-
Bir yadroli RNK ketma-ketligi
Yagona hujayralarni suratga olish va individual kutubxonani qurish texnikasidagi yutuqlar yuqori o'tkazuvchanlik sekvensiyasi bilan uyg'unlashgan holda hujayralar bo'yicha gen ekspressiyasini o'rganish imkonini beradi.Bu murakkab hujayra populyatsiyalari bo'yicha tizimni chuqurroq va to'liq tahlil qilish imkonini beradi, bunda u barcha hujayralarni o'rtacha hisoblab, ularning heterojenligini niqoblashdan qochadi.
Biroq, ba'zi hujayralar bir hujayrali suspenziya qilish uchun mos emas, shuning uchun namuna tayyorlashning boshqa usullari - to'qimalardan yadro olish kerak, ya'ni yadro to'qimalardan yoki hujayradan to'g'ridan-to'g'ri chiqariladi va bitta yadroli suspenziyaga tayyorlanadi. hujayralar ketma-ketligi.
BMK 10 × Genomics ChromiumTM asosidagi bir hujayrali RNK sekvensiyasi xizmatini taqdim etadi.Ushbu xizmat kasallik bilan bog'liq tadqiqotlar bo'yicha tadqiqotlarda keng qo'llaniladi, masalan, immunitet hujayralarining differentsiatsiyasi, o'smalarning heterojenligi, to'qimalarning rivojlanishi va boshqalar.
Fazoviy transkriptom chipi: 10 × Genomika
Platforma: Illumina NovaSeq platformasi
-
O'simlik/hayvonlarning butun genomini ketma-ketlashtirish
Butun genomni qayta tartiblash, shuningdek, WGS sifatida ham tanilgan, butun genomda umumiy va kam uchraydigan mutatsiyalarni, shu jumladan bitta nukleotid polimorfizmi (SNP), kiritishni o'chirish (InDel), tuzilma o'zgarishi (SV) va nusxa ko'chirish sonining o'zgarishini (CNV) aniqlash imkonini beradi. ).SV lar SNP larga qaraganda o'zgaruvchanlik bazasining katta qismini tashkil qiladi va tirik organizmlarga sezilarli ta'sir ko'rsatadigan genomga ko'proq ta'sir qiladi.Uzoq vaqt davomida o'qilgan qayta tartiblash katta bo'laklarni va murakkab o'zgarishlarni aniqroq aniqlash imkonini beradi, chunki uzoq o'qishlar tandem takrorlari, GC/ATga boy hududlar va giper-o'zgaruvchan hududlar kabi murakkab hududlar bo'ylab xromosoma kesishishini ancha osonlashtiradi.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 fazoviy transkriptom
Fazoviy transkriptomika ilmiy innovatsiyalarning birinchi pog'onasida turadi, bu esa tadqiqotchilarga to'qimalarda ularning fazoviy kontekstini saqlab qolgan holda murakkab genlarni ifodalash naqshlarini o'rganish imkonini beradi.Turli platformalar orasida BMKGene BMKManu S1000 fazoviy transkriptome chipini ishlab chiqdi va u bilan faxrlanadi.kengaytirilgan rezolyutsiya5µM ni tashkil etadi, hujayra osti diapazoniga etadi va imkon beradiko'p darajali ruxsat sozlamalari.Taxminan 2 million nuqtaga ega S1000 chipi fazoviy shtrixli suratga olish zondlari bilan yuklangan boncuklar bilan qoplangan mikro quduqlardan foydalanadi.S1000 chipidan fazoviy shtrix-kodlar bilan boyitilgan cDNK kutubxonasi tayyorlanadi va keyinchalik Illumina NovaSeq platformasida tartiblanadi.Fazoviy shtrixli namunalar va UMIlarning kombinatsiyasi yaratilgan ma'lumotlarning aniqligi va o'ziga xosligini ta'minlaydi.BMKManu S1000 chipining o‘ziga xos atributi uning ko‘p qirraliligida bo‘lib, turli to‘qimalar va detallar darajalariga nozik sozlanishi mumkin bo‘lgan ko‘p darajali ruxsat sozlamalarini taklif etadi.Ushbu moslashuvchanlik chipni turli xil fazoviy transkriptomik tadqiqotlar uchun ajoyib tanlov sifatida joylashtiradi va minimal shovqin bilan aniq fazoviy klasterlashni ta'minlaydi.
