-
Xromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq)
ChIP-Seq giston modifikatsiyasi, transkripsiya omillari va boshqa DNK bilan bog'liq oqsillar uchun DNK maqsadlarining genom bo'yicha profilini ta'minlaydi.U maxsus oqsil-DNK komplekslarini tiklash uchun xromatin immuno-cho'kindi (ChIP) selektivligini, qayta tiklangan DNKni yuqori o'tkazuvchanlik sekvensiyasi uchun keyingi avlod sekvensiyasi (NGS) kuchi bilan birlashtiradi.Bundan tashqari, oqsil-DNK komplekslari tirik hujayralardan tiklanganligi sababli, bog'lanish joylari turli xil hujayralar va to'qimalarda yoki turli sharoitlarda taqqoslanishi mumkin.Ilovalar transkripsiyani tartibga solishdan rivojlanish yo'llarigacha kasallik mexanizmlari va undan tashqarida.
Platforma: Illumina NovaSeq platformasi
-
Metagenomik ketma-ketlik -NGS
Metagenom organizmlarning aralash jamoasining umumiy genetik materiali to'plamini bildiradi, masalan, atrof-muhit metagenomi, inson metagenomi va boshqalar. Unda etishtiriladigan va etishtirilmaydigan mikroorganizmlarning genomlari mavjud.Metagenomik ketma-ketlik - bu atrof-muhit namunalaridan olingan aralash genomik materiallarni tahlil qilish uchun ishlatiladigan molekulyar vosita bo'lib, u turlarning xilma-xilligi va ko'pligi, populyatsiya tuzilishi, filogenetik munosabatlar, funktsional genlar va atrof-muhit omillari bilan korrelyatsiya tarmog'i haqida batafsil ma'lumot beradi.
Platforma:Illumina NovaSeq platformasi
-
Metagenomik ketma-ketlik-nanopora
Metagenomika - bu atrof-muhit namunalaridan olingan aralash genomik materiallarni tahlil qilish uchun ishlatiladigan molekulyar vosita bo'lib, u turlarning xilma-xilligi va ko'pligi, populyatsiyalar tuzilishi, filogenetik munosabatlar, funktsional genlar va atrof-muhit omillari bilan korrelyatsiya tarmog'i va boshqalar haqida batafsil ma'lumot beradi. Nanoporlarni ketma-ketlik platformalari yaqinda taqdim etilgan. metagenomik tadqiqotlar uchun.O'qish uzunligi bo'yicha uning ajoyib ishlashi pastga oqim metagenomik tahlilini, ayniqsa metagenom yig'ilishini sezilarli darajada oshirdi.O'qish uzunligi afzalliklaridan foydalangan holda, Nanoporga asoslangan metagenomik tadqiqot o'q otish quroli metagenomikasi bilan taqqoslaganda uzluksiz yig'ilishga erisha oladi.Nanoporga asoslangan metagenomika mikrobiomalardan to'liq va yopiq bakterial genomlarni muvaffaqiyatli yaratganligi e'lon qilindi (Moss, EL va boshqalar,Tabiat biotexnologiyasi, 2020)
Platforma:Nanopor PromethION P48
-
Butun genom bisulfit sekvensiyasi
Sitozinda (5-mC) beshinchi o'rindagi DNK metilatsiyasi gen ekspressiyasiga va hujayra faolligiga asosiy ta'sir ko'rsatadi.Anormal metilatsiya naqshlari saraton kabi bir qancha holatlar va kasalliklar bilan bog'liq.WGBS bitta bazaviy ruxsatda genom bo'ylab metilatsiyani o'rganish uchun oltin standartga aylandi.
Platforma: Illumina NovaSeq platformasi
-
Yuqori o'tkazuvchanlik ketma-ketligi bilan transpozazadan foydalanish mumkin bo'lgan xromatinni tahlil qilish (ATAC-seq)
ATAC-seq genom bo'ylab xromatin mavjudligini tahlil qilish uchun yuqori samarali ketma-ketlik usuli bo'lib, gen ekspressiyasini global epigenetik nazorat qilish uchun muhim ahamiyatga ega.Sekvensiya adapterlari hiperaktiv Tn5 transposaza orqali ochiq xromatin hududlariga kiritiladi.PCR kuchaytirilgandan so'ng, ketma-ketlik kutubxonasi quriladi.Barcha ochiq xromatin hududlari ma'lum bir fazo-vaqt sharoitida olinishi mumkin, faqat transkripsiya omilining bog'lanish joylari yoki ma'lum bir giston o'zgartirilgan hudud bilan cheklanib qolmasdan.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S va 18S rRNKning yuqori darajada saqlanib qolgan va oʻta oʻzgaruvchan hududlarni oʻz ichiga olgan subunit prokaryotik va eukaryotik organizmlarni aniqlash uchun mukammal molekulyar barmoq izi hisoblanadi.Sekvensiyadan foydalangan holda, bu amplikonlarni saqlangan qismlarga asoslangan holda nishonga olish mumkin va giper o'zgaruvchan hududlar mikrobial identifikatsiya qilish uchun to'liq tavsiflanishi mumkin, bu mikrobial xilma-xillikni tahlil qilish, taksonomiya, filogeniya va boshqalarni qamrab oladigan tadqiqotlarga hissa qo'shadi. Yagona molekulali real vaqt rejimi (SMRT) ) PacBio platformasining ketma-ketligi to'liq uzunlikdagi amplikonlarni (taxminan 1,5 Kb) qamrab oladigan yuqori aniqlikdagi uzoq o'qishlarni olish imkonini beradi.Genetik maydonning keng ko'rinishi bakteriyalar yoki zamburug'lar jamoasida turlar annotatsiyasining aniqligini sezilarli darajada oshirdi.
