיקוואַנסינג (ITS) |PacBio HIFI
כיילייץ
Aלאַנדווירטשאַפטלעך ינטענסאַפאַקיישאַן איז ינקריסינגלי פּראָבלעמאַטיק רעכט צו זייַן אַדווערס ינווייראַנמענאַל יפעקץ אַרייַנגערעכנט נעבעך נוטריאַנט-נוצן עפעקטיווקייַט, גאָונדוואָטער יוטראָפייישאַן, דערנידעריקונג פון באָדן קוואַליטעט, עטק.מיקראָביאַל קהל פיעסעס אַ ינדיספּענסאַבאַל ראָלע אין די פּראָודאַקטיוויטי און סאַסטיינאַביליטי פון אַגראָוקאָסיסטאַם.אָבער, עס איז גאַנץ ומקלאָר אַז ווי פאַרשידענע פאַרמינג סיסטעמען ווירקן וואָרצל מיקראָביאָטאַ.
עקספּערימענטאַל פּלאַן
יקספּעראַמאַנץ
Sסאַמפּאַלז פון ייל און וואָרצל (דנאַ) זענען פֿון ווייץ פעלדער פֿון 60 לאַנדווירטשאַפטלעך פאַרמלאַנד (20 יעדער)
Gראָופּינג: 1. קאַנווענשאַן (מיט טילאַדזש);2. קאַנווענשאַן (ניט-טילאַגע);3. אָרגאַניק פאַרמלאַנד
Sיקוואַנסינג סטראַטעגיע: פול-לענג אַמפּליקאָן סיקוואַנסינג (ITS)
Pרימערז: ITS1F-ITS4 (טאַרגעטינג די גאנצע ITS געגנט ~ 630 בפּ)
Sיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמע: PacBio RS II
ביאָינפאָרמאַטיק אַנאַליסיס
רעזולטאַטן
Oאַ דורכשניטלעך פון 357 OTUs זענען יידענאַפייד פּער פּלאַץ און אַ גאַנץ פון 837 OTUs פון אַלע 60 זייטלעך.אַלף דייווערסיטי פון וואָרצל פונגאַל קהילות איז נישט געוויזן אַ באַטייַטיק חילוק צווישן דריי פאַרמינג סיסטעם.אָבער, דריי פאַרשידענע קלאַסטערז זענען געשאפן אין ביתא דייווערסיטי אַנאַליסיס, וואָס ינדיקייץ אַ שטאַרק ווירקונג פון פאַרמינג סיסטעם אויף וואָרצל פונגאַל קהל סטרוקטור.
פיגורע 1. אַלף דייווערסיטי (שאַננאָן אינדעקס און קהל זאַץ) און ביתא דייווערסיטי אַנאַליסיס (קאַנאַנאַקאַל אַנאַליסיס פון הויפּט קאָואָרדאַנאַץ) אויף וואָרצל פונגאַל קהילות
Ten keystone taxa זענען דיפיינד באזירט אויף די קוילעלדיק נעץ פון פונגאַל קהילות איבער דריי פאַרמינג סיסטעם: די שפּיץ 10 נאָודז מיט העכסטן גראַד, העכסטן קלאָוסניס סענטראַליטי און לאָואַסט צווישן-סענטראַלאַטי זענען אויסגעקליבן.זיבן פון זיי געהערט צו מיקאָרריזאַל אָרדערס.
פיגורע 2. קוילעלדיק נעץ אויף וואָרצל פונגאַל קהילות פון דרייַ פאַרמינג סיסטעמען
Fאַרמינג-סיסטעם ספּעציפיש נעטוואָרקס האָבן געוויזן אַ היפּש העכער קאַנעקטיוויטי אין אָרגאַניק נעץ מיט צוויי מאָל מער עדזשאַז און מער קאָננעקטעד נאָודז ווי ניט-בייל און קאַנווענשאַנאַל נעץ.דערצו, די אָרגאַניק פאַרמינג נעץ כאַרבערד פיל מער קיסטאָנע טאַקסי (דימענט) קאַמפּערד מיט די מנוחה, וואָס שטיצט זייַן קאַמפּלעקסיטי און קאַנעקטיוויטי.
