-
Metagenomik ketma-ketlik -NGS
Metagenom organizmlarning aralash jamoasining umumiy genetik materiali to'plamini bildiradi, masalan, atrof-muhit metagenomi, inson metagenomi va boshqalar. Unda etishtiriladigan va etishtirilmaydigan mikroorganizmlarning genomlari mavjud.Metagenomik ketma-ketlik - bu atrof-muhit namunalaridan olingan aralash genomik materiallarni tahlil qilish uchun ishlatiladigan molekulyar vosita bo'lib, u turlarning xilma-xilligi va ko'pligi, populyatsiya tuzilishi, filogenetik munosabatlar, funktsional genlar va atrof-muhit omillari bilan korrelyatsiya tarmog'i haqida batafsil ma'lumot beradi.
Platforma:Illumina NovaSeq platformasi
-
Metagenomik ketma-ketlik-nanopora
Metagenomika - bu atrof-muhit namunalaridan olingan aralash genomik materiallarni tahlil qilish uchun ishlatiladigan molekulyar vosita bo'lib, u turlarning xilma-xilligi va ko'pligi, populyatsiyalar tuzilishi, filogenetik munosabatlar, funktsional genlar va atrof-muhit omillari bilan korrelyatsiya tarmog'i va boshqalar haqida batafsil ma'lumot beradi. Nanoporlarni ketma-ketlik platformalari yaqinda taqdim etilgan. metagenomik tadqiqotlar uchun.O'qish uzunligi bo'yicha uning ajoyib ishlashi pastga oqim metagenomik tahlilini, ayniqsa metagenom yig'ilishini sezilarli darajada oshirdi.O'qish uzunligi afzalliklaridan foydalangan holda, Nanoporga asoslangan metagenomik tadqiqot o'q otish quroli metagenomikasi bilan taqqoslaganda uzluksiz yig'ilishga erisha oladi.Nanoporga asoslangan metagenomika mikrobiomalardan to'liq va yopiq bakterial genomlarni muvaffaqiyatli yaratganligi e'lon qilindi (Moss, EL va boshqalar,Tabiat biotexnologiyasi, 2020)
Platforma:Nanopor PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S va 18S rRNKning yuqori darajada saqlanib qolgan va oʻta oʻzgaruvchan hududlarni oʻz ichiga olgan subunit prokaryotik va eukaryotik organizmlarni aniqlash uchun mukammal molekulyar barmoq izi hisoblanadi.Sekvensiyadan foydalangan holda, bu amplikonlarni saqlangan qismlarga asoslangan holda nishonga olish mumkin va giper o'zgaruvchan hududlar mikrobial identifikatsiya qilish uchun to'liq tavsiflanishi mumkin, bu mikrobial xilma-xillikni tahlil qilish, taksonomiya, filogeniya va boshqalarni qamrab oladigan tadqiqotlarga hissa qo'shadi. Yagona molekulali real vaqt rejimi (SMRT) ) PacBio platformasining ketma-ketligi to'liq uzunlikdagi amplikonlarni (taxminan 1,5 Kb) qamrab oladigan yuqori aniqlikdagi uzoq o'qishlarni olish imkonini beradi.Genetik maydonning keng ko'rinishi bakteriyalar yoki zamburug'lar jamoasida turlar annotatsiyasining aniqligini sezilarli darajada oshirdi.
Platforma:PacBio davomi II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS amplikon ketma-ketligi yuqori darajada oʻzaro bogʻlangan va oʻta oʻzgaruvchan qismlarni oʻz ichiga olgan uy xoʻjaligi genetik markerlarining PCR mahsulotlarini oʻrganish orqali mikroblar jamoasida filogeniya, taksonomiya va turlarning koʻpligini aniqlashga qaratilgan.Woeses va boshqalar (1977) tomonidan ushbu mukammal molekulyar barmoq izining kiritilishi mikrobiomani izolyatsiyasiz profillash imkonini beradi.16S (bakteriyalar), 18S (zamburug'lar) va ichki transkripsiyalangan spacer (ITS, zamburug'lar) ketma-ketligi ham ko'p turlarni, ham noyob va noma'lum turlarni aniqlash imkonini beradi.Ushbu texnologiya turli muhitlarda, masalan, inson og'zi, ichaklari, najaslari va boshqalarda differensial mikrob tarkibini aniqlashda keng qo'llaniladigan va asosiy vositaga aylandi.
Platforma:Illumina NovaSeq platformasi
-
Bakterial va zamburug'li butun genomni qayta tartiblash
Bakterial va zamburug'li butun genomni qayta tartiblash ma'lum bakteriya va zamburug'larning genomlarini to'ldirish, shuningdek, bir nechta genomlarni solishtirish yoki yangi organizmlarning genomlarini xaritalash uchun muhim vositadir.Aniq mos yozuvlar genomlarini yaratish, mikroblarni identifikatsiya qilish va boshqa qiyosiy genom tadqiqotlarini o'tkazish uchun bakteriya va zamburug'larning butun genomlarini ketma-ketlashtirish katta ahamiyatga ega.
Platforma: Illumina NovaSeq platformasi
-
Metatranskriptomlar ketma-ketligi
Metatranskriptomlar ketma-ketligi tabiiy muhitda (ya'ni, tuproq, suv, dengiz, najas va ichak) mikroblarning gen ekspressiyasini (eukariotlar va prokaryotlar) aniqlaydi. Xususan, bu xizmatlar murakkab mikrob jamoalarining butun gen ifodasi profilini olish, taksonomik tahlil qilish imkonini beradi. turlari, turli ifodalangan genlarning funksional boyitish tahlili va boshqalar.
Platforma: Illumina NovaSeq platformasi
-
Qo'ziqorin genomi
Biomarker Technologies aniq tadqiqot maqsadiga qarab qo'ziqorinning genomlarini o'rganish, nozik genom va pene-to'liq genomini ta'minlaydi.Genom ketma-ketligi, yig'ish va funktsional izohlash yuqori darajadagi genom yig'ilishiga erishish uchun keyingi avlod sekvensiyasi + Uchinchi avlod sekvensiyasini birlashtirish orqali erishish mumkin.Hi-C texnologiyasidan xromosoma darajasida genom yig'ilishini osonlashtirish uchun ham foydalanish mumkin.
Platforma:PacBio davomi II
Nanopor PromethION P48
Illumina NovaSeq platformasi
-
Bakteriyalar to'liq genom
Biomarker Technologies nol bo'shliqqa ega bakteriyalarning to'liq genomini yaratish bo'yicha sekvensiya xizmatini taqdim etadi.Bakteriyalar genomini to'liq qurishning asosiy ish oqimi uchinchi avlod ketma-ketligi, yig'ish, funktsional izoh va aniq tadqiqot maqsadlariga javob beradigan ilg'or bioinformatik tahlilni o'z ichiga oladi.Bakteriyalar genomini yanada kengroq profillash ularning biologik jarayonlari asosida yotgan asosiy mexanizmlarni ochib berishga imkon beradi, bu esa yuqori eukaryotik turlarda genomik tadqiqotlar uchun qimmatli ma'lumotnoma bo'lishi mumkin.
Platforma:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq platformasi
PacBio davomi II
