Kiểu gen thông lượng cao, đặc biệt là trên quần thể quy mô lớn, là một bước cơ bản trong nghiên cứu liên kết di truyền, cung cấp cơ sở di truyền cho việc khám phá gen chức năng, phân tích tiến hóa, v.v. Thay vì sắp xếp lại toàn bộ bộ gen, giảm trình tự bộ gen đại diện (RRGS) ) được giới thiệu để giảm thiểu chi phí giải trình tự trên mỗi mẫu, đồng thời duy trì hiệu quả hợp lý trong việc phát hiện dấu hiệu di truyền.Điều này thường đạt được bằng cách trích xuất đoạn hạn chế trong phạm vi kích thước nhất định, được đặt tên là thư viện biểu diễn rút gọn (RRL).Giải trình tự đoạn khuếch đại locus cụ thể (SLAF-Seq) là một chiến lược tự phát triển để khám phá SNP de novo và xác định kiểu gen SNP của các quần thể lớn.
Quy trình làm việc kỹ thuật
SLAF so với các phương pháp RRL hiện tại
Ưu điểm của SLAF
Hiệu quả phát hiện dấu hiệu di truyền cao hơn– Kết hợp với công nghệ giải trình tự thông lượng cao, SLAF-Seq có thể đạt được hàng trăm nghìn thẻ được phát hiện trong toàn bộ bộ gen để đáp ứng yêu cầu của các dự án nghiên cứu đa dạng, có hoặc không có bộ gen tham chiếu.
Thiết kế thử nghiệm tùy chỉnh và linh hoạt– Đối với các mục tiêu nghiên cứu hoặc loài khác nhau, có sẵn các chiến lược tiêu hóa enzyme khác nhau bao gồm tiêu hóa enzyme đơn, enzyme kép và đa enzyme.Chiến lược tiêu hóa sẽ được đánh giá trước trong silico để đảm bảo thiết kế enzyme tối ưu.
Hiệu quả cao trong tiêu hóa enzyme– Quá trình tiêu hóa bằng enzyme được thiết kế sẵn giúp cung cấp SLAF phân bổ đồng đều hơn trên nhiễm sắc thể.Hiệu quả thu thập mảnh vỡ có thể đạt trên 95%.
Tránh trình tự lặp đi lặp lại– Tỷ lệ trình tự lặp lại trong dữ liệu SLAF-Seq giảm xuống dưới 5%, đặc biệt ở những loài có hàm lượng yếu tố lặp lại cao như lúa mì, ngô, v.v.
Quy trình làm việc tin sinh học tự phát triển– BMK đã phát triển quy trình tin sinh học tích hợp áp dụng cho công nghệ SLAF-Seq để đảm bảo độ tin cậy và độ chính xác của kết quả đầu ra cuối cùng.
Ứng dụng SLAF
Bản đồ liên kết di truyền
Xây dựng bản đồ di truyền mật độ cao và xác định các đặc điểm locus kiểm soát kiểu hoa ở hoa cúc (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Tạp chí: Nghiên cứu Làm vườn Xuất bản: 2020.7
GWAS
Xác định gen ứng cử viên liên quan đến hàm lượng isofavone trong hạt đậu nành bằng cách sử dụng bản đồ liên kết và liên kết trên toàn bộ gen
Tạp chí: Tạp chí Thực vật Xuất bản: 2020.08
Di truyền học tiến hóa
Phân tích bộ gen quần thể và lắp ráp de novo tiết lộ nguồn gốc của lúa cỏ như một trò chơi tiến hóa
Tạp chí: Thực vật phân tử Xuất bản: 2019.5
Phân tích phân tách số lượng lớn (BSA)
GmST1, mã hóa sulfotransferase, có khả năng kháng các chủng virus khảm đậu nành G2 và G3
Tạp chí: Thực vật, Tế bào & Môi trường Xuất bản: 2021.04
Thẩm quyền giải quyết
Sun X, Liu D, Zhang X, và cộng sự.SLAF-Seq: một phương pháp hiệu quả để phát hiện và xác định kiểu gen de novo SNP quy mô lớn bằng cách sử dụng trình tự thông lượng cao[J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K, và cộng sự.Xây dựng bản đồ di truyền mật độ cao và xác định các đặc điểm locus kiểm soát kiểu hoa ở Hoa cúc (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, và cộng sự.Xác định gen ứng cử viên liên quan đến hàm lượng isoflavone trong hạt đậu nành bằng cách sử dụng bản đồ liên kết và liên kết trên toàn bộ gen.Nhà máy J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, và những người khác.Phân tích bộ gen quần thể và hội nghị De Novo tiết lộ nguồn gốc của lúa cỏ như một trò chơi tiến hóa.Nhà máy Mol.2019;12(5):632-647.Nhà máy Mol.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, và cộng sự.GmST1, mã hóa sulfotransferase, có khả năng kháng các chủng virus khảm đậu nành G2 và G3.Môi trường tế bào thực vật.2021;10.1111/pce.14066
Thời gian đăng: Jan-04-2022