Tin tức

Khuếch đại yếu tố có thể thay thế (TE) đã được công nhận là động lực làm trung gian cho việc mở rộng và tiến hóa kích thước bộ gen, nhưng hậu quả của việc hình thành kiến ​​​​trúc bộ gen 3D vẫn chưa được biết rõ ở thực vật.Ở đây, chúng tôi báo cáo các tập hợp bộ gen cấp tham chiếu cho ba loài bông có kích thước bộ gen gấp ba lần, cụ thể làGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), vàG. raimondii(D5), sử dụng Oxford Nanopore Technologies.Các phân tích bộ gen so sánh ghi lại các chi tiết về khuếch đại TE đặc trưng của dòng dõi góp phần tạo ra sự khác biệt lớn về kích thước bộ gen (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb) và chỉ ra hàm lượng gen và mối quan hệ tổng hợp tương đối được bảo tồn giữa các bộ gen.Chúng tôi thấy rằng khoảng 17% gen tổng hợp biểu hiện sự thay đổi trạng thái nhiễm sắc thể giữa các ngăn hoạt động (“A”) và không hoạt động (“B”) và sự khuếch đại TE có liên quan đến sự gia tăng tỷ lệ của ngăn A trong các vùng gen (~ 7.000 gen). ) ở K2 và A2 so với D5.Chỉ 42% ranh giới miền liên kết cấu trúc liên kết (TAD) được bảo tồn giữa ba bộ gen.Dữ liệu của chúng tôi cho thấy sự khuếch đại TE gần đây sau khi hình thành các ranh giới TAD dành riêng cho dòng dõi.Nghiên cứu này làm sáng tỏ vai trò của việc mở rộng bộ gen qua trung gian transposon trong quá trình tiến hóa cấu trúc nhiễm sắc thể bậc cao ở thực vật.