-
Trình tự metagenomic -NGS
Metagenome đề cập đến một tập hợp tổng số vật liệu di truyền của một cộng đồng sinh vật hỗn hợp, chẳng hạn như metagenome môi trường, metagenome của con người, v.v. Nó chứa bộ gen của cả vi sinh vật có thể trồng trọt và không thể trồng trọt được.Giải trình tự metagenomic là một công cụ phân tử được sử dụng để phân tích các vật liệu gen hỗn hợp được chiết xuất từ các mẫu môi trường, cung cấp thông tin chi tiết về sự đa dạng và phong phú của loài, cấu trúc quần thể, mối quan hệ phát sinh gen, gen chức năng và mạng lưới tương quan với các yếu tố môi trường.
Nền tảng:Nền tảng Illumina NovaSeq
-
Trình tự Metagenomic-Nanopore
Metagenomics là một công cụ phân tử được sử dụng để phân tích các vật liệu gen hỗn hợp được chiết xuất từ các mẫu môi trường, cung cấp thông tin chi tiết về sự đa dạng và phong phú của loài, cấu trúc quần thể, mối quan hệ phát sinh gen, gen chức năng và mạng lưới tương quan với các yếu tố môi trường, v.v. Nền tảng giải trình tự Nanopore gần đây đã được giới thiệu đến các nghiên cứu về metagenomic.Hiệu suất vượt trội của nó về độ dài đọc đã tăng cường phần lớn khả năng phân tích metagenomic xuôi dòng, đặc biệt là lắp ráp metagenome.Tận dụng lợi thế của nghiên cứu metagenomic dựa trên độ dài đọc, dựa trên Nanopore có thể đạt được sự lắp ráp liên tục hơn so với metagenomics súng bắn.Người ta đã công bố rằng metagenomics dựa trên Nanopore đã tạo thành công bộ gen vi khuẩn hoàn chỉnh và khép kín từ hệ vi sinh vật (Moss, EL, et. al,Công nghệ sinh học tự nhiên, 2020)
Nền tảng:Nanopore PromethION P48
-
Trình tự khuếch đại 16S/18S/ITS-PacBio
Tiểu đơn vị trên rRNA 16S và 18S chứa cả vùng có tính bảo tồn cao và vùng siêu biến đổi là dấu vân tay phân tử hoàn hảo để nhận dạng sinh vật nhân sơ và sinh vật nhân chuẩn.Tận dụng khả năng giải trình tự, các bộ khuếch đại này có thể được nhắm mục tiêu dựa trên các phần được bảo tồn và các vùng siêu biến có thể được mô tả đầy đủ để nhận dạng vi sinh vật góp phần vào các nghiên cứu bao gồm phân tích đa dạng vi sinh vật, phân loại, phát sinh loài, v.v. ) trình tự của nền tảng PacBio cho phép thu được số lần đọc dài có độ chính xác cao, có thể bao gồm các bộ khuếch đại có độ dài đầy đủ (khoảng 1,5 Kb).Tầm nhìn mở rộng về lĩnh vực di truyền đã nâng cao đáng kể độ phân giải trong chú thích loài trong cộng đồng vi khuẩn hoặc nấm.
Nền tảng:Phần tiếp theo của PacBio II
-
Trình tự khuếch đại 16S/18S/ITS-NGS
Giải trình tự khuếch đại 16S/18S/ITS nhằm mục đích tiết lộ phát sinh chủng loại, phân loại và sự phong phú của loài trong cộng đồng vi sinh vật bằng cách nghiên cứu các sản phẩm PCR của các dấu hiệu di truyền nội bộ có chứa cả các phần có khả năng trao đổi cao và có thể thay đổi được.Sự ra đời của dấu vân tay phân tử hoàn hảo này của Woeses và cộng sự (1977) đã cho phép lập hồ sơ hệ vi sinh vật không bị cô lập.Trình tự 16S (vi khuẩn), 18S (nấm) và bộ đệm phiên mã nội bộ (ITS, nấm) cho phép xác định cả các loài phong phú cũng như các loài quý hiếm và chưa xác định được.Công nghệ này đã trở thành một công cụ chính và được ứng dụng rộng rãi trong việc xác định thành phần vi sinh vật khác nhau trong các môi trường khác nhau, chẳng hạn như miệng, ruột, phân của con người, v.v..
Nền tảng:Nền tảng Illumina NovaSeq
-
Tái lập trình tự toàn bộ bộ gen của vi khuẩn và nấm
Việc sắp xếp lại toàn bộ bộ gen của vi khuẩn và nấm là một công cụ quan trọng để hoàn thiện bộ gen của vi khuẩn và nấm đã biết, cũng như để so sánh nhiều bộ gen hoặc lập bản đồ bộ gen của các sinh vật mới.Điều quan trọng là phải giải trình tự toàn bộ bộ gen của vi khuẩn và nấm để tạo ra bộ gen tham chiếu chính xác, thực hiện nhận dạng vi khuẩn và các nghiên cứu bộ gen so sánh khác.
Nền tảng:Nền tảng Illumina NovaSeq
-
Trình tự siêu phiên mã
Giải trình tự metatranscriptome xác định sự biểu hiện gen của vi khuẩn (cả sinh vật nhân chuẩn và sinh vật nhân sơ) trong môi trường tự nhiên (tức là đất, nước, biển, phân và ruột.). Đặc biệt, dịch vụ này cho phép bạn thu được toàn bộ hồ sơ biểu hiện gen của các cộng đồng vi sinh vật phức tạp, phân tích phân loại của loài, phân tích làm giàu chức năng của các gen biểu hiện khác nhau, v.v.
Nền tảng: Nền tảng Illumina NovaSeq
-
Bộ gen nấm
Biomarker Technologies cung cấp khảo sát bộ gen, bộ gen tinh tế và bộ gen hoàn chỉnh của nấm tùy thuộc vào mục tiêu nghiên cứu cụ thể.Có thể đạt được trình tự bộ gen, tập hợp và chú thích chức năng bằng cách kết hợp trình tự thế hệ tiếp theo + trình tự thế hệ thứ ba để đạt được trình tự bộ gen cấp cao.Công nghệ Hi-C cũng có thể được sử dụng để tạo điều kiện cho việc tập hợp bộ gen ở cấp độ nhiễm sắc thể.
Nền tảng:Phần tiếp theo của PacBio II
Nanopore PromethION P48
Nền tảng Illumina NovaSeq
-
Bộ gen hoàn chỉnh của vi khuẩn
Biomarker Technologies cung cấp dịch vụ giải trình tự để xây dựng bộ gen hoàn chỉnh của vi khuẩn không có khoảng cách.Quy trình công việc chính của việc xây dựng bộ gen hoàn chỉnh của vi khuẩn bao gồm giải trình tự thế hệ thứ ba, lắp ráp, chú thích chức năng và phân tích tin sinh học nâng cao đáp ứng các mục tiêu nghiên cứu cụ thể.Một hồ sơ toàn diện hơn về bộ gen vi khuẩn cho phép tiết lộ các cơ chế cơ bản trong quá trình sinh học của chúng, điều này cũng có thể cung cấp tài liệu tham khảo có giá trị cho các nghiên cứu về bộ gen ở các loài sinh vật nhân chuẩn cao hơn
Nền tảng:Nền tảng Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq
Phần tiếp theo của PacBio II
