● האַכלאָטע: 100 μם
● אָרט דיאַמעטער: 55 μם
● נומער פון ספּאַץ: 4992
● כאַפּן שטח: 6.5 רענטגענ 6.5 מם
● יעדער באַרקאָדעד אָרט איז לאָודיד מיט אָנפאַנגער קאַמפּאָוזד פון 4 סעקשאַנז:
- פּאָלי (דט) עק פֿאַר מרנאַ פּרימינג און קדנאַ סינטעז
- יינציק מאָלעקולאַר לעגיטימאַציע (UMI) צו ריכטיק אַמפּלאַפאַקיישאַן פאָרורטייל
- ספּיישאַל באַרקאָדע
- ביינדינג סיקוואַנס פון פּאַרטיייש לייענען 1 סיקוואַנסינג אָנפאַנגער
● ה & E סטיינינג פון סעקשאַנז
●איין-האַלטן דינסט: ינטאַגרייץ אַלע דערפאַרונג און סקילז-באזירט סטעפּס, אַרייַנגערעכנט קריאָ-סעקשאַן, סטיינינג, געוועב אַפּטאַמאַזיישאַן, ספּיישאַל באַרקאָדינג, ביבליאָטעק צוגרייטונג, סיקוואַנסינג און ביאָינפאָרמאַטיקס.
● העכסט באָקע טעכניש מאַנשאַפֿט: מיט דערפאַרונג אין איבער 250 געוועב טייפּס און 100+ מינים אַרייַנגערעכנט מענטשן, מויז, מאַמאַל, פיש און געוויקסן.
●פאַקטיש-צייט דערהייַנטיקן אויף די גאנצע פּרויעקט: מיט פול קאָנטראָל פון יקספּערמענאַל פּראָגרעס.
●פולשטענדיק נאָרמאַל ביאָינפאָרמאַטיקס:פּעקל כולל 29 אַנאַליזעס און 100+ הויך-קוואַליטעט פיגיערז.
●קאַסטאַמייזד דאַטן אַנאַליסיס און וויזשוואַלאַזיישאַן: בנימצא פֿאַר פאַרשידענע פאָרשונג ריקוועס.
●אָפּטיאָנאַל שלאָס אַנאַליסיס מיט איין-צעל מרנאַ סיקוואַנסינג
מוסטער רעקווירעמענץ | ביבליאָטעק | סיקוואַנסינג סטראַטעגיע | דאַטן רעקאַמענדיד | קוואַליטעט קאָנטראָל |
אָקט-עמבעדיד קריאָ סאַמפּאַלז, FFPE סאַמפּאַלז (אָפּטימאַל דיאַמעטער: בעערעך 6x6x6 mm3) 3 בלאַקס פּער מוסטער | 10X Visium cDNA ביבליאָטעק | Illumina PE150 | 50K PE לייענט פּער אָרט (60 גיגאבייט) | RIN>7 |
פֿאַר מער דעטאַילס וועגן מוסטער צוגרייטונג גיידאַנס און סערוויס וואָרקפלאָוו, ביטע פילן פריי צו רעדן צו אַBMKGENE מומחה
אין דער מוסטער צוגרייטונג פאַסע, אַן ערשט פאַרנעם רנאַ יקסטראַקשאַן פּראָצעס איז דורכגעקאָכט צו ענשור אַ הויך-קוואַליטעט רנאַ קענען זיין באקומען.אין די געוועב אַפּטאַמאַזיישאַן בינע, די סעקשאַנז זענען סטיינד און וויזשוואַלייזד און די פּערמיאַבאַליזיישאַן טנאָים פֿאַר מרנאַ מעלדונג פון געוועב זענען אָפּטימיזעד.דער אָפּטימיזעד פּראָטאָקאָל איז דעמאָלט געווענדט בעשאַס ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן, נאכגעגאנגען דורך סיקוואַנסינג און דאַטן אַנאַליסיס.
די פולשטענדיק סערוויס וואָרקפלאָוו ינוואַלווז פאַקטיש-צייט דערהייַנטיקונגען און קאַנפערמיישאַנז פון קליענט צו האַלטן אַ אָפּרופיק באַמערקונגען שלייף, און ינשורינג גלאַט דורכפירונג פון די פּרויעקט.
