Trình tự khuếch đại 16S/18S/ITS-NGS
Ưu điểm dịch vụ
● Xác định nhanh chóng và không cần phân lập thành phần vi sinh vật trong các mẫu môi trường
● Độ phân giải cao đối với các thành phần có hàm lượng thấp trong các mẫu môi trường
● Luồng phân tích QIIME2 mới nhất với các phân tích đa dạng về cơ sở dữ liệu, chú thích, OTU/ASV.
● Thông lượng cao, độ chính xác cao hơn
● Áp dụng cho các nghiên cứu cộng đồng vi sinh vật đa dạng
● BMK có kinh nghiệm sâu rộng với hơn 100.000 mẫu/năm, bao gồm đất, nước, khí, bùn, phân, ruột, da, dịch lên men, côn trùng, thực vật, v.v.
● BMKCloud hỗ trợ giải thích dữ liệu bằng 45 công cụ phân tích được cá nhân hóa
Thông số dịch vụ
| Trình tựNền tảng | Thư viện | Sản lượng dữ liệu được đề xuất | Thời gian quay vòng ước tính |
| Nền tảng Illumina NovaSeq | PE250 | Thẻ 50K/100K/300K | 30 ngày |
Phân tích tin sinh học
● Kiểm soát chất lượng dữ liệu thô
● Phân cụm/Khử nhiễu OTU (ASV)
● Chú thích OTU
● Đa dạng alpha
● Tính đa dạng của phiên bản Beta
● Phân tích giữa các nhóm
● Phân tích mối liên hệ với các yếu tố thực nghiệm
● Dự đoán gen chức năng
Yêu cầu mẫu và giao hàng
Yêu cầu mẫu:
Vìchiết xuất DNA:
| Loại mẫu | Số lượng | Sự tập trung | độ tinh khiết |
| chiết xuất DNA | ＞ 30 ngày | > 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Đối với mẫu môi trường:
| Loại mẫu | Quy trình lấy mẫu được đề xuất |
| Đất | Lượng lấy mẫu: xấp xỉ.5g;Chất héo còn sót lại cần được loại bỏ khỏi bề mặt;Nghiền các mảnh lớn và lọc qua bộ lọc 2 mm;Lấy mẫu trong ống EP hoặc ống cyrotube vô trùng để đặt trước. |
| Phân | Lượng lấy mẫu: xấp xỉ.5 g;Thu thập và chia mẫu vào ống EP hoặc ống lạnh vô trùng để bảo quản. |
| Nội dung đường ruột | Mẫu cần được xử lý trong điều kiện vô trùng.Rửa mô thu thập được bằng PBS;Ly tâm PBS và thu chất kết tủa vào ống EP. |
| Bùn | Lượng lấy mẫu: xấp xỉ.5g;Thu thập và chia mẫu bùn vào ống EP hoặc ống lạnh vô trùng để bảo quản |
| Vùng nước | Đối với mẫu có lượng vi sinh vật hạn chế, chẳng hạn như nước máy, nước giếng, v.v., Lấy ít nhất 1 L nước và lọc qua bộ lọc 0,22 μm để làm giàu vi sinh vật trên màng.Bảo quản màng trong ống vô trùng. |
| Da | Cẩn thận cạo bề mặt da bằng tăm bông vô trùng hoặc lưỡi dao phẫu thuật và đặt vào ống vô trùng. |
Đề xuất giao hàng mẫu
Làm đông lạnh mẫu trong nitơ lỏng trong 3-4 giờ và bảo quản trong nitơ lỏng hoặc -80 độ để bảo quản lâu dài.Cần vận chuyển mẫu bằng đá khô.
Quy trình công việc dịch vụ
Phân phối mẫu
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
1. Phân bố loài
2.Bản đồ nhiệt: Phân cụm độ phong phú của loài
3. Đường cong phe phái hiếm
Phân tích 4.NMDS
5. Phân tích trái phép
Vỏ BMK
Những người béo phì có và không mắc bệnh tiểu đường Loại 2 cho thấy khả năng và thành phần chức năng của vi khuẩn đường ruột khác nhau
Được phát hành:Máy chủ tế bào & Vi khuẩn, 2019
Chiến lược tuần tự:
Lean không bị tiểu đường (n=633);Béo phì không đái tháo đường (n=494);Bệnh tiểu đường béo phì loại 2 (n=153);
Vùng mục tiêu: 16S rDNA V1-V2
Nền tảng: Illumina Miseq (giải trình tự khuếch đại dựa trên NGS)
Tập hợp con của các chiết xuất DNA đã được xử lý trình tự metagenomic trên Illumina Hiseq
Kết quả chính
Hồ sơ vi khuẩn của các bệnh chuyển hóa này đã được phân biệt thành công.
Bằng cách so sánh các đặc điểm vi sinh vật được tạo ra bởi trình tự 16S, người ta nhận thấy béo phì có liên quan đến những thay đổi trong thành phần vi sinh vật, các đặc điểm riêng lẻ, đặc biệt là giảm đáng kể ở Akkermansia, Faecalibacteria, Oscillibacter, Alistipes, v.v. Ngoài ra, T2D được tìm thấy có liên quan đến sự gia tăng Escherichia/shigella .
Thẩm quyền giải quyết
Thingholm, LB, và cộng sự.“Những người béo phì mắc và không mắc bệnh tiểu đường Loại 2 cho thấy khả năng và thành phần chức năng của vi khuẩn đường ruột khác nhau.”Tế bào chủ & Vi khuẩn26.2(2019).