BMKManu S1000 chipi va boshqa fazoviy transkriptomik texnologiyalardan foydalangan holda, tadqiqotchilar hujayralarning fazoviy tashkil etilishi va to'qimalarda sodir bo'ladigan murakkab molekulyar o'zaro ta'sirlarni yaxshiroq tushunishlari mumkin, bu esa keng ko'lamli sohalarda, shu jumladan, biologik jarayonlarning asosiy mexanizmlari haqida bebaho tushunchalarni beradi. onkologiya, nevrologiya, rivojlanish biologiyasi, immunologiya va botanika tadqiqotlari.
Platforma: BMKManu S1000 chipi va Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transscriptome
Fazoviy transkriptomika tadqiqotchilarga fazoviy kontekstni saqlab, to'qimalarda genlarni ifodalash modellarini tekshirish imkonini beruvchi ilg'or texnologiyadir.Ushbu domendagi kuchli platformalardan biri 10x Genomics Visium va Illumina sekvensiyasi bilan birlashtirilgan.10X Visium printsipi to'qimalar bo'limlari joylashtiriladigan maxsus ushlash maydoniga ega ixtisoslashtirilgan chipda yotadi.Ushbu qo'lga olish maydonida shtrix kodli dog'lar mavjud bo'lib, ularning har biri to'qima ichidagi noyob fazoviy joylashuvga mos keladi.Keyin to'qimadan olingan RNK molekulalari teskari transkripsiya jarayonida noyob molekulyar identifikatorlar (UMI) bilan etiketlanadi.Ushbu shtrixli dog'lar va UMI'lar aniq fazoviy xaritalash va bitta hujayrali ruxsatda gen ifodasini miqdorini aniqlash imkonini beradi.Fazoviy shtrixli namunalar va UMIlarning kombinatsiyasi yaratilgan ma'lumotlarning aniqligi va o'ziga xosligini ta'minlaydi.Ushbu Spatial Transkriptomika texnologiyasidan foydalangan holda, tadqiqotchilar hujayralarning fazoviy tashkil etilishi va to'qimalarda yuzaga keladigan murakkab molekulyar o'zaro ta'sirlarni chuqurroq tushunishlari mumkin, bu esa ko'plab sohalarda, jumladan onkologiya, nevrologiya, rivojlanish biologiyasi, immunologiyada biologik jarayonlarning asosiy mexanizmlari haqida bebaho tushunchalarni taqdim etishi mumkin. , va botanika tadqiqotlari.
Platforma: 10X Genomics Visium va Illumina NovaSeq
-
To'liq uzunlikdagi mRNK ketma-ketligi-nanopora
NGS asosidagi mRNK ketma-ketligi genlarni ifodalash miqdorini aniqlash uchun ko'p qirrali vosita bo'lib xizmat qilsa-da, uning qisqa o'qishga bog'liqligi murakkab transkriptomik tahlillarda samaradorligini cheklaydi.Boshqa tomondan, nanopor sekvensiyasi to'liq uzunlikdagi mRNK transkriptlarini ketma-ketlashtirishga imkon beruvchi uzoq o'qiladigan texnologiyadan foydalanadi.Ushbu yondashuv muqobil qo'shilish, gen sintezi, poli-adenilatsiya va mRNK izoformlarining miqdorini aniqlashni har tomonlama o'rganishga yordam beradi.
