Trình tự mRNA có chiều dài đầy đủ-Nanopore
Ưu điểm dịch vụ
● Độ lệch trình tự thấp
● Tiết lộ các phân tử cDNA có chiều dài đầy đủ
● Cần ít dữ liệu hơn để bao gồm cùng số lượng bản ghi
● Xác định nhiều dạng đồng phân trên mỗi gen
● Định lượng biểu thức ở cấp độ isoform
Thông số dịch vụ
| Thư viện | Nền tảng | Năng suất dữ liệu được đề xuất (Gb) | Kiểm soát chất lượng |
| cDNA-PCR(Poly-A được làm giàu) | Nanopore PromethION P48 | 6 Gb/mẫu (Tùy theo loài) | Tỷ lệ chiều dài đầy đủ> 70% Điểm chất lượng trung bình: Q10
|
Phân tích tin sinh học
●Xử lý dữ liệu thô
● Nhận dạng bảng điểm
● Mối nối thay thế
● Định lượng biểu hiện ở cấp độ gen và cấp độ đồng phân
● Phân tích biểu thức vi phân
● Chú thích và làm phong phú chức năng (DEG và DET)
Yêu cầu mẫu và giao hàng
Yêu cầu mẫu:
Nucleotide:
| Kết quả (ng/μl) | Số lượng (μg) | độ tinh khiết | Chính trực |
| ≥ 100 | ≥ 0,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Hạn chế hoặc không có ô nhiễm protein hoặc DNA hiển thị trên gel. | Đối với cây trồng: RIN ≥7,0; Đối với động vật: RIN ≥7,5; 5,0 ≥28S/18S ≥1,0; giới hạn hoặc không có độ cao cơ bản |
Khăn giấy: Trọng lượng (khô): ≥1 g
*Đối với mô nhỏ hơn 5 mg, chúng tôi khuyên bạn nên gửi mẫu mô đông lạnh nhanh (trong nitơ lỏng).
Huyền phù tế bào: Số lượng tế bào = 3×106- 1×107
*Chúng tôi khuyên bạn nên vận chuyển dung dịch ly giải tế bào đông lạnh.Trong trường hợp số ô đó nhỏ hơn 5×105, nên đông lạnh nhanh trong nitơ lỏng, thích hợp hơn cho quá trình chiết vi mô.
Mẫu máu: Thể tích ≥1 ml
Đề xuất giao hàng mẫu
Bình chứa: Ống ly tâm 2 ml (Không nên dùng giấy thiếc)
Ghi nhãn mẫu: Nhóm+sao chép ví dụ A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Vận chuyển: 2 、 Đá khô: Các mẫu cần được đóng gói trong túi và chôn trong đá khô.
- Ống ổn định RNA: Các mẫu RNA có thể được làm khô trong ống ổn định RNA (ví dụ RNAstable®) và vận chuyển ở nhiệt độ phòng.
Quy trình công việc dịch vụ
Nucleotide:
Phân phối mẫu
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
Quy trình công việc dịch vụ
Mô:
Thiết kế thí nghiệm
Phân phối mẫu
Chiết xuất RNA
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
1.Phân tích biểu thức vi phân -Âm mưu núi lửa
Phân tích biểu hiện khác biệt có thể được xử lý ở cả cấp độ gen để xác định các gen biểu hiện khác nhau (DEG) và ở cấp độ đồng phân để xác định các gen khác nhau
bảng điểm được thể hiện (DET)
2.Sơ đồ nhiệt phân cụm theo cấp bậc
3. Nhận dạng và phân loại mối nối thay thế
Astalavista có thể dự đoán năm loại sự kiện nối thay thế.
4.Nhận dạng các sự kiện poly-adenylation (APA) thay thế và Motif ở tốc độ 50 bp ngược dòng poly-A
Vỏ BMK
Nhận dạng nối thay thế và định lượng mức isoform bằng trình tự phiên mã độ dài đầy đủ nanopore
Được phát hành:Truyền thông Thiên nhiên, 2020
Chiến lược tuần tự:
Phân nhóm: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(đột biến K700E);3. Tế bào B bình thường
Chiến lược giải trình tự: Giải trình tự thư viện MinION 2D, giải trình tự thư viện PromethION 1D;dữ liệu đọc ngắn từ cùng một mẫu
Nền tảng giải trình tự: Nanopore MinION;PromethION Nanopore;
Kết quả chính
1. Nhận dạng nối thay thế cấp độ isoform
Trình tự đọc dài cho phép xác định SF3B1 đột biếnK700E-thay đổi vị trí mối nối ở cấp độ isoform.35 3′SS thay thế và 10 5′SS thay thế được phát hiện có sự khác biệt đáng kể giữa SF3B1K700Evà SF3B1WT.33 trong số 35 thay đổi mới được phát hiện nhờ các chuỗi đọc dài.
2. Định lượng nối thay thế cấp độ isoform
Biểu hiện của các dạng đồng phân lưu giữ intron (IR) trong SF3B1K700Evà SF3B1WTđược định lượng dựa trên trình tự lỗ nano, cho thấy sự điều chỉnh giảm toàn cầu của các đồng phân IR trong SF3B1K700E.
Thẩm quyền giải quyết
Tang AD , Soulette CM , Baren MJV , và cộng sự.Đặc tính phiên mã đầy đủ của đột biến SF3B1 trong bệnh bạch cầu lymphocytic mãn tính cho thấy sự điều hòa giảm của các intron được giữ lại [J].Truyền thông thiên nhiên.
