לאנג ניט-קאָודינג סיקוואַנסינג-יללומינה
סערוויס אַדוואַנטאַגעס
● סערוויס אַדוואַנטאַגעס
● סעליאַלער און געוועב ספּעציפיש
● ספּעציפיש בינע יקספּרעסאַז און גיט דינאַמיש אויסדרוק טוישן
● גענוי פּאַטערנז פון צייט און פּלאַץ אויסדרוק
● שלאָס אַנאַליסיס מיט מרנאַ דאַטן.
● BMKCloud-באזירט רעזולטאַט עקספּרעס: קאַסטאַמייזד דאַטן-מיינינג בנימצא אויף פּלאַטפאָרמע.
● נאָך-פאַרקויף באַדינונגס גילטיק פֿאַר 3 חדשים נאָך פּרויעקט קאַמפּלישאַן
מוסטער רעקווירעמענץ און עקספּרעס
| ביבליאָטעק | פּלאַטפאָרמע | רעקאַמענדיד דאַטן | Data QC |
| rRNA דיפּלישאַן | Illumina PE150 | 10 גיגאבייט | Q30≥85% |
| קאָנס. (נג/μל) | סומע (μg) | ריינקייַט | אָרנטלעכקייַט |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 אָד260/230=0.5-2.5 לימיטעד אָדער קיין פּראָטעין אָדער דנאַ קאַנטאַמאַניישאַן געוויזן אויף געל. | פֿאַר געוויקסן: RIN≥6.5; פֿאַר אַנימאַלס: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; לימיטעד אָדער קיין באַסעלינע הייך |
נוקלעאָטידע:
געוועב: וואָג (טרוקן): ≥1 ג
* פֿאַר געוועב קלענערער ווי 5 מג, מיר רעקאָמענדירן צו שיקן פלאַש פאַרפרוירן (אין פליסיק ניטראָגען) געוועב מוסטער.
צעל סאַספּענשאַן: צעל ציילן = 3 × 107
* מיר רעקאָמענדירן צו שיקן פאַרפרוירן צעל ליסאַטע.אין פאַל אַז צעל קאַונץ קלענערער ווי 5 × 105, בליץ פאַרפרוירן אין פליסיק ניטראָגען איז רעקאַמענדיד.
בלוט סאַמפּאַלז:
PA×geneBloodRNATube;
6 מלטריזאָל און 2 מל בלוט (טריזאָל: בלוט = 3:1)
רעקאַמענדיד מוסטער עקספּרעס
קאַנטיינער: 2 מל סענטריפודזש רער (צין שטער איז נישט רעקאַמענדיד)
מוסטער לייבלינג: גרופע + רעפּלאַקייט למשל A1, A2, A3;ב 1, ב 2, ב 3 ... ...
טראַנספּאָרט:
1.דריי-אייז: סאַמפּאַלז דאַרפֿן צו זיין פּאַקט אין באַגס און בעריד אין טרוקן-אייז.
2.RNAstable טובז: רנאַ סאַמפּאַלז קענען זיין דאַר אין רנאַ סטייבאַלאַזיישאַן רער (למשל רנאַסטאַבלע®) און שיפּט אין צימער טעמפּעראַטור.
סערוויס אַרבעט לויפן
עקספּערימענט פּלאַן
מוסטער עקספּרעס
רנאַ יקסטראַקשאַן
ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן
סיקוואַנסינג
דאַטאַ אַנאַליסיס
נאָך-פאַרקויף באַדינונגען
ביאָינפאָרמאַטיקס
1.לנקרנאַ קלאַסאַפאַקיישאַן
LncRNA פּרעדיקטעד דורך די פיר ווייכווארג אויבן זענען קלאַסאַפייד אין 4 קאַטעגאָריעס: לינקרנאַ, אַנטי-זענס-לנקרנאַ, ינטראָניק-לנקרנאַ;סענס-לנקרנאַ.LncRNA קלאַסאַפאַקיישאַן איז געוויזן אין די כיסטאַגראַם אונטן.
