Di truyền học tiến hóa
Ưu điểm dịch vụ
Takagi và cộng sự,Tạp chí thực vật, 2013
● Ước tính thời gian và tốc độ phân kỳ của loài dựa trên sự thay đổi ở cấp độ nucleotide và axit amin
● Tiết lộ mối quan hệ phát sinh loài đáng tin cậy hơn giữa các loài với ảnh hưởng tối thiểu của tiến hóa hội tụ và tiến hóa song song
● Xây dựng mối liên hệ giữa những thay đổi di truyền và kiểu hình để khám phá các gen liên quan đến tính trạng
● Đánh giá sự đa dạng di truyền, phản ánh tiềm năng tiến hóa của loài
● Thời gian quay vòng nhanh hơn
● Kinh nghiệm sâu rộng: BMK đã tích lũy kinh nghiệm dày dặn trong các dự án liên quan đến dân số và tiến hóa trong hơn 12 năm, bao gồm hàng trăm loài, v.v. và đóng góp trong hơn 80 dự án cấp cao được công bố trên tạp chí Nature Communications, Thực vật phân tử, Tạp chí Công nghệ sinh học thực vật, v.v.
Thông số dịch vụ
Nguyên vật liệu:
Thông thường, nên sử dụng ít nhất ba quần thể phụ (ví dụ: phân loài hoặc chủng).Mỗi quần thể phụ phải có ít nhất 10 cá thể (Thực vật ＞15, có thể giảm đối với các loài quý hiếm).
Chiến lược tuần tự:
* WGS có thể được sử dụng cho các loài có bộ gen tham chiếu chất lượng cao, trong khi SLAF-Seq có thể áp dụng cho các loài có hoặc không có bộ gen tham chiếu hoặc bộ gen tham chiếu có chất lượng kém.
| Áp dụng cho kích thước bộ gen | WGS | Thẻ SLAF (×10.000) |
| 500 Mb | 10×/cá nhân | WGS được khuyến khích hơn |
| 500 Mb - 1 Gb | 10 | |
| 1 Gb - 2 Gb | 20 | |
| ≥2 Gb | 30 |
Phân tích tin sinh học
● Phân tích tiến hóa
● Quét có chọn lọc
● Dòng gen
● Lịch sử nhân khẩu học
● Thời gian phân kỳ
Yêu cầu mẫu và giao hàng
Yêu cầu mẫu:
| Giống loài | Mô | WGS-NGS | SLAF |
| Động vật
| Mô nội tạng |
0,5 ~ 1g
|
0,5g
|
| Mô cơ | |||
| Máu động vật có vú | 1,5mL
| 1,5mL
| |
| Máu gia cầm/cá | |||
| Thực vật
| Lá tươi | 1 ~ 2g | 0,5 ~ 1g |
| Cánh hoa/thân | |||
| Rễ/Hạt | |||
| Tế bào | Tế bào nuôi cấy |
| gDNA | Sự tập trung | Số lượng (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1,6 | 1,6-2,5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0,1 | - |
Quy trình công việc dịch vụ
Thiết kế thí nghiệm
Phân phối mẫu
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
*Các kết quả demo hiển thị ở đây đều lấy từ bộ gen được xuất bản với BMKGENE
1. Phân tích tiến hóa bao gồm việc xây dựng cây phát sinh gen, cấu trúc quần thể và PCA dựa trên các biến thể di truyền.
Cây phát sinh gen thể hiện mối quan hệ phân loại và tiến hóa giữa các loài có tổ tiên chung.
PCA nhằm mục đích hình dung sự gần gũi giữa các nhóm dân cư.
Cấu trúc quần thể cho thấy sự hiện diện của một quần thể phụ khác biệt về mặt di truyền xét về tần số alen.
Chen, et.al.,PNAS, 2020
2. Quét chọn lọc
Quét có chọn lọc đề cập đến một quá trình trong đó một vị trí thuận lợi được chọn và tần số của các vị trí trung lập được liên kết được tăng lên và tần số của các vị trí không được liên kết bị giảm, dẫn đến giảm khu vực.
Việc phát hiện trên toàn bộ bộ gen trên các vùng quét chọn lọc được xử lý bằng cách tính toán chỉ số di truyền quần thể（π,Fst, Tajima's D) của tất cả SNP trong một cửa sổ trượt (100 Kb) ở bước nhất định (10 Kb).
Đa dạng nucleotide(π)
Tajima D
Chỉ số cố định (Fst)
Vũ, et.al.,thực vật phân tử, 2018
3. Dòng gen
Vũ, et.al.,thực vật phân tử, 2018
4.Lịch sử nhân khẩu học
Zhang, et.al.,Sinh thái tự nhiên & Tiến hóa, 2021
5. Thời gian phân kỳ
Zhang, et.al.,Sinh thái tự nhiên & Tiến hóa, 2021
Vỏ BMK
Bản đồ biến đổi gen cung cấp cái nhìn sâu sắc về cơ sở di truyền của việc chọn lọc Bắp cải Trung Quốc (Brassica rapa ssp. Pekinensis)
Được phát hành: thực vật phân tử, 2018
Chiến lược tuần tự:
Sắp xếp lại: độ sâu trình tự: 10 ×
Kết quả chính
Trong nghiên cứu này, 194 bắp cải Trung Quốc đã được xử lý để sắp xếp lại trình tự với độ sâu trung bình là 10×, mang lại 1.208.499 SNP và 416.070 InDels.Phân tích phát sinh loài trên 194 dòng này cho thấy những dòng này có thể được chia thành ba kiểu gen là mùa xuân, mùa hè và mùa thu.Ngoài ra, cơ cấu quần thể và phân tích PCA chỉ ra rằng bắp cải mùa xuân có nguồn gốc từ bắp cải mùa thu ở Sơn Đông, Trung Quốc.Sau đó, chúng được du nhập vào Hàn Quốc và Nhật Bản, lai với các dòng địa phương và một số giống ra mầm muộn được du nhập trở lại Trung Quốc và cuối cùng trở thành bắp cải vụ xuân Trung Quốc.
Quét toàn bộ bộ gen trên bắp cải Trung Quốc mùa xuân và bắp cải mùa thu khi chọn lọc cho thấy 23 locus gen đã trải qua quá trình chọn lọc mạnh mẽ, hai trong số đó được chồng chéo với vùng kiểm soát thời gian chốt dựa trên bản đồ QTL.Hai vùng này được phát hiện có chứa các gen quan trọng điều hòa sự ra hoa là BrVIN3.1 và BrFLC1.Hai gen này đã được xác nhận thêm là có liên quan đến thời gian bắt vít bằng nghiên cứu phiên mã và thí nghiệm chuyển gen.
 Phân tích cơ cấu dân số trên bắp cải Trung Quốc |  Thông tin di truyền về chọn lọc bắp cải Trung Quốc |
Tongbing, et al.“Bản đồ biến đổi gen cung cấp cái nhìn sâu sắc về cơ sở di truyền của việc chọn lọc bắp cải mùa xuân Trung Quốc (Brassica rapa ssp.pekinensis).thực vật phân tử,11(2018):1360-1376.