Platforma:PacBio davomi II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS amplikon ketma-ketligi yuqori darajada oʻzaro bogʻlangan va oʻta oʻzgaruvchan qismlarni oʻz ichiga olgan uy xoʻjaligi genetik markerlarining PCR mahsulotlarini oʻrganish orqali mikroblar jamoasida filogeniya, taksonomiya va turlarning koʻpligini aniqlashga qaratilgan.Woeses va boshqalar (1977) tomonidan ushbu mukammal molekulyar barmoq izining kiritilishi mikrobiomani izolyatsiyasiz profillash imkonini beradi.16S (bakteriyalar), 18S (zamburug'lar) va ichki transkripsiyalangan spacer (ITS, zamburug'lar) ketma-ketligi ham ko'p turlarni, ham noyob va noma'lum turlarni aniqlash imkonini beradi.Ushbu texnologiya turli muhitlarda, masalan, inson og'zi, ichaklari, najaslari va boshqalarda differensial mikrob tarkibini aniqlashda keng qo'llaniladigan va asosiy vositaga aylandi.
Platforma:Illumina NovaSeq platformasi
-
Bakterial va zamburug'li butun genomni qayta tartiblash
Bakterial va zamburug'li butun genomni qayta tartiblash ma'lum bakteriya va zamburug'larning genomlarini to'ldirish, shuningdek, bir nechta genomlarni solishtirish yoki yangi organizmlarning genomlarini xaritalash uchun muhim vositadir.Aniq mos yozuvlar genomlarini yaratish, mikroblarni identifikatsiya qilish va boshqa qiyosiy genom tadqiqotlarini o'tkazish uchun bakteriya va zamburug'larning butun genomlarini ketma-ketlashtirish katta ahamiyatga ega.
Platforma: Illumina NovaSeq platformasi
-
PacBio-Toʻliq uzunlikdagi 16S/18S/ITS Amplikon ketma-ketligi
Amplicon (16S/18S/ITS) platformasi mikrobial xilma-xillik loyihasini tahlil qilish boʻyicha koʻp yillik tajribaga ega boʻlib ishlab chiqilgan boʻlib, unda standartlashtirilgan asosiy tahlil va shaxsiylashtirilgan tahlil mavjud: asosiy tahlil joriy mikrobiologik tadqiqotlarning asosiy tahlil mazmunini qamrab oladi, tahlil mazmuni boy va keng qamrovli, va tahlil natijalari loyiha hisobotlari shaklida taqdim etiladi;Shaxsiylashtirilgan tahlilning mazmuni xilma-xildir.Namunalar tanlanishi mumkin va parametrlar shaxsiylashtirilgan talablarni amalga oshirish uchun asosiy tahlil hisoboti va tadqiqot maqsadiga muvofiq moslashuvchan tarzda o'rnatilishi mumkin.Windows operatsion tizimi, oddiy va tez.
-
PacBio-To'liq uzunlikdagi transkriptom (noaniq)
Pacific Biosciences (PacBio) izoform ketma-ketlik ma'lumotlarini kirish sifatida qabul qilgan holda, ushbu ilova to'liq uzunlikdagi transkript ketma-ketliklarini (montajsiz) aniqlay oladi.To'liq uzunlikdagi ketma-ketliklarni mos yozuvlar genomiga nisbatan xaritalash orqali transkriptlarni ma'lum genlar, transkriptlar, kodlash hududlari va boshqalar bilan optimallashtirish mumkin. Bunday holda, mRNK tuzilmalarini, masalan, alternativ birlashma va boshqalarni aniqroq aniqlashga erishish mumkin.NGS transkriptomi ketma-ketligi ma'lumotlari bilan birgalikda tahlil qilish transkript darajasida ifodani yanada to'liqroq izohlash va aniqroq miqdorni aniqlash imkonini beradi, bu esa asosan quyi oqimdagi differentsial ifoda va funktsional tahlilga foyda keltiradi.
-
Qisqartirilgan vakillik bisulfit ketma-ketligi (RRBS)
DNK metilatsiyasini o'rganish har doim kasalliklarni tadqiq qilishda dolzarb mavzu bo'lib kelgan va gen ekspressiyasi va feno-tipik xususiyatlar bilan chambarchas bog'liq.RRBS DNK metilatsiyasini tadqiq qilish uchun aniq, samarali va iqtisodiy usuldir.Promotor va CpG orol hududlarini fermentativ parchalanish (Msp I) orqali boyitish, Bisulfit sekvensiyasi bilan birgalikda DNK metilatsiyasini yuqori aniqlikdagi aniqlash imkonini beradi.
Platforma: Illumina NovaSeq platformasi
-
Prokaryotik mRNK ketma-ketligi
mRNK ketma-ketligi ma'lum sharoitlarda hujayralardagi barcha mRNK transkriptlarining keng qamrovli profilini yaratish imkonini beradi.Ushbu ilg'or texnologiya turli xil biologik jarayonlar bilan bog'liq bo'lgan murakkab genlarni ifodalash profillarini, gen tuzilmalarini va molekulyar mexanizmlarni ochib beruvchi kuchli vosita bo'lib xizmat qiladi.Fundamental tadqiqotlar, klinik diagnostika va dori-darmonlarni ishlab chiqishda keng qo'llaniladigan mRNK ketma-ketligi hujayra dinamikasi va genetik tartibga solishning nozik jihatlari haqida tushuncha beradi.Bizning prokaryotik mRNK namunalarini qayta ishlash prokaryotik transkriptomlar uchun mo'ljallangan bo'lib, rRNKni yo'qotish va yo'nalishli kutubxona tayyorlashni o'z ichiga oladi.
Platforma: Illumina NovaSeq X
