Bản phiên mã không gian Visium 10x Genomics
Đặc trưng
● Độ phân giải: 100 µM
● Đường kính điểm: 55 µM
● Số lượng chỗ: 4992
● Vùng chụp: 6,5 x 6,5 mm
● Mỗi điểm mã vạch được nạp các lớp sơn lót gồm 4 phần:
- đuôi poly(dT) dùng để mồi mRNA và tổng hợp cDNA
- Mã định danh phân tử duy nhất (UMI) để điều chỉnh độ lệch khuếch đại
- Mã vạch không gian
- Trình tự liên kết của đoạn mồi trình tự đọc một phần
● Nhuộm H&E các phần
Thuận lợi
●Dịch vụ một cửa: tích hợp tất cả các bước dựa trên kinh nghiệm và kỹ năng, bao gồm cắt lạnh, nhuộm màu, tối ưu hóa mô, mã vạch không gian, chuẩn bị thư viện, giải trình tự và tin sinh học.
● Đội ngũ kỹ thuật có tay nghề cao: với kinh nghiệm về hơn 250 loại mô và hơn 100 loài bao gồm người, chuột, động vật có vú, cá và thực vật.
●Cập nhật theo thời gian thực trên toàn bộ dự án: với toàn quyền kiểm soát tiến độ thử nghiệm.
●Tin sinh học chuẩn toàn diện:gói bao gồm 29 phân tích và hơn 100 số liệu chất lượng cao.
●Phân tích và hiển thị dữ liệu tùy chỉnh: có sẵn cho các yêu cầu nghiên cứu khác nhau.
●Phân tích khớp tùy chọn với trình tự mRNA đơn bào
Thông số kỹ thuật
| Yêu cầu mẫu | Thư viện | Chiến lược tuần tự | Dữ liệu được đề xuất | Kiểm soát chất lượng |
| Mẫu cryo nhúng OCT, mẫu FFPE (Đường kính tối ưu: khoảng 6x6x6 mm3) 3 khối mỗi mẫu | Thư viện cDNA 10X Visium | Chiếu sáng PE150 | 50K PE đọc mỗi vị trí ( 60Gb ) | RIN>7 |
Để biết thêm chi tiết về hướng dẫn chuẩn bị mẫu và quy trình dịch vụ, vui lòng nói chuyện vớichuyên gia BMKGENE
Quy trình làm việc của dịch vụ
Trong giai đoạn chuẩn bị mẫu, thử nghiệm tách chiết RNA số lượng lớn ban đầu được thực hiện để đảm bảo thu được RNA chất lượng cao.Trong giai đoạn tối ưu hóa mô, các phần được nhuộm màu và hiển thị, đồng thời tối ưu hóa các điều kiện thẩm thấu để giải phóng mRNA khỏi mô.Sau đó, giao thức được tối ưu hóa sẽ được áp dụng trong quá trình xây dựng thư viện, sau đó là trình tự và phân tích dữ liệu.
Quy trình dịch vụ hoàn chỉnh bao gồm cập nhật theo thời gian thực và xác nhận của khách hàng để duy trì vòng phản hồi phản hồi nhanh, đảm bảo thực hiện dự án suôn sẻ.
Bao gồm các phân tích sau:
Kiểm soát chất lượng dữ liệu:
o Dữ liệu đầu ra và phân phối điểm chất lượng
o Phát hiện gen trên mỗi điểm
o Bao phủ mô
Phân tích mẫu bên trong:
o Sự phong phú về gen
o Phân cụm điểm, bao gồm phân tích kích thước giảm
o Phân tích biểu hiện khác biệt giữa các cụm: xác định gen đánh dấu
o Chú thích chức năng và làm giàu gen đánh dấu
Phân tích giữa các nhóm
o Sự kết hợp lại các đốm từ cả hai mẫu (ví dụ: bệnh và đối chứng) và tái phân cụm
o Xác định gen đánh dấu cho từng cụm
o Chú thích chức năng và làm giàu gen đánh dấu
o Biểu thức khác biệt của cùng một cụm giữa các nhóm
Phân tích mẫu bên trong
Phân cụm điểm
Nhận dạng gen đánh dấu và phân bố không gian
Phân tích giữa các nhóm
Kết hợp dữ liệu từ cả hai nhóm và phân cụm lại
Gen đánh dấu của cụm mới
Khám phá những tiến bộ được hỗ trợ bởi dịch vụ phiên âm không gian của BMKGene bởi 10X Visium Trong các ấn phẩm nổi bật này:
Chen, D. và cộng sự.(2023) 'mthl1, một chất tương đồng Drosophila tiềm năng của GPCR bám dính ở động vật có vú, có liên quan đến phản ứng chống khối u đối với các tế bào gây ung thư được tiêm vào ruồi', Kỷ yếu của Viện Hàn lâm Khoa học Quốc gia Hoa Kỳ, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. và cộng sự.(2023) 'Thép cho phép phân định độ phân giải cao của dữ liệu phiên mã không gian theo thời gian', Tóm tắt về Tin sinh học, 24(2), trang 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Lưu, C. và cộng sự.(2022) 'Bản đồ không gian thời gian về sự hình thành cơ quan trong quá trình phát triển của hoa lan', Nghiên cứu Axit Nucleic, 50(17), trang 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. và cộng sự.(2023) 'Tích hợp công nghệ phiên mã không gian và giải trình tự RNA nhân đơn tiết lộ các chiến lược điều trị tiềm năng cho u cơ tử cung', Tạp chí quốc tế về khoa học sinh học, 19(8), trang 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
