Trình tự bộ gen De Novo của thực vật/động vật
Ưu điểm dịch vụ
Phát triển các nền tảng giải trình tự và tin sinh học trongmới bắt đầutập hợp bộ gen
(Amarasinghe SL và cộng sự,Sinh học bộ gen, 2020)
● Xây dựng các bộ gen mới và cải thiện các bộ gen tham chiếu hiện có cho các loài quan tâm.
● Độ chính xác cao hơn, tính liên tục và độ hoàn thiện cao hơn trong quá trình lắp ráp
● Xây dựng nguồn tư liệu cơ bản cho nghiên cứu về đa hình trình tự, QTL, chỉnh sửa gen, nhân giống, v.v.
● Được trang bị đầy đủ các nền tảng giải trình tự thế hệ thứ ba: giải pháp lắp ráp bộ gen một cửa
● Các chiến lược sắp xếp và lắp ráp linh hoạt đáp ứng các bộ gen đa dạng với các tính năng khác nhau
● Đội ngũ nhà tin sinh học có tay nghề cao và kinh nghiệm dày dặn trong các tập hợp bộ gen phức tạp, bao gồm các thể đa bội, bộ gen khổng lồ, v.v.
● Hơn 100 trường hợp thành công với hệ số tác động tích lũy được công bố là hơn 900
● Thời gian hoàn thành nhanh nhất là 3 tháng để lắp ráp bộ gen ở cấp độ nhiễm sắc thể.
● Hỗ trợ kỹ thuật vững chắc với hàng loạt bằng sáng chế và bản quyền phần mềm ở cả lĩnh vực thực nghiệm và tin sinh học.
Thông số dịch vụ
|
Nội dung
|
Nền tảng
|
Đọc chiều dài
|
Phủ sóng
|
| Khảo sát bộ gen
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Trình tự bộ gen
| PacBio Revio
| Đọc HiFi 15 kb
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Luồng công việc
Yêu cầu mẫu và giao hàng
Yêu cầu mẫu:
| Giống loài | Mô | Dành cho PacBio | Dành cho Nanopore |
| Động vật | Các cơ quan nội tạng (gan, lá lách, v.v.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Cơ bắp | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Máu động vật có vú | ≥ 1,5mL | ≥ 5,0mL | |
| Máu của cá hoặc chim | ≥ 0,2mL | ≥ 0,5mL | |
| Thực vật | Lá tươi | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Cánh hoa hoặc thân cây | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Rễ hoặc hạt | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Tế bào | Nuôi cấy tế bào | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Đề xuất giao hàng mẫu
Bình chứa: Ống ly tâm 2 ml (Không nên dùng giấy thiếc)
Đối với hầu hết các mẫu, chúng tôi khuyên bạn không nên bảo quản trong ethanol.
Ghi nhãn mẫu: Mẫu cần phải được dán nhãn rõ ràng và giống với phiếu thông tin mẫu đã gửi.
Vận chuyển: Đá khô: Các mẫu trước tiên cần được đóng gói trong túi và chôn trong đá khô.
Quy trình công việc dịch vụ
Thiết kế thí nghiệm
Phân phối mẫu
trích xuất DNA
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
*Các kết quả demo hiển thị ở đây đều từ các bộ gen được xuất bản bằng Biomarker Technologies
1.Circos về sự tập hợp bộ gen ở cấp độ nhiễm sắc thể củaG. rotundifoliumbởi nền tảng giải trình tự Nanopore
Wang M và cộng sự,Sinh học phân tử và tiến hóa, 2021
2. Thống kê về tập hợp và chú thích bộ gen lúa mạch đen Weining
Li G và cộng sự,Di truyền học tự nhiên, 2021
3. Dự đoán gen củaSechium giáo dụcbộ gen, bắt nguồn từ ba phương pháp dự đoán:Mới bắt đầudự đoán, dự đoán dựa trên tương đồng và dự đoán dựa trên dữ liệu RNA-Seq
Fu A và cộng sự,Nghiên cứu làm vườn, 2021
4. Xác định các đoạn lặp đoạn cuối dài còn nguyên vẹn trong ba bộ gen của cây bông
Wang M và cộng sự,Sinh học phân tử và tiến hóa, 2021
5. Bản đồ nhiệt Hi-C củaC. acuminatabộ gen thể hiện sự tương tác toàn bộ bộ gen.Cường độ tương tác Hi-C tỷ lệ thuận với khoảng cách tuyến tính giữa các đường viền.Một đường thẳng rõ ràng trên bản đồ nhiệt này biểu thị sự neo giữ các đường viền trên nhiễm sắc thể có độ chính xác cao.(Tỷ lệ neo contig: 96,03%)
Kang M và cộng sự,Truyền thông thiên nhiên,2021
Vỏ BMK
Một tập hợp bộ gen chất lượng cao làm nổi bật các đặc điểm bộ gen của lúa mạch đen và các gen quan trọng về mặt nông học
Được phát hành: Di truyền học tự nhiên, 2021
Chiến lược tuần tự:
Tập hợp bộ gen: Chế độ PacBio CLR với thư viện 20 kb (497 Gb, khoảng 63×)
Hiệu chỉnh trình tự: NGS với thư viện DNA 270 bp (430 Gb, xấp xỉ 54×) trên nền tảng Illumina
Contigs neo: Thư viện Hi-C (560 Gb, xấp xỉ 71×) trên nền tảng Illumina
Bản đồ quang học: (779,55 Gb, xấp xỉ 99×) trên Bionano Irys
Kết quả chính
1. Một tập hợp bộ gen lúa mạch đen Weining đã được công bố với tổng kích thước bộ gen là 7,74 Gb (98,74% kích thước bộ gen ước tính bằng phương pháp tế bào học dòng chảy).Giàn giáo N50 của tổ hợp này đạt 1,04 Gb.93,67% số nhánh được neo thành công trên 7 nhiễm sắc thể giả.Tổ hợp này được đánh giá bằng bản đồ liên kết, LAI và BUSCO, đạt điểm cao trong tất cả các đánh giá.
2. Các nghiên cứu sâu hơn về bộ gen so sánh, bản đồ liên kết di truyền, nghiên cứu phiên mã được thực hiện trên cơ sở bộ gen này.Một loạt các đặc điểm liên quan đến đặc điểm bộ gen đã được tiết lộ bao gồm sự sao chép gen trên toàn bộ bộ gen và tác động của chúng đối với các gen sinh tổng hợp tinh bột;tổ chức vật lý của các locus prolamin phức tạp, các đặc điểm biểu hiện gen làm cơ sở cho đặc điểm đầu đàn và các vùng nhiễm sắc thể và locus liên quan đến thuần hóa giả định ở lúa mạch đen.
 Sơ đồ tuần hoàn về đặc điểm bộ gen của bộ gen lúa mạch đen Weining |  Phân tích tổng hợp tiến hóa và nhiễm sắc thể của bộ gen lúa mạch đen |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Tập hợp bộ gen chất lượng cao làm nổi bật các đặc điểm bộ gen của lúa mạch đen và các gen quan trọng về mặt nông học.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
