Trình tự mRNA có độ dài đầy đủ -PacBio
Ưu điểm dịch vụ
● Đọc trực tiếp phân tử cDNA có chiều dài đầy đủ từ đầu 3' đến đầu 5'
● Độ phân giải mức dạng iso trong cấu trúc chuỗi
● Bản ghi có độ chính xác và toàn vẹn cao
● Tương thích cao với các loài vaiours
● Công suất giải trình tự lớn với 4 nền tảng giải trình tự PacBio Sequel II được trang bị
● Có nhiều kinh nghiệm với hơn 700 dự án giải trình tự RNA dựa trên Pacbio
● Cung cấp kết quả dựa trên BMKCloud: Khai thác dữ liệu tùy chỉnh có sẵn trên nền tảng.
● Dịch vụ sau bán hàng có giá trị trong 3 tháng sau khi hoàn thành dự án
Thông số dịch vụ
Nền tảng: PacBio Sequel II
Thư viện giải trình tự: Thư viện mRNA được làm giàu bằng poly A
Năng suất dữ liệu đề xuất: 20 Gb/mẫu (Tùy theo loài)
FLNC（%）： ≥75%
*FLNC: Bản chuyển đổi không phải chimeric có độ dài đầy đủ
Phân tích tin sinh học
● Xử lý dữ liệu thô
● Nhận dạng bảng điểm
● Cấu trúc trình tự
● Định lượng biểu thức
● Chú thích chức năng
Yêu cầu mẫu và giao hàng
Yêu cầu mẫu:
Nucleotide:
| Kết quả (ng/μl) | Số lượng (μg) | độ tinh khiết | Chính trực |
| ≥ 120 | ≥ 0,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Hạn chế hoặc không có ô nhiễm protein hoặc DNA hiển thị trên gel. | Đối với cây trồng: RIN ≥7,5; Đối với động vật: RIN ≥8,0; 5,0 ≥ 28S/18S ≥1,0; giới hạn hoặc không có độ cao cơ bản |
Khăn giấy: Trọng lượng (khô):≥1 g
*Đối với mô nhỏ hơn 5 mg, chúng tôi khuyên bạn nên gửi mẫu mô đông lạnh nhanh (trong nitơ lỏng).
Huyền phù tế bào:Số lượng tế bào = 3×106- 1×107
*Chúng tôi khuyên bạn nên vận chuyển dung dịch ly giải tế bào đông lạnh.Trong trường hợp số ô đó nhỏ hơn 5×105, nên đông lạnh nhanh trong nitơ lỏng, thích hợp hơn cho quá trình chiết vi mô.
Mẫu máu:Thể tích ≥1 mL
Vi sinh vật:Khối lượng ≥ 1 g
Đề xuất giao hàng mẫu
Thùng đựng hàng:
Ống ly tâm 2 ml (Không nên dùng giấy thiếc)
Ghi nhãn mẫu: Nhóm+sao chép ví dụ A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Lô hàng:
1. Đá khô: Mẫu cần được đóng gói trong túi và chôn trong đá khô.
2. Ống ổn định RNA: Các mẫu RNA có thể được làm khô trong ống ổn định RNA (ví dụ RNAstable®) và vận chuyển ở nhiệt độ phòng.
Quy trình công việc dịch vụ
Thiết kế thí nghiệm
Phân phối mẫu
Chiết xuất RNA
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
1. Phân bố chiều dài FLNC
Độ dài của lần đọc không phải chimeric có độ dài đầy đủ (FLNC) biểu thị độ dài của cDNA trong xây dựng thư viện.Phân bố độ dài FLNC là một chỉ số quan trọng trong việc đánh giá chất lượng xây dựng thư viện.
Phân phối độ dài đọc FLNC
2. Phân phối độ dài vùng ORF hoàn chỉnh
Chúng tôi sử dụng TransDecoding để dự đoán các vùng mã hóa protein và trình tự axit amin tương ứng để tạo ra các bộ unigene chứa thông tin phiên mã không dư thừa đầy đủ trong tất cả các mẫu.
Phân phối độ dài vùng ORF hoàn chỉnh
Phân tích làm giàu con đường 3.KEGG
Có thể xác định các bản phiên mã được biểu thị khác nhau (DET) bằng cách căn chỉnh dữ liệu giải trình tự RNA dựa trên NGS trên các bộ phiên mã có độ dài đầy đủ được tạo bởi dữ liệu giải trình tự PacBio.Các DET này có thể được xử lý thêm để phân tích chức năng khác nhau, ví dụ như phân tích làm giàu đường dẫn KEGG.
Làm giàu con đường DET KEGG -Dot cốt truyện
Vỏ BMK
Động lực phát triển của bảng điểm gốc Populus
Được phát hành: Tạp chí Công nghệ sinh học thực vật, 2019
Chiến lược tuần tự:
Bộ sưu tập mẫu:vùng thân: đỉnh, nút liên kết thứ nhất (IN1), nút chuyển tiếp thứ hai (IN2), nút chuyển tiếp thứ ba (IN3), nút chuyển tiếp (IN4) và nút chuyển tiếp (IN5) từ Nanlin895
Trình tự NGS:RNA của 15 cá thể được gộp lại thành một mẫu sinh học.Ba bản sao sinh học của từng điểm đã được xử lý cho chuỗi NGS
Trình tự TGS:Các vùng thân được chia thành ba vùng, tức là đỉnh, IN1-IN3 và IN4-IN5.Mỗi vùng được xử lý để giải trình tự PacBio với bốn loại thư viện: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb và 3-10 kb.
Kết quả chính
1. Tổng số 87150 bản phiên mã đầy đủ đã được xác định, trong đó, 2081 đồng phân mới và 62058 đồng phân ghép thay thế mới đã được xác định.
2.1187 lncRNA và 356 gen tổng hợp đã được xác định.
3. Từ tăng trưởng sơ cấp đến tăng trưởng thứ cấp, 15838 bản phiên mã được biểu hiện khác nhau từ 995 gen được biểu hiện khác nhau đã được xác định.Trong tất cả các DEG, 1216 là yếu tố phiên mã, hầu hết trong số đó chưa được báo cáo.
Phân tích làm giàu 4.GO cho thấy tầm quan trọng của quá trình phân chia tế bào và quá trình oxy hóa-khử trong quá trình tăng trưởng sơ cấp và thứ cấp.
Các sự kiện nối thay thế và các dạng đồng phân khác nhau
Phân tích WGCNA về các yếu tố phiên mã
Thẩm quyền giải quyết
Chao Q, Gao ZF, Zhang D, và cộng sự.Động lực phát triển của bảng điểm gốc Populus.Công nghệ sinh học thực vật J. 2019;17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958
