Trình tự mRNA không dựa trên tham chiếu-Illumina
Đặc trưng
● Độc lập với bất kỳ bộ gen tham chiếu nào,
● Dữ liệu có thể được sử dụng để phân tích cấu trúc và biểu hiện của bảng điểm
● Xác định các vị trí cắt có thể thay đổi
Ưu điểm dịch vụ
● Cung cấp kết quả dựa trên BMKCloud: Kết quả được phân phối dưới dạng tệp dữ liệu và báo cáo tương tác thông qua nền tảng BMKCloud, cho phép người dùng đọc các kết quả phân tích phức tạp một cách thân thiện và khai thác dữ liệu tùy chỉnh trên cơ sở phân tích tin sinh học tiêu chuẩn.
● Dịch vụ sau bán hàng: Dịch vụ sau bán hàng có hiệu lực trong 3 tháng sau khi hoàn thành dự án, bao gồm theo dõi dự án, xử lý sự cố, hỏi đáp về kết quả, v.v.
Yêu cầu mẫu và giao hàng
Yêu cầu mẫu:
Nucleotide:
| Kết quả (ng/μl) | Số lượng (μg) | độ tinh khiết | Chính trực |
| ≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Hạn chế hoặc không có ô nhiễm protein hoặc DNA hiển thị trên gel. | Đối với cây trồng: RIN ≥6,5; Đối với động vật: RIN ≥7,0; 5,0 ≥28S/18S ≥1,0; giới hạn hoặc không có độ cao cơ bản |
Khăn giấy: Trọng lượng (khô): ≥1 g
*Đối với mô nhỏ hơn 5 mg, chúng tôi khuyên bạn nên gửi mẫu mô đông lạnh nhanh (trong nitơ lỏng).
Huyền phù tế bào: Số lượng tế bào = 3×107
*Chúng tôi khuyên bạn nên vận chuyển dung dịch ly giải tế bào đông lạnh.Trong trường hợp số ô đó nhỏ hơn 5×105, nên đông lạnh nhanh trong nitơ lỏng.
Mẫu máu:
PA×genBloodRNATube;
6mLTRIzol và 2mL máu(TRizol:Máu=3:1)
Đề xuất giao hàng mẫu
Thùng đựng hàng:
Ống ly tâm 2 ml (Không nên dùng giấy thiếc)
Ghi nhãn mẫu: Nhóm+sao chép ví dụ A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Lô hàng:
1.Đá khô: Mẫu cần được đóng gói trong túi và chôn trong đá khô.
2.Ống ổn định RNA: Các mẫu RNA có thể được làm khô trong ống ổn định RNA (ví dụ RNAstable®) và vận chuyển ở nhiệt độ phòng.
Quy trình công việc dịch vụ
Thiết kế thí nghiệm
Phân phối mẫu
Chiết xuất RNA
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
Tin sinh học
1.mRNA(denovo) Nguyên tắc lắp ráp
Bởi Trinity, các lần đọc được chia thành các phần nhỏ hơn, được gọi là K-mer.Sau đó, các K-mer này được sử dụng làm hạt giống để mở rộng thành các nhánh và sau đó thành phần dựa trên các lớp chồng lên nhau.Cuối cùng, De Bruijn đã được áp dụng ở đây để nhận dạng bảng điểm trong các thành phần.
mRNA (De novo) Tổng quan về Trinity
2.mRNA (De novo) Phân bố mức độ biểu hiện gen
RNA-Seq có thể đạt được ước tính biểu hiện gen có độ nhạy cao.Thông thường, phạm vi có thể phát hiện được của biểu thức bản ghi FPKM nằm trong khoảng từ 10^-2 đến 10^6
mRNA (De novo) Phân bố mật độ FPKM trong mỗi mẫu
3.mRNA (De novo) Phân tích làm giàu GO của DEG
Cơ sở dữ liệu GO (Gene Onology) là một hệ thống chú thích sinh học có cấu trúc chứa từ vựng tiêu chuẩn về chức năng gen và sản phẩm gen.Nó chứa nhiều cấp độ, trong đó cấp độ càng thấp thì các chức năng càng cụ thể.
mRNA (De novo) GO phân loại DEG ở cấp độ thứ hai
Vỏ BMK
Phân tích phiên mã về quá trình chuyển hóa Sucrose trong quá trình sưng tấy và phát triển của củ hành (Allium cepa L.)
Được phát hành: biên giới trong khoa học thực vật,2016
Chiến lược tuần tự
Illumina HiSeq2500
Bộ sưu tập mẫu
Giống Utah Yellow Sweet Tây Ban Nha “Y1351” đã được sử dụng trong nghiên cứu này.Số lượng mẫu thu được là
Ngày thứ 15 sau khi sưng tấy (DAS) của củ (đường kính 2 cm và trọng lượng 3–4 g), DAS thứ 30 (đường kính 5 cm và trọng lượng 100–110 g), và ∼3 vào DAS thứ 40 (đường kính 7 cm và 260–300 gam).
Kết quả chính
1. trong sơ đồ Venn, tổng cộng 146 DEG đã được phát hiện trên cả ba cặp giai đoạn phát triển
2. “Vận chuyển và chuyển hóa carbohydrate” chỉ được đại diện bởi 585 người bản địa (tức là 7% COG được chú thích).
3.Unigenes được chú thích thành công vào cơ sở dữ liệu GO được phân thành ba loại chính cho ba giai đoạn phát triển bóng đèn khác nhau.Hầu hết được thể hiện trong danh mục chính của “quá trình sinh học” là “quá trình trao đổi chất”, tiếp theo là “quá trình tế bào”.Trong hạng mục chính của “chức năng phân tử”, hai hạng mục được đại diện nhiều nhất là “hoạt động liên kết” và “hoạt động xúc tác”.
 Biểu đồ phân loại cụm nhóm chỉnh hình (COG) |  Biểu đồ phân loại bản thể gen (GO) cho người bản địa có nguồn gốc từ củ trong ba giai đoạn phát triển |
 Biểu đồ Venn cho thấy các gen biểu hiện khác nhau trong hai giai đoạn phát triển của củ hành |
Thẩm quyền giải quyết
Zhang C, Zhang H, Zhan Z, và cộng sự.Phân tích phiên mã về quá trình chuyển hóa Sucrose trong quá trình sưng tấy và phát triển của củ hành (Allium cepa L.)[J].Những ranh giới trong khoa học thực vật, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
