Butun transkriptoma ketma-ketligi - Illumina
Xususiyatlari
● Toʻliq transkriptomani ketma-ketlashtirish uchun ikkilamchi kutubxona: rRNKning kamayishi, keyin PE150 kutubxonasini tayyorlash va oʻlcham tanlash, keyin esa SE50 kutubxonasini tayyorlash
● Alohida bioinformatika hisobotlarida mRNK, lncRNA, circRNA va miRNKning toʻliq bioinformatika tahlili
● Birlashtirilgan hisobotdagi barcha RNK ifodalarini birgalikda tahlil qilish, shu jumladan ceRNK tarmoqlari tahlili.
Xizmat afzalliklari
●Normativ tarmoqlarni chuqur tahlil qilish: ceRNA tarmog'ini tahlil qilish mRNK, lncRNA, circRNA va miRNK ning qo'shma ketma-ketligi va to'liq bioinformatik ish oqimi orqali amalga oshiriladi.
●Keng qamrovli izoh: biz Differentsial ifodalangan genlarni (DEG) funktsional izohlash uchun bir nechta ma'lumotlar bazalaridan foydalanamiz va transkriptom javobi asosida yotgan hujayra va molekulyar jarayonlar haqida tushuncha beradigan tegishli boyitish tahlilini o'tkazamiz.
●Keng ekspertiza: turli tadqiqot sohalarida 2000 dan ortiq transkriptom loyihalarini muvaffaqiyatli yakunlash tajribasiga ega bo'lgan jamoamiz har bir loyihaga boy tajriba olib keladi.
●Qattiq sifat nazorati: biz namuna va kutubxonani tayyorlashdan tortib, ketma-ketlik va bioinformatikagacha bo'lgan barcha bosqichlarda asosiy nazorat nuqtalarini amalga oshiramiz.Ushbu sinchkovlik bilan monitoring doimiy ravishda yuqori sifatli natijalarni taqdim etishni ta'minlaydi.
● Keng qamrovli izoh: biz Differentsial ifodalangan genlarni (DEG) funktsional izohlash uchun bir nechta ma'lumotlar bazalaridan foydalanamiz va transkriptom javobi asosida yotgan hujayra va molekulyar jarayonlar haqida tushuncha beradigan tegishli boyitish tahlilini o'tkazamiz.
●Sotishdan keyingi yordam: Bizning majburiyatimiz sotuvdan keyingi 3 oylik xizmat muddati bilan loyihani yakunlashdan tashqariga chiqadi.Shu vaqt ichida biz natijalar bilan bog'liq har qanday so'rovlarni hal qilish uchun loyihani kuzatish, muammolarni bartaraf etish bo'yicha yordam va savol-javob seanslarini taklif qilamiz.
Namuna talablari va yetkazib berish
| Kutubxona | Ketma-ketlik strategiyasi | Ma'lumotlar tavsiya etiladi | Sifat nazorati |
| rRNK tugadi | Illumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85% |
| Hajmi tanlangan | Illumina SE50 | 10-20 million o'qish |
Namuna talablari:
Nukleotidlar:
| Kons.(ng/ml) | Miqdori (mkg) | Tozalik | Butunlik |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Jelda ko'rsatilgan protein yoki DNK ifloslanishi cheklangan yoki yo'q. | O'simliklar: RIN≥6,5 Hayvon: RIN≥7,0 5,0≥28S/18S≥1,0; cheklangan yoki asosiy balandlikning yo'qligi |
Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish
Idish:
2 ml santrifüj naychasi (qalay folga tavsiya etilmaydi)
Namuna belgilari: Guruh+takrorlash, masalan, A1, A2, A3;B1, B2, B3 ......
Yuk tashish:
1.Quruq muz: namunalar qoplarga solib, quruq muzga ko'milishi kerak.
2.RNK barqaror naychalar: RNK namunalari RNK stabilizatsiya trubkasida (masalan, RNAstable®) quritilishi va xona haroratida yuborilishi mumkin.
Xizmat ish oqimi
Tajriba dizayni
Namuna yetkazib berish
RNK ekstraktsiyasi
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar
Bioinformatika
RNK ifodasining umumiy ko'rinishi
Differensial ifodalangan genlar
serRNK tahlili
Differensial ifodalangan miRNKlar va tegishli RNKlar
BMKGene’ning transkriptomlar ketma-ketligi bo‘yicha to‘liq xizmatlari tomonidan yaratilgan tadqiqot yutuqlarini saralangan nashrlar to‘plami orqali o‘rganing.
Dai, Y. va boshqalar.(2022) 'RNK ketma-ketligi bilan aniqlangan Kashin-Bek kasalligida mRNK, lncRNA va miRNKlarning keng qamrovli ifoda profillari', Molecular Omics, 18(2), 154-166-betlar.doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan va boshqalar.(2022) 'Qishlash davrida Changbay tog'idagi Apis cerananing sovuqqa chidamliligini to'liq uzunlikdagi transkriptomlar tahlili.', Gen, 830, 146503-146503-betlar.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Vang, XJ va boshqalar.(2022) 'Kichik hujayrali o'pka saratonida raqobatdosh endogen RNK tartibga solish tarmoqlarining ko'p omiks integratsiyasiga asoslangan ustuvorligi: molekulyar xususiyatlar va dori-darmonlarga nomzodlar', Onkologiyadagi chegaralar, 12, p.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. va boshqalar.(2022) "LncRNA/circRNA-miRNA-mRNA ifoda profillarining integratsiyalashgan tahlili yeryong'oqdagi ildiz nematodalariga javoban potentsial mexanizmlar haqida yangi tushunchalarni ochib beradi", BMC Genomics, 23(1), 1-12-betlar.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. va boshqalar.(2022) "To'liq transkriptom RNK ketma-ketligi qizil LED nurlanishi orqali brokkoli yig'im-terimidan keyingi sifatni saqlash bilan bog'liq molekulyar mexanizmlarni ta'kidlaydi", o'rimdan keyingi biologiya va texnologiya, 188, p.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