פיגורע 3. פאַרמינג סיסטעם-ספּעציפיש וואָרצל פונגאַל נעטוואָרקס
Aשטאַרק נעגאַטיוו פאַרבאַנד צווישן לאַנדווירטשאַפטלעך ינטענסיטי און וואָרצל פונגאַל נעץ קאַנעקטיוויטי איז באמערקט.טראַפ-וואַלד אַנאַליסיס אנטפלעקט די הויפּט דריווערס פון קייסטאָנע טאַקסיז: באָדן פאַספעראַס, פאַרנעם געדיכטקייַט, ף און מיקאָררהיזאַל קאָלאָניזאַטיאָן.
פיגורע 4. אַגריקולטורע ינטענסיטי און נעץ קאַנעקטיוויטי אַריבער דרייַ פאַרמינג סיסטעמען (א און ב);טראַפ - וואַלד אַנאַליסיס (C) און שייכות צווישן לאַנדווירטשאַפטלעך ינטענסיטי און אַמף קאָלאָניזאַטיאָן (ד)
טעכנאָלאָגיע
פול-לענג אַמפּליקאָן סיקוואַנסינג
Aס "דריט דור סיקוואַנסינג" קומען אַנטו דער בינע, די לימיטיישאַנז אין טאַרגעטעד מקומות און קאָפּדרייעניש אין דע נייַ פֿאַרזאַמלונג האָבן שוין באַקומען.Pacific Bioscience (PacBio) האט הצלחה עקסטענדעד די לייענען פון סיקוואַנסיז צו טענס פון קילאָבאַסעס, וואָס לאָזן אונדז צו באַקומען פול-לענג רידינגז פון 16s rRNA (1,000 bp-1,500 bp) אין באַקטיריאַ אָדער 18S rRNA (1,500 bp-2,000 bp) און ITS מקומות (400 בפּ-900 בפּ) אין עוקאַריאָטיקס.די ברייט מיינונג פון גענעטיק פעלד זייער ענכאַנסט די האַכלאָטע פון מינים אַנאַטיישאַן און פאַנגקשאַנאַל גענעס.די לאַנג זארגן אַרויסגעבן וועגן באַזע אַקיעראַסי איז סאַלווד דורך PacBio CCS זיך-קערעקשאַן, וואָס דזשענערייט HIFI לייענען מיט איבער 99% לייענען אַקיעראַסי.
פאָרשטעלונג אין OTU אַנאָטאַציע
Tמיט די אַדוואַנטידזשיז פון ביידע לאַנג לייענען און הויך-דורכקייט, די אַקיעראַסי פון אַנאַטיישאַן קענען זיין דראַמאַטיקלי געוואקסן און אַטשיווינג אַ "מינים-מדרגה" האַכלאָטע אין מייקראָוביאַל לעגיטימאַציע.
רעפערענץ
Banerjee, Samiran, עט על."לאַנדווירטשאַפטלעך ינטענסאַפאַקיישאַן ראַדוסאַז די קאַמפּלעקסיטי פון די מיקראָביאַל נעץ און די שעפע פון קייסטאָנע טאַקסיז אין רוץ."די ISME זשורנאַל (2019).
טעקנאַלאַדזשיז און כיילייץ יימז צו טיילן די לעצטע געראָטן אַפּלאַקיישאַן פון פאַרשידענע הויך-טראַפּוט סיקוואַנסינג טעקנאַלאַדזשיז אין פאַרשידן פאָרשונג ארענע און בריליאַנט יידיאַז אין יקספּערמענאַל פּלאַן און דאַטן מיינינג.
פּאָסטן צייט: Jan-08-2022