כולל די פאלגענדע אַנאַליסיס:
דאַטאַ קוואַליטי קאָנטראָל:
אָ דאַטאַ רעזולטאַט און קוואַליטעט כעזשבן פאַרשפּרייטונג
אָ דזשין דיטעקשאַן פּער אָרט
אָ געוועב קאַווערידזש
ינער מוסטער אַנאַליסיס:
אָ גענע רייכקייט
אָ ספּאָט קלאַסטערינג, אַרייַנגערעכנט רידוסט ויסמעסטונג אַנאַליסיס
אָ דיפפערענטשאַל אויסדרוק אַנאַליסיס צווישן קלאַסטערז: לעגיטימאַציע פון מאַרקער גענעס
אָ פאַנגקשאַנאַל אַנאַטיישאַן און ענריטשמענט פון מאַרקער גענעס
ינטער-גרופּע אַנאַליסיס
אָ שייַעך-קאָמבינאַטיאָן פון ספּאַץ פון ביידע סאַמפּאַלז (למשל קראַנק און קאָנטראָל) און שייַעך-קנויל
אָ לעגיטימאַציע פון מאַרקער גענעס פֿאַר יעדער קנויל
אָ פאַנגקשאַנאַל אַנאַטיישאַן און ענריטשמענט פון מאַרקער גענעס
אָ דיפפערענטשאַל אויסדרוק פון דער זעלביקער קנויל צווישן גרופּעס
ינער-מוסטער אַנאַליסיס
אָרט קלאַסטערינג
לעגיטימאַציע פון מאַרקער גענעס און ספּיישאַל פאַרשפּרייטונג
ינטער-גרופּע אַנאַליסיס
דאַטע קאָמבינאַציע פון ביידע גרופּעס און שייַעך-קנויל
מאַרקער גענעס פון נייַע קלאַסטערז
ויספאָרשן די אַדוואַנטידזשיז פאַסילאַטייטיד דורך BMKGene ס ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמיקס דינסט דורך 10X Visium אין די פיטשערד אויסגאבעס:
טשען, ד עט על.(2023) 'מטהל1, אַ פּאָטענציעל דראָסאָפילאַ האָמאָלאָג פון מאַממאַליאַן אַדכיזשאַן GPCRs, איז ינוואַלווד אין אַנטיטומאָר ריאַקשאַנז צו ינדזשעקטיד אָנקאָגעניק סעלז אין פליעס', פּראָסעעדינגס פון די נאַשאַנאַל אַקאַדעמי פון ססיענסעס פון די פאַרייניקטע שטאַטן פון אַמעריקע, 120(30), ז.ע2303462120.דאָי: /10.1073/פּנאַס.2303462120
טשען, י. עט על.(2023) 'שטאָל ינייבאַלז הויך-האַכלאָטע דיליניישאַן פון ספּאַטיאָטעמפּאָראַל טראַנסקריפּטאָמיק דאַטן', בריפינגז אין ביאָינפאָרמאַטיקס, 24(2), פּפּ. 1-10.דאָי: 10.1093/BIB/BBAD068.
ליו, סי עט על.(2022) 'א ספּאַטיאָטעמפּאָראַל אַטלאַס פון אָרגאַנאָגענעסיס אין דער אַנטוויקלונג פון אָרכידייע בלומען', נוקלעיק אַסאַדז פאָרשונג, 50 (17), פּפּ. 9724-9737.דאָי: 10.1093/NAR/GKAC773.
וואַנג, י עט על.(2023) 'ינאַגרייטינג ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמיקס און סינגלע-קערן רנאַ סיקוואַנסינג ריווילז די פּאָטענציעל טעראַפּיוטיק סטראַטעגיעס פֿאַר יוטעראַן לעיאָמיאָמאַ', ינטערנאַטיאָנאַל דזשאָורנאַל פון ביאָלאָגיקאַל ססיענסעס, 19 (8), פּפּ. 2515-2530.דאָי: 10.7150/IJBS.83510.