-
Giải trình tự hệ thống (NGS)
Hệ thống gen đề cập đến một tập hợp tổng số vật chất di truyền của một cộng đồng hỗn hợp các sinh vật, chẳng hạn như hệ gen môi trường, hệ gen người, v.v. Nó chứa bộ gen của cả vi sinh vật có thể nuôi cấy và không thể nuôi cấy.Giải trình tự gen là một công cụ phân tử được sử dụng để phân tích các vật liệu gen hỗn hợp được chiết xuất từ các mẫu môi trường, cung cấp thông tin chi tiết về sự đa dạng và phong phú của loài, cấu trúc quần thể, mối quan hệ phát sinh loài, gen chức năng và mạng lưới tương quan với các yếu tố môi trường.
Nền tảng:Illumina NovaSeq6000
-
Metagenomic Sequencing-Nanopore
Metagenomics là một công cụ phân tử được sử dụng để phân tích các vật liệu gen hỗn hợp được chiết xuất từ các mẫu môi trường, cung cấp thông tin chi tiết về sự đa dạng và phong phú của loài, cấu trúc quần thể, mối quan hệ phát sinh loài, gen chức năng và mạng lưới tương quan với các yếu tố môi trường, v.v. Nền tảng giải trình tự nanopore gần đây đã được giới thiệu để nghiên cứu metagenomic.Hiệu suất vượt trội của nó về độ dài đọc đã tăng cường phần lớn phân tích đo lường dòng chảy xuống, đặc biệt là lắp ráp metagenome.Tận dụng lợi thế của độ dài đọc, nghiên cứu đo lường dựa trên lỗ hổng nano có thể đạt được khả năng lắp ráp liên tục hơn so với đo lường súng bắn.Nó đã được công bố rằng phương pháp đo lường dựa trên Nanopore đã tạo thành công bộ gen vi khuẩn hoàn chỉnh và khép kín từ các vi sinh vật (Moss, EL, et.Công nghệ sinh học thiên nhiên, 2020)
Nền tảng:Nanopore PromethION P48
-
16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Tiểu đơn vị trên rRNA 16S và 18S chứa cả vùng được bảo tồn cao và vùng siêu biến đổi là một dấu vân tay phân tử hoàn hảo để xác định sinh vật nhân sơ và sinh vật nhân chuẩn.Lợi dụng việc giải trình tự, các amplicon này có thể được nhắm mục tiêu dựa trên các phần được bảo tồn và các vùng siêu biến đổi có thể được đặc trưng đầy đủ để xác định vi sinh vật góp phần vào các nghiên cứu bao gồm phân tích đa dạng vi sinh vật, phân loại, phát sinh loài, v.v. Thời gian thực đơn phân tử (SMRT ) trình tự của nền tảng PacBio cho phép thu được các lần đọc dài có độ chính xác cao, có thể bao gồm amplicon có độ dài đầy đủ (khoảng 1,5 Kb).Việc mở rộng trường di truyền đã nâng cao đáng kể độ phân giải trong chú thích loài trong quần xã vi khuẩn hoặc nấm.
Nền tảng:PacBio Sequel II
-
16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-NGS
Việc xác định trình tự amplicon 16S / 18S / ITS nhằm mục đích tiết lộ sự phát sinh loài, phân loại học và sự phong phú của loài trong cộng đồng vi sinh vật bằng cách điều tra các sản phẩm PCR của các dấu hiệu di truyền quản lý có chứa cả các phần có khả năng chuyển đổi cao và siêu biến đổi.Sự ra đời của dấu vân tay phân tử hoàn hảo này của Woeses và cộng sự, (1977) đã tạo điều kiện cho việc lập hồ sơ hệ vi sinh vật không bị cô lập.Việc xác định trình tự 16S (vi khuẩn), 18S (nấm) và Bộ đệm phiên mã bên trong (ITS, nấm) cho phép xác định cả các loài phong phú cũng như các loài hiếm và chưa xác định.Công nghệ này đã trở thành một công cụ được áp dụng rộng rãi và chính trong việc xác định các thành phần vi sinh vật khác nhau trong các môi trường khác nhau, chẳng hạn như miệng, ruột, phân của con người, v.v.
Nền tảng:Illumina NovaSeq6000
-
Tái trình tự toàn bộ bộ gen của vi khuẩn và nấm
Tái trình tự toàn bộ bộ gen của vi khuẩn và nấm là một công cụ quan trọng để hoàn thiện bộ gen của vi khuẩn và nấm đã biết, cũng như để so sánh nhiều bộ gen hoặc lập bản đồ bộ gen của các sinh vật mới.Điều quan trọng là phải giải trình tự toàn bộ bộ gen của vi khuẩn và nấm để tạo ra bộ gen tham chiếu chính xác, để thực hiện việc xác định vi sinh vật và các nghiên cứu bộ gen so sánh khác.
Nền tảng: Illumina NovaSeq 6000
-
Bộ gen nấm
Biomarker Technologies cung cấp khảo sát bộ gen, bộ gen tốt và bộ gen hoàn chỉnh của nấm tùy thuộc vào mục tiêu nghiên cứu cụ thể.Có thể đạt được trình tự gen, lắp ráp và chú thích chức năng bằng cách kết hợp Giải trình tự thế hệ tiếp theo + Giải trình tự thế hệ thứ ba để đạt được lắp ráp bộ gen cấp cao.Công nghệ Hi-C cũng có thể được sử dụng để tạo điều kiện thuận lợi cho việc lắp ráp bộ gen ở cấp độ nhiễm sắc thể.
Nền tảng:PacBio Sequel II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Bộ gen hoàn chỉnh của vi khuẩn
Biomarker Technologies cung cấp dịch vụ giải trình tự để xây dựng bộ gen hoàn chỉnh của vi khuẩn với khoảng trống bằng không.Quy trình chính của vi khuẩn xây dựng bộ gen hoàn chỉnh bao gồm giải trình tự thế hệ thứ ba, lắp ráp, chú thích chức năng và phân tích định dạng sinh học tiên tiến đáp ứng các mục tiêu nghiên cứu cụ thể.Việc lập hồ sơ toàn diện hơn về bộ gen vi khuẩn cho phép tiết lộ các cơ chế cơ bản nằm trong các quá trình sinh học của chúng, điều này cũng có thể cung cấp tài liệu tham khảo có giá trị cho các nghiên cứu bộ gen ở các loài sinh vật nhân thực bậc cao
Nền tảng:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio Sequel II
