Maxsus joylashuv kuchaytirilgan fragmentlar ketma-ketligi (SLAF-seq)
Xizmat tafsilotlari
Texnik sxema
Ish oqimi
Xizmat afzalliklari
Markerni topishning yuqori samaradorligi- Yuqori o'tkazuvchanlik sekvensiyasi texnologiyasi SLAF-Seq-ga butun genom ichidagi yuz minglab teglarni topishda yordam beradi.
Genomga past bog'liqlik- U mos yozuvlar genomi bo'lgan yoki bo'lmagan turlarga qo'llanilishi mumkin.
Moslashuvchan sxema dizayni- Yagona ferment, ikki ferment, ko'p fermentli hazm qilish va har xil turdagi fermentlar, barchasi turli tadqiqot maqsadlari yoki turlarini qondirish uchun tanlanishi mumkin.Optimal ferment dizaynini ta'minlash uchun kremniy tarkibidagi oldindan baholash qo'llaniladi.
Samarali fermentativ hazm qilish- Sharoitlarni optimallashtirish uchun eksperimentdan oldingi sinov o'tkazildi, bu rasmiy eksperimentni barqaror va ishonchli qiladi.Fragmanlarni yig'ish samaradorligi 95% dan oshishi mumkin.
Teng taqsimlangan SLAF teglari- SLAF teglari barcha xromosomalarda eng katta darajada teng taqsimlanadi va 4 kb uchun o'rtacha 1 SLAFga erishadi.
Takrorlashning samarali oldini olish- SLAF-Seq ma'lumotlaridagi takroriy ketma-ketlik 5% dan pastgacha kamayadi, ayniqsa bug'doy, makkajo'xori va boshqalar kabi takrorlanish darajasi yuqori bo'lgan turlarda.
Keng tajriba- O'simliklar, sutemizuvchilar, qushlar, hasharotlar, akvaorganizmlar va boshqalarni qamrab oluvchi yuzlab turlar bo'yicha 2000 dan ortiq yopiq SLAF-Seq loyihalari.
O'z-o'zidan ishlab chiqilgan bioinformatik ish oqimi- Yakuniy chiqishning ishonchliligi va aniqligini ta'minlash uchun BMKGENE tomonidan SLAF-Seq uchun integratsiyalangan bioinformatika ish oqimi ishlab chiqilgan.
Xizmat spetsifikatsiyalari
| Platforma | Kons.(ng/gl) | Jami (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Jam>15μl) | 1,6-2,5 |
Tavsiya etilgan ketma-ketlik strategiyasi
Tartiblash chuqurligi: 10X / teg
| Genom hajmi | Tavsiya etilgan SLAF teglari |
| < 500 Mb | 100K yoki WGS |
| 500 Mb - 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb -2 Gb | 200 K |
| Gigant yoki murakkab genomlar | 300 - 400 ming |
| Ilovalar
| Tavsiya etilgan Aholi miqyosi
| Ketma-ketlik strategiyasi va chuqurligi
| |
| Chuqurlik
| Teg raqami
| ||
| GWAS
| Namuna raqami ≥ 200
| 10X
|
Ga binoan genom hajmi
|
| Genetik evolyutsiya
| Har birining individuallari kichik guruh ≥ 10; jami namunalar ≥ 30
| 10X
| |
Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish
Idish: 2 ml santrifüj naychasi
Ko'pgina namunalar uchun etanolda saqlamaslik tavsiya etiladi.
Namuna yorlig'i: Namunalar aniq etiketlangan bo'lishi va taqdim etilgan namunaviy ma'lumot shakli bilan bir xil bo'lishi kerak.
Yuk tashish: Quruq muz: namunalar avval qoplarga solib, quruq muzga ko'milishi kerak.
Xizmatning ish jarayoni
QC namunasi
Uchuvchi tajriba
SLAF eksperimenti
Kutubxonaga tayyorgarlik
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar
1. Xarita natijalari statistikasi
2. SLAF markerini ishlab chiqish
3. Variatsiya annotatsiyasi
| Yil | Jurnal | IF | Sarlavha | Ilovalar |
| 2022 | Tabiat aloqalari | 17.694 | Daraxt pionining giga-xromosomalari va giga-genomlarining genomik asoslari Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 yil | Yangi fitolog | 7.433 | Uy izlari agronomik ahamiyatga ega bo'lgan genomik hududlarni bog'laydi soya fasulyesi | SLAF-GWAS |
| 2022 | Ilg'or tadqiqotlar jurnali | 12.822 | Gossypium barbadense ning G. hirsutumga genom boʻyicha sunʼiy introgressiyasi paxta tolasi sifati va hosildorligini bir vaqtning o'zida yaxshilash uchun ustun joylarni aniqlash xususiyatlar | SLAF - evolyutsion genetika |
| 2019 | Molekulyar o'simlik | 10.81 | Populyatsiya genomik tahlili va De Novo Assambleyasi Weedy kelib chiqishini ochib beradi Guruch evolyutsion o'yin sifatida | SLAF - evolyutsion genetika |
| 2019 | Tabiat genetikasi | 31.616 | Oddiy sazan, Cyprinus carpioning genom ketma-ketligi va genetik xilma-xilligi | SLAF-Linkage xaritasi |
| 2014 yil | Tabiat genetikasi | 25.455 | O'stiriladigan yeryong'oq genomi dukkakli karyotiplar, poliploidlar haqida ma'lumot beradi. evolyutsiya va ekinlarni xonakilashtirish. | SLAF-Linkage xaritasi |
| 2022 | O'simliklar biotexnologiyasi jurnali | 9.803 | ST1 identifikatsiyasi urug' morfologiyasining avtostop bilan bog'liq tanlovini ko'rsatadi va soyani xonakilashtirish davrida yog' miqdori | SLAF-Markerni ishlab chiqish |
| 2022 | Molekulyar fanlar xalqaro jurnali | 6.208 | Bug'doy-Leymus mollis 2Ns uchun identifikatsiya va DNK markerini ishlab chiqish (2D) Disomik xromosomalarni almashtirish | SLAF-Markerni ishlab chiqish |
