Trình tự khuếch đại 16S/18S/ITS-PacBio
Ưu điểm dịch vụ
● Đọc dài hiển thị chuỗi có độ dài đầy đủ 16S/18S/ITS
● Gọi cơ sở có độ chính xác cao với trình tự chế độ PacBio CCS
● Độ phân giải cấp loài trong chú thích OTU/ASV
● Luồng phân tích QIIME2 mới nhất với các phân tích đa dạng về cơ sở dữ liệu, chú thích, OTU/ASV.
● Áp dụng cho các nghiên cứu cộng đồng vi sinh vật đa dạng
● BMK có kinh nghiệm sâu rộng với hơn 100.000 mẫu/năm, bao gồm đất, nước, khí, bùn, phân, ruột, da, dịch lên men, côn trùng, thực vật, v.v.
● BMKCloud hỗ trợ giải thích dữ liệu bằng 45 công cụ phân tích được cá nhân hóa
Thông số dịch vụ
| Trình tựNền tảng | Thư viện | Dữ liệu được đề xuất | Thời gian quay vòng |
| Phần tiếp theo của PacBio II | Chuông SMRT | Thẻ 5K/10K/20K | 44 ngày làm việc |
Phân tích tin sinh học
● Kiểm soát chất lượng dữ liệu thô
● Phân cụm/Khử nhiễu OTU (ASV)
● Chú thích OTU
● Đa dạng alpha
● Tính đa dạng của phiên bản Beta
● Phân tích giữa các nhóm
● Phân tích mối liên hệ với các yếu tố thực nghiệm
● Dự đoán gen chức năng
Yêu cầu mẫu và giao hàng
Yêu cầu mẫu:
Vìchiết xuất DNA:
| Loại mẫu | Số lượng | Sự tập trung | độ tinh khiết |
| chiết xuất DNA | ＞ 1 g | > 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Đối với mẫu môi trường:
| Loại mẫu | Quy trình lấy mẫu được đề xuất |
| Đất | Lượng lấy mẫu: xấp xỉ.5g;Chất héo còn sót lại cần được loại bỏ khỏi bề mặt;Nghiền các mảnh lớn và lọc qua bộ lọc 2 mm;Lấy mẫu trong ống EP hoặc ống cyrotube vô trùng để đặt trước. |
| Phân | Lượng lấy mẫu: xấp xỉ.5g;Thu thập và chia mẫu vào ống EP hoặc ống lạnh vô trùng để bảo quản. |
| Nội dung đường ruột | Mẫu cần được xử lý trong điều kiện vô trùng.Rửa mô thu thập được bằng PBS;Ly tâm PBS và thu chất kết tủa vào ống EP. |
| Bùn | Lượng lấy mẫu: xấp xỉ.5g;Thu thập và chia mẫu bùn vào ống EP hoặc ống lạnh vô trùng để bảo quản |
| Vùng nước | Đối với mẫu có lượng vi sinh vật hạn chế, chẳng hạn như nước máy, nước giếng, v.v., Lấy ít nhất 1 L nước và lọc qua bộ lọc 0,22 μm để làm giàu vi sinh vật trên màng.Bảo quản màng trong ống vô trùng. |
| Da | Cẩn thận cạo bề mặt da bằng tăm bông vô trùng hoặc lưỡi dao phẫu thuật và đặt vào ống vô trùng. |
Đề xuất giao hàng mẫu
Làm đông lạnh mẫu trong nitơ lỏng trong 3-4 giờ và bảo quản trong nitơ lỏng hoặc -80 độ để bảo quản lâu dài.Cần vận chuyển mẫu bằng đá khô.
Quy trình công việc dịch vụ
Phân phối mẫu
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
1. Tỷ lệ chú thích của hồ sơ cộng đồng vi sinh vật dựa trên V3+V4(Illumina) so với hồ sơ dựa trên thời lượng đầy đủ (PacBio).
(Dữ liệu của 30 dự án được chọn ngẫu nhiên được sử dụng để thống kê)
2. Tốc độ chú thích của trình tự khuếch đại có độ dài đầy đủ ở cấp loài trong các loại mẫu khác nhau
3. Phân bố loài
4. Cây phát sinh loài
Vỏ BMK
Phơi nhiễm asen gây tổn thương hàng rào ruột và do đó kích hoạt trục gan-ruột dẫn đến viêm và hoại tử gan ở vịt
Được phát hành:Khoa học về môi trường tổng thể,2021
Chiến lược tuần tự:
Mẫu: Nhóm đối chứng so với nhóm tiếp xúc với ATO 8 mg/kg
Năng suất dữ liệu tuần tự: tổng cộng 102.583 chuỗi CCS thô
Kiểm soát: 54.518 ± 747 CCS hiệu dụng
Tiếp xúc với ATO: 45.050 ± 1675 CCS hiệu quả
Kết quả chính
Đa dạng Alpha:Việc tiếp xúc với ATO làm thay đổi đáng kể sự phong phú và đa dạng của vi khuẩn đường ruột ở vịt.
Phân tích di căn:
Ở cấp độ ngành: 2 ngành vi khuẩn chỉ được phát hiện ở nhóm đối chứng
Ở cấp chi: 6 chi được tìm thấy có sự khác biệt đáng kể về độ phong phú tương đối
Ở cấp độ loài: tổng cộng 36 loài đã được xác định, trong đó có 6 loài khác nhau đáng kể về độ phong phú tương đối
Thẩm quyền giải quyết
Thingholm, LB, và cộng sự.“Những người béo phì mắc và không mắc bệnh tiểu đường Loại 2 cho thấy khả năng và thành phần chức năng của vi khuẩn đường ruột khác nhau.”Tế bào chủ & Vi khuẩn26.2(2019).