Nanoporlarni ketma-ketlashtirish nanoporaviy yagona molekulali real vaqtda elektr signallariga tayanadi.Dvigatel oqsillari tomonidan boshqariladigan ikki zanjirli DNK bioplyonka ichiga o'rnatilgan nanopora oqsillari bilan bog'lanadi va kuchlanish farqi ostida nanopora kanalidan o'tayotganda ochiladi.DNK zanjiridagi turli asoslar tomonidan yaratilgan o'ziga xos elektr signallari aniq va uzluksiz nukleotidlar ketma-ketligini osonlashtiradigan real vaqt rejimida aniqlanadi va tasniflanadi.Ushbu innovatsion yondashuv qisqa o'qish cheklovlarini engib chiqadi va murakkab genomik tahlil uchun dinamik platformani ta'minlaydi, murakkab transkriptomik tadqiqotlarni o'z ichiga oladi.
Platforma: Nanopore Promethion P48
-
To'liq uzunlikdagi mRNK ketma-ketligi - PacBio
NGS asosidagi mRNK ketma-ketligi gen ekspressiyasini miqdoriy aniqlash uchun ko'p qirrali vosita bo'lsa-da, uning qisqa o'qishga bog'liqligi murakkab transkriptomik tahlillarda foydalanishni cheklaydi.PacBio sequencing (Iso-Seq), boshqa tomondan, to'liq uzunlikdagi mRNK transkriptlarini ketma-ketlashtirishga imkon beruvchi uzoq o'qiladigan texnologiyadan foydalanadi.Ushbu yondashuv muqobil birlashma, gen sintezi va poliadenilatsiyani keng qamrovli o'rganishga yordam beradi, garchi bu katta miqdordagi ma'lumotlar talab qilinganligi sababli gen ekspressiyasini aniqlash uchun asosiy tanlov emas.
PacBio sekvensiyasi texnologiyasi to'liq uzunlikdagi mRNK transkriptlarini olishda aniq afzalliklarni ta'minlaydigan yagona molekulali, real vaqtda (SMRT) sekvensiyaga tayanadi.Ushbu innovatsion yondashuv sekvensiya paytida DNK polimeraza faolligini real vaqt rejimida kuzatish imkonini beruvchi nol rejimli to'lqin o'tkazgichlar (ZMW), mikrofabrikali quduqlardan foydalanishni o'z ichiga oladi.Ushbu ZMWlar ichida PacBio ning DNK polimerazasi DNKning qo'shimcha zanjirini sintez qiladi va butun mRNK transkriptlarini qamrab oladigan uzoq o'qishlarni hosil qiladi.Circular Consensus Sequencing (CCS) rejimida PacBio ishlashi bir xil molekulani qayta-qayta tartiblash orqali aniqlikni oshiradi.Yaratilgan HiFi o'qishlari NGS bilan taqqoslanadigan aniqlikka ega bo'lib, murakkab transkriptomik xususiyatlarni har tomonlama va ishonchli tahlil qilishga yordam beradi.Platforma: PacBio Sequel II
-
Eukaryotik mRNK ketma-ketligi-Illumina
mRNK ketma-ketligi ma'lum sharoitlarda hujayralardagi barcha mRNK transkriptlarining keng qamrovli profilini yaratish imkonini beradi.Ushbu ilg'or texnologiya turli xil biologik jarayonlar bilan bog'liq bo'lgan murakkab genlarni ifodalash profillarini, gen tuzilmalarini va molekulyar mexanizmlarni ochib beruvchi kuchli vosita bo'lib xizmat qiladi.Fundamental tadqiqotlar, klinik diagnostika va dori-darmonlarni ishlab chiqishda keng qo'llaniladigan mRNK ketma-ketligi hujayra dinamikasi va genetik tartibga solishning nozik jihatlari haqida tushuncha beradi.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Non-reference asoslangan mRNK Sequencing-Illumina