LncRNA קלאַסאַפאַקיישאַן
2.סיס-טאַרגעטעד גענעס פון דע-לנקרנאַ ענריטשמענט אַנאַליסיס
ClusterProfiler איז געווען אָנגעשטעלט אין GO ענריטשמענט אַנאַליסיס אויף סיס-טאַרגעטעד גענעס פון דיפערענטשאַלי אויסגעדריקט לנקרנאַ (DE-lncRNA), אין טערמינען פון בייאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז, מאָלעקולאַר פאַנגקשאַנז און סעליאַלער קאַמפּאָונאַנץ.GO ענריטשמענט אַנאַליסיס איז אַ פּראָצעס צו ידענטיפיצירן DEG-דירעקטעד באטייטיק ענריטשט GO טערמינען קאַמפּערד מיט גאַנץ גענאָמע.די ענריטשט טערמינען זענען דערלאנגט אין כיסטאַגראַם, בלאָז טשאַרט, אאז"ו ו ווי געוויזן אונטן.
סיס-טאַרגעטעד גענעס פון דע-לנקרנאַ ענריטשמענט אַנאַליסיס - בלאָז טשאַרט
3. דורך פאַרגלייַכן די לענג, עקסאָן נומער, ORF און אויסדרוק סומע פון מרנאַ און לנקרנאַ, מיר קענען פֿאַרשטיין די דיפעראַנסיז אין סטרוקטור, סיקוואַנס און אַזוי אויף צווישן זיי, און אויך באַשטעטיקן צי די ראָמאַן לנקרנאַ פּרעדיקטעד דורך אונדז קאַנפאָרמז צו די אַלגעמיינע קעראַקטעריסטיקס.
BMK קאַסע
דערעגיאַלייטיד לנקרנאַ אויסדרוק פּראָפיל אין די מויז לונג אַדענאָקאַרסינאָמאַס מיט KRAS-G12D מיוטיישאַן און P53 נאַקאַוט
ארויס:זשורנאַל פון סעליאַלער און מאָלעקולאַר מעדיסינע,2019
סיקוואַנסינג סטראַטעגיע
Illumina
מוסטער זאַמלונג
די NONMMUT015812-קלאַפּן קפּ (שרנאַ-2) סעלז און נעגאַטיוו קאָנטראָל (ש-סקר) סעלז זענען באקומען אויף טאָג 6 פון אַ ספּעציפיש וויראַל ינפעקציע.
שליסל רעזולטאַטן
דער לערנען ויספאָרשן די אַבערראַנטלי אויסגעדריקט לנקרנאַס אין די מויז לונג אַדענאָקאַרזינאָמאַ מיט P53 נאַקאַוט און די KrasG12D מיוטיישאַן.
1.6424 לנקרנאַס זענען דיפערענטשאַלי אויסגעדריקט (≥ 2-פאַרלייגן ענדערונג, פּ <0.05).
צווישן אַלע 210 lncRNAs (FC≥8), 11 lncRNAs 'אויסדרוק איז רעגיאַלייטאַד דורך פּ53, 33 lncRNAs דורך KRAS און 13 lncRNAs דורך כייפּאַקסיאַ אין די ערשטיק קפּ סעלז, ריספּעקטיוולי.
3.NONMMUT015812, וואָס איז געווען רימאַרקאַבלי אַרויף-רעגיאַלייטאַד אין די מויז לונג אַדענאָקאַרזינאָמאַ און נעגאַטיוולי רעגיאַלייטאַד דורך די P53 שייַעך-אויסדרוק, איז געווען דיטעקטאַד צו פונאַנדערקלייַבן זייַן סעליאַלער פונקציע.
4.קנאָקקדאָוון פון NONMMUT015812 דורך shRNAs דיקריסט פּראָוליפעריישאַן און מייגריישאַן אַבילאַטיז פון קפּ סעלז.NONMMUT015812 איז געווען אַ פּאָטענציעל אָנקאָגענע.
 KEGG פּאַטוויי אַנאַליסיס פון די דיפערענטשאַלי אויסגעדריקט גענעס אין די NONMMUT015812-knockdown KP סעלז |  גענע אָנטאָלאָגי אַנאַליסיס פון די דיפערענטשאַלי אויסגעדריקט גענעס אין די NONMMUT015812-נאַקדאַון קפּ סעלז |
רעפערענץ
דערעגיאַלייטיד לנקרנאַ אויסדרוק פּראָפיל אין די מויז לונג אַדענאָקאַרסינאָמאַס מיט KRAS-G12D מיוטיישאַן און P53 נאַקאַוט [J].זשורנאַל פון סעליאַלער און מאָלעקולאַר מעדיסינע, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/דזשקםמ.14584
