-
Xromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq)
ChIP-Seq giston modifikatsiyasi, transkripsiya omillari va boshqa DNK bilan bog'liq oqsillar uchun DNK maqsadlarining genom bo'yicha profilini ta'minlaydi.U maxsus oqsil-DNK komplekslarini tiklash uchun xromatin immuno-cho'kindi (ChIP) selektivligini, qayta tiklangan DNKni yuqori o'tkazuvchanlik sekvensiyasi uchun keyingi avlod sekvensiyasi (NGS) kuchi bilan birlashtiradi.Bundan tashqari, oqsil-DNK komplekslari tirik hujayralardan tiklanganligi sababli, bog'lanish joylari turli xil hujayralar va to'qimalarda yoki turli sharoitlarda taqqoslanishi mumkin.Ilovalar transkripsiyani tartibga solishdan rivojlanish yo'llarigacha kasallik mexanizmlari va undan tashqarida.
Platforma: Illumina NovaSeq platformasi
-
Butun genom bisulfit sekvensiyasi
Sitozinda (5-mC) beshinchi o'rindagi DNK metilatsiyasi gen ekspressiyasiga va hujayra faolligiga asosiy ta'sir ko'rsatadi.Anormal metilatsiya naqshlari saraton kabi bir qancha holatlar va kasalliklar bilan bog'liq.WGBS bitta bazaviy ruxsatda genom bo'ylab metilatsiyani o'rganish uchun oltin standartga aylandi.
Platforma: Illumina NovaSeq platformasi
-
Yuqori o'tkazuvchanlik ketma-ketligi bilan transpozazadan foydalanish mumkin bo'lgan xromatinni tahlil qilish (ATAC-seq)
ATAC-seq genom bo'ylab xromatin mavjudligini tahlil qilish uchun yuqori samarali ketma-ketlik usuli bo'lib, gen ekspressiyasini global epigenetik nazorat qilish uchun muhim ahamiyatga ega.Sekvensiya adapterlari hiperaktiv Tn5 transposaza orqali ochiq xromatin hududlariga kiritiladi.PCR kuchaytirilgandan so'ng, ketma-ketlik kutubxonasi quriladi.Barcha ochiq xromatin hududlari ma'lum bir fazo-vaqt sharoitida olinishi mumkin, faqat transkripsiya omilining bog'lanish joylari yoki ma'lum bir giston o'zgartirilgan hudud bilan cheklanib qolmasdan.
-
Qisqartirilgan vakillik bisulfit ketma-ketligi (RRBS)
DNK metilatsiyasini o'rganish har doim kasalliklarni tadqiq qilishda dolzarb mavzu bo'lib kelgan va gen ekspressiyasi va feno-tipik xususiyatlar bilan chambarchas bog'liq.RRBS DNK metilatsiyasini tadqiq qilish uchun aniq, samarali va iqtisodiy usuldir.Promotor va CpG orol hududlarini fermentativ parchalanish (Msp I) orqali boyitish, Bisulfit sekvensiyasi bilan birgalikda DNK metilatsiyasini yuqori aniqlikdagi aniqlash imkonini beradi.
Platforma: Illumina NovaSeq platformasi