mRNK ketma-ketligi ma'lum sharoitlarda hujayralardagi barcha mRNK transkriptlarining keng qamrovli profilini yaratish imkonini beradi.Ushbu ilg'or texnologiya turli xil biologik jarayonlar bilan bog'liq bo'lgan murakkab genlarni ifodalash profillarini, gen tuzilmalarini va molekulyar mexanizmlarni ochib beruvchi kuchli vosita bo'lib xizmat qiladi.Fundamental tadqiqotlar, klinik diagnostika va dori-darmonlarni ishlab chiqishda keng qo'llaniladigan mRNK ketma-ketligi hujayra dinamikasi va genetik tartibga solishning nozik jihatlari haqida tushuncha beradi.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Uzoq kodlanmagan ketma-ketlik-Illumina
Uzoq kodlanmaydigan RNKlar (lncRNAs) 200 nukleotiddan uzun bo'lgan RNKlar bo'lib, ular minimal kodlash potentsialiga ega va kodlanmaydigan RNKning asosiy elementlari hisoblanadi.Yadro va sitoplazmada joylashgan bu RNKlar epigenetik, transkripsiya va post-transkripsiyani tartibga solishda muhim rol o'ynaydi, bu ularning hujayra va molekulyar jarayonlarni shakllantirishdagi ahamiyatini ta'kidlaydi.LncRNA ketma-ketligi Hujayra differentsiatsiyasi, Ontogenez va Inson kasalliklarida kuchli vositadir.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Kichik RNK ketma-ketligi - Illumina
Odatda uzunligi 200 nukleotiddan kam bo'lgan kichik RNK (sRNK) molekulalariga mikroRNKlar (miRNKlar), kichik interferent RNKlar (siRNKlar) va piwi bilan o'zaro ta'sir qiluvchi RNKlar (piRNKlar) kiradi.Ular orasida uzunligi 20-24 nukleotid bo'lgan miRNKlar turli hujayra jarayonlarida muhim tartibga soluvchi roli bilan alohida e'tiborga loyiqdir.To'qimalarga xos va bosqichga xos ifoda naqshlari bilan miRNKlar turli turlarda yuqori darajada saqlanib qoladi.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
circRNK ketma-ketligi - Illumina
Dairesel RNK ketma-ketligi (circRNA-seq) - bu RNKning barqarorligini oshirishni ta'minlab, kanonik bo'lmagan birlashma hodisalari tufayli yopiq halqalarni hosil qiluvchi RNK molekulalari sinfi bo'lgan aylana RNKlarni profillash va tahlil qilish.Ba'zi circRNKlar mikroRNK gubkalari sifatida harakat qilishlari, mikroRNKlarni ajratish va ularning maqsadli mRNKlarini tartibga solishga to'sqinlik qilishlari ko'rsatilgan bo'lsa-da, boshqa sirkRNKlar oqsillar bilan o'zaro ta'sir qilishi, gen ifodasini modulyatsiya qilishi yoki hujayra jarayonlarida rol o'ynashi mumkin.circRNA ekspresyon tahlili ushbu molekulalarning tartibga soluvchi rollari va ularning turli hujayra jarayonlari, rivojlanish bosqichlari va kasallik sharoitlaridagi ahamiyati haqida tushuncha beradi, bu gen ifodasi kontekstida RNK regulyatsiyasining murakkabligini chuqurroq tushunishga yordam beradi.
-
Butun transkriptoma ketma-ketligi - Illumina
Butun transkriptoma ketma-ketligi kodlovchi (mRNK) va kodlanmaydigan RNKlarni (lncRNA, circRNA va miRNK) o'z ichiga olgan turli RNK molekulalarini profillash uchun keng qamrovli yondashuvni taklif etadi.Ushbu usul ma'lum bir lahzada ma'lum hujayralarning to'liq transkriptomiyasini ushlaydi, bu hujayra jarayonlarini yaxlit tushunishga imkon beradi."Jami RNK ketma-ketligi" deb ham ataladi, u transkriptom darajasida murakkab tartibga solish tarmoqlarini ochishga qaratilgan bo'lib, raqobatdosh endogen RNK (ceRNK) va qo'shma RNK tahlili kabi chuqur tahlil qilish imkonini beradi.Bu, ayniqsa, circRNA-miRNA-mRNA-ga asoslangan ceRNA o'zaro ta'sirini o'z ichiga olgan tartibga soluvchi tarmoqlarni ochishda funktsional xarakteristikaning dastlabki bosqichini belgilaydi.
