Trình tự metagenomic -NGS
Ưu điểm dịch vụ
● Cách ly và không cần nuôi cấy để lập hồ sơ cộng đồng vi sinh vật
● Độ phân giải cao trong việc phát hiện các loài có hàm lượng thấp trong các mẫu môi trường
● Ý tưởng “meta-” tích hợp tất cả các đặc điểm sinh học ở cấp độ chức năng, cấp độ loài và cấp độ gen, phản ánh một quan điểm năng động gần với thực tế hơn.
● BMK tích lũy kinh nghiệm sâu rộng về các loại mẫu đa dạng với hơn 10.000 mẫu được xử lý.
Thông số dịch vụ
| Nền tảng | Trình tự | Dữ liệu được đề xuất | Thời gian quay vòng |
| Nền tảng Illumina NovaSeq | PE150 | 6G/10G/20G | 45 ngày làm việc |
Phân tích tin sinh học
● Kiểm soát chất lượng dữ liệu thô
● Lắp ráp metagenome
● Bộ gen và chú thích không dư thừa
● Phân tích đa dạng loài
● Phân tích đa dạng chức năng di truyền
● Phân tích giữa các nhóm
● Phân tích mối liên hệ với các yếu tố thực nghiệm
Yêu cầu mẫu và giao hàng
Yêu cầu mẫu:
Vìchiết xuất DNA:
| Loại mẫu | Số lượng | Sự tập trung | độ tinh khiết |
| chiết xuất DNA | ＞ 30 ngày | > 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Đối với mẫu môi trường:
| Loại mẫu | Quy trình lấy mẫu được đề xuất |
| Đất | Lượng lấy mẫu: xấp xỉ.5 g;Chất héo còn sót lại cần được loại bỏ khỏi bề mặt;Nghiền các mảnh lớn và lọc qua bộ lọc 2 mm;Lấy mẫu trong ống EP hoặc ống cyrotube vô trùng để đặt trước. |
| Phân | Lượng lấy mẫu: xấp xỉ.5 g;Thu thập và chia mẫu vào ống EP hoặc ống lạnh vô trùng để bảo quản. |
| Nội dung đường ruột | Mẫu cần được xử lý trong điều kiện vô trùng.Rửa mô thu thập được bằng PBS;Ly tâm PBS và thu chất kết tủa vào ống EP. |
| Bùn | Lượng lấy mẫu: xấp xỉ.5 g;Thu thập và chia mẫu bùn vào ống EP hoặc ống lạnh vô trùng để bảo quản |
| Vùng nước | Đối với mẫu có lượng vi sinh vật hạn chế, chẳng hạn như nước máy, nước giếng, v.v., Lấy ít nhất 1 L nước và lọc qua bộ lọc 0,22 μm để làm giàu vi sinh vật trên màng.Bảo quản màng trong ống vô trùng. |
| Da | Cẩn thận cạo bề mặt da bằng tăm bông vô trùng hoặc lưỡi dao phẫu thuật và đặt vào ống vô trùng. |
Đề xuất giao hàng mẫu
Làm đông lạnh mẫu trong nitơ lỏng trong 3-4 giờ và bảo quản trong nitơ lỏng hoặc -80 độ để bảo quản lâu dài.Cần vận chuyển mẫu bằng đá khô.
Quy trình công việc dịch vụ
Phân phối mẫu
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
1.Biểu đồ: Phân bố loài
2. Các gen chức năng được chú thích theo con đường trao đổi chất KEGG
3.Bản đồ nhiệt: Các hàm khác biệt dựa trên độ phong phú của gen tương đối
4.Circos gen kháng kháng sinh CARD
Vỏ BMK
Tỷ lệ các gen kháng kháng sinh và vi khuẩn gây bệnh dọc theo chuỗi đất-rễ ngập mặn
Được phát hành:Tạp chí Vật liệu Nguy hiểm, 2021
Chiến lược tuần tự:
Vật liệu: Chiết xuất DNA của bốn mảnh mẫu liên quan đến rễ cây ngập mặn: đất không được trồng, vùng rễ, tầng biểu mô và tầng nội quyển
Nền tảng: Illumina HiSeq 2500
Mục tiêu: Metagenome
Vùng V3-V4 của gen 16S rRNA
Kết quả chính
Lập trình tự metagenomic và lập hồ sơ siêu mã hóa trên đất-rễ liên tục của cây rừng ngập mặn đã được xử lý để nghiên cứu sự phổ biến các gen kháng kháng sinh (ARG) từ đất vào cây trồng.Dữ liệu Metagenomic cho thấy 91,4% gen kháng kháng sinh thường được xác định ở cả 4 ô đất nêu trên, thể hiện tính chất liên tục.Trình tự khuếch đại 16S rRNA đã tạo ra 29.285 trình tự, đại diện cho 346 loài.Kết hợp với việc lập hồ sơ loài bằng trình tự khuếch đại, sự phổ biến này được phát hiện là độc lập với hệ vi sinh vật liên quan đến rễ, tuy nhiên, nó có thể được tạo điều kiện thuận lợi nhờ sự di động của các yếu tố di truyền.Nghiên cứu này xác định dòng ARG và mầm bệnh từ đất vào cây thông qua sự liên tục liên kết giữa đất và rễ.
Thẩm quyền giải quyết
Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Sự phổ biến của các gen kháng thuốc kháng sinh và mầm bệnh vi khuẩn dọc theo sự liên tục của rễ rừng ngập mặn đất.Tạp chí Vật liệu Nguy hiểm, 408, 124985.
