Trình tự Metagenomic-Nanopore
Ưu điểm dịch vụ
● Lắp ráp chất lượng cao-Nâng cao độ chính xác của việc xác định loài và dự đoán gen chức năng
● Phân lập bộ gen vi khuẩn khép kín
● Ứng dụng mạnh mẽ và đáng tin cậy hơn trong nhiều lĩnh vực khác nhau, ví dụ như phát hiện vi sinh vật gây bệnh hoặc các gen liên quan đến kháng kháng sinh
● Phân tích so sánh metagenome
Thông số dịch vụ
| Nền tảng | Trình tự | Dữ liệu được đề xuất | Thời gian quay vòng |
| lỗ nano | ONT | 6G/10G | 65 ngày làm việc |
Phân tích tin sinh học
● Kiểm soát chất lượng dữ liệu thô
● Lắp ráp metagenome
● Bộ gen và chú thích không dư thừa
● Phân tích đa dạng loài
● Phân tích đa dạng chức năng di truyền
● Phân tích giữa các nhóm
● Phân tích mối liên hệ với các yếu tố thực nghiệm
Yêu cầu mẫu và giao hàng
Yêu cầu mẫu và giao hàng
Yêu cầu mẫu:
Vìchiết xuất DNA:
| Loại mẫu | Số lượng | Sự tập trung | độ tinh khiết |
| chiết xuất DNA | 1-1,5 g | > 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Đối với mẫu môi trường:
| Loại mẫu | Quy trình lấy mẫu được đề xuất |
| Đất | Lượng lấy mẫu: xấp xỉ.5 g;Chất héo còn sót lại cần được loại bỏ khỏi bề mặt;Nghiền các mảnh lớn và lọc qua bộ lọc 2 mm;Lấy mẫu trong ống EP hoặc ống cyrotube vô trùng để đặt trước. |
| Phân | Lượng lấy mẫu: xấp xỉ.5 g;Thu thập và chia mẫu vào ống EP hoặc ống lạnh vô trùng để bảo quản. |
| Nội dung đường ruột | Mẫu cần được xử lý trong điều kiện vô trùng.Rửa mô thu thập được bằng PBS;Ly tâm PBS và thu chất kết tủa vào ống EP. |
| Bùn | Lượng lấy mẫu: xấp xỉ.5g;Thu thập và chia mẫu bùn vào ống EP hoặc ống lạnh vô trùng để bảo quản |
| Vùng nước | Đối với mẫu có lượng vi sinh vật hạn chế, chẳng hạn như nước máy, nước giếng, v.v., Lấy ít nhất 1 L nước và lọc qua bộ lọc 0,22 μm để làm giàu vi sinh vật trên màng.Bảo quản màng trong ống vô trùng. |
| Da | Cẩn thận cạo bề mặt da bằng tăm bông vô trùng hoặc lưỡi dao phẫu thuật và đặt vào ống vô trùng. |
Đề xuất giao hàng mẫu
Làm đông lạnh mẫu trong nitơ lỏng trong 3-4 giờ và bảo quản trong nitơ lỏng hoặc -80 độ để bảo quản lâu dài.Cần vận chuyển mẫu bằng đá khô.
Quy trình công việc dịch vụ
Phân phối mẫu
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
1.Heatmap: Phân cụm độ phong phú của loài
2. Các gen chức năng được chú thích theo con đường trao đổi chất KEGG
3. Mạng lưới tương quan loài
4.Circos gen kháng kháng sinh CARD
Vỏ BMK
Nanopore metagenomics cho phép chẩn đoán lâm sàng nhanh chóng bệnh nhiễm trùng đường hô hấp dưới do vi khuẩn
Được phát hành:Công nghệ sinh học tự nhiên, 2019
Điểm nổi bật về mặt kỹ thuật
Trình tự: Nanopore MinION
Tin sinh học metagenomics lâm sàng: Sự suy giảm DNA của vật chủ, phân tích WIMP và ARMA
Phát hiện nhanh: 6 giờ
Độ nhạy cao: 96,6%
Kết quả chính
Năm 2006, nhiễm trùng đường hô hấp dưới (LR) đã khiến 3 triệu người tử vong trên toàn cầu.Phương pháp điển hình để phát hiện mầm bệnh LR1 là nuôi cấy, phương pháp này có độ nhạy kém, thời gian xử lý dài và thiếu hướng dẫn về liệu pháp kháng sinh sớm.Chẩn đoán vi khuẩn nhanh chóng và chính xác từ lâu đã là một nhu cầu cấp thiết.Tiến sĩ Justin từ Đại học East Anglia và các đối tác của ông đã phát triển thành công phương pháp metagenomic dựa trên Nanopore để phát hiện mầm bệnh.Theo quy trình làm việc của họ, 99,99% DNA chủ có thể bị cạn kiệt.Việc phát hiện mầm bệnh và gen kháng kháng sinh có thể được hoàn thành sau 6 giờ.
Thẩm quyền giải quyết
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Nanopore metagenomics cho phép chẩn đoán lâm sàng nhanh chóng bệnh nhiễm trùng đường hô hấp dưới do vi khuẩn.Công nghệ sinh học tự nhiên, 37(7), 1.